BackgroundRisk stratification and therapeutic decision-making for myelodysplastic syndromes (MDS) are based on the International Prognostic Scoring System–Revised (IPSS-R), which considers hematologic parameters and cytogenetic abnormalities. Somatic gene mutations are not yet used in the risk stratification of patients with MDS.MethodsTo develop a clinical-molecular prognostic model (IPSS-Molecular [IPSS-M]), pretreatment diagnostic or peridiagnostic samples from 2957 patients with MDS were profiled for mutations in 152 genes. Clinical and molecular variables were evaluated for associations with leukemia-free survival, leukemic transformation, and overall survival. Feature selection was applied to determine the set of independent IPSS-M prognostic variables. The relative weights of the selected variables were estimated using a robust Cox multivariable model adjusted for confounders. The IPSS-M was validated in an external cohort of 754 Japanese patients with MDS.ResultsWe mapped at least one oncogenic genomic alteration in 94% of patients with MDS. Multivariable analysis identified TP53multihit, FLT3 mutations, and MLLPTD as top genetic predictors of adverse outcomes. Conversely, SF3B1 mutations were associated with favorable outcomes, but this was modulated by patterns of comutation. Using hematologic parameters, cytogenetic abnormalities, and somatic mutations of 31 genes, the IPSS-M resulted in a unique risk score for individual patients. We further derived six IPSS-M risk categories with prognostic differences. Compared with the IPSS-R, the IPSS-M improved prognostic discrimination across all clinical end points and restratified 46% of patients. The IPSS-M was applicable in primary and secondary/therapy-related MDS. To simplify clinical use of the IPSS-M, we developed an open-access Web calculator that accounts for missing values.ConclusionsCombining genomic profiling with hematologic and cytogenetic parameters, the IPSS-M improves the risk stratification of patients with MDS and represents a valuable tool for clinical decision-making. (Funded by Celgene Corporation through the MDS Foundation, the Josie Robertson Investigators Program, the Edward P. Evans Foundation, the Projects of National Relevance of the Italian Ministry of University and Research, Associazione Italiana per la Ricerca sul Cancro, the Japan Agency for Medical Research and Development, Cancer Research UK, the Austrian Science Fund, the MEXT [Japanese Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology] Program for Promoting Research on the Supercomputer Fugaku, the Japan Society for the Promotion of Science, the Taiwan Department of Health, and Celgene Corporation through the MDS Foundation.)

Abstract Purpose: Activating mutations in the tyrosine kinase domain of the epidermal growth factor receptor (EGFR) confer a strong sensitivity to gefitinib, a selective tyrosine kinase inhibitor of EGFR. Experimental Design: We examined EGFR mutations at exons 18, 19, and 21 in tumor tissue from 68 gefitinib-treated, chemorefractory, advanced non–small cell lung cancer patients from the United States, Europe, and Asia and in a highly gefitinib-sensitive non–small cell lung cancer cell line and correlated their presence with response and survival. In addition, in a subgroup of 28 patients for whom the remaining tumor tissue was available, we examined the relationship among EGFR mutations, CA repeats in intron 1 of EGFR, EGFR and caveolin-1 mRNA levels, and increased EGFR gene copy numbers. Results: Seventeen patients had EGFR mutations, all of which were in lung adenocarcinomas. Radiographic response was observed in 16 of 17 (94.1%) patients harboring EGFR mutations, in contrast with 6 of 51 (12.6%) with wild-type EGFR (P < 0.0001). Probability of response increased significantly in never smokers, patients receiving a greater number of prior chemotherapy regimens, Asians, and younger patients. Median survival was not reached for patients with EGFR mutations and was 9.9 months for those with wild-type EGFR (P = 0.001). EGFR mutations tended to be associated with increased numbers of CA repeats and increased EGFR gene copy numbers but not with EGFR and caveolin-1 mRNA overexpression (P = not significant). Conclusions: The presence of EGFR mutations is a major determinant of gefitinib response, and targeting EGFR should be considered in preference to chemotherapy as first-line treatment in lung adenocarcinomas that have demonstrable EGFR mutations.

Not available.

Given the heterogeneity of acute myeloid leukemia patients, it is necessary to identify patients considered fit for intensive therapy but who will perform poorly, and in whom alternative approaches deserve investigation. We analyzed 1034 fit adults ≤70 years intensively treated between 2012 and 2022 in the CETLAM group. Young adults ( ≤ 60 years) presented higher remission rates and improved survival than older adults above that age (CR 79% vs. 73%; p = 0.03 and 4-yr OS 53% vs. 33%; p < 0.001). Remission and survival outcomes varied among different genetic subsets. An especially adverse genetic group included complex, monosomal karyotype, TP53 alterations (deleted/mutated), and MECOMr. Transplant feasibility in this very adverse risk group was low, and OS and EFS at 4 years were 14% and 12%, in contrast to 70% and 57% in the favorable group and 38% and 32% in all other patients. We integrated clinical and genetic data into the Intensive Chemotherapy Score for AML (ICSA) with 6-risk categories with significantly different remission rates and OS, validated in another cohort of 581 AML patients from a previous CETLAM protocol. In summary, we identified groups of fit patients that benefit differently from an intensive approach which may be helpful in future treatment decisions.

Abstract Histone H1 is involved in the regulation of chromatin structure. Human somatic cells express up to seven subtypes. The variability in the proportions of somatic H1s (H1 complement) is one evidence supporting their functional specificity. Alterations in the protein levels of different H1 subtypes have been observed in cancer, suggesting their potential as biomarkers and that they might play a role in disease development. We have developed a mass spectrometry based (MS) parallel reaction monitoring (PRM) assay suitable for the quantification of H1 subtypes. Our PRM method is based on the quantification of unique peptides for each subtype, providing high specificity. Evaluation of the PRM performance on three human cell lines showed high reproducibility and sensitivity. Quantification values agreed with the electrophoretic and Western blot data, indicating the accuracy of the method. We used PRM to quantify the H1 complement in peripheral blood samples of healthy individuals and chronic myeloid leukemia (CML) patients. Our preliminary data revealed differences in the H1 complement between responders and non-responder CML patients and suggest that the H1 content could help predicting imatinib response.