Healthy Research Rewards
ResearchHub is incentivizing healthy research behavior. At this time, first authors of open access papers are eligible for rewards. Visit the publications tab to view your eligible publications.
Got it
GS
Géza Schermann
Author with expertise in Molecular Basis of Rett Syndrome and Related Disorders
Achievements
Cited Author
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
6
(67% Open Access)
Cited by:
652
h-index:
12
/
i10-index:
13
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Global Transcriptome Characterization and Assembly of Thermophilic Ascomycete Chaetomium thermophilum

Amit Singh et al.Oct 31, 2019
A correct genome annotation is fundamental for research in the field of molecular and structural biology. The annotation of the reference genome Chaetomium thermophilum has been reported previously, but it is limited to open reading frames (ORFs) of genes and contains only a few noncoding transcripts. In this study, we identified and annotated by deep RNA sequencing full-length transcripts of C. thermophilum. We annotated 7044 coding genes and a large number of noncoding genes (n=4567). Astonishingly, 23% of the coding genes are alternatively spliced. We identified 679 novel coding genes and corrected the structural organization of more than 50% of the previously annotated genes. Furthermore, we substantially extended the Gene Ontology (GO) and Enzyme Commission (EC) lists, which provide comprehensive search tools for potential industrial applications and basic research. The identified novel transcripts and improved annotation will help understanding the gene regulatory landscape in C. thermophilum. The analysis pipeline developed here can be used to build transcriptome assemblies and identify coding and noncoding RNAs of other species. The R packages for gene and GO annotation database can be found under https://www.bzh.uni-heidelberg.de/brunner/Chaetomium_thermophilum.
0

BBSome-dependent ciliary Hedgehog signaling governs cell fate in the white adipose tissue

Katharina Sieckmann et al.Jan 25, 2024
The primary cilium has emerged as critical in regulating whole-body energy metabolism, as reflected in the Bardet-Biedl syndrome (BBS) where primary cilia dysfunction leads to obesity due to hyperphagia and white adipose tissue (WAT) remodeling. The regulation of cell fate and differentiation of adipocyte precursor cells (APCs) is key to maintaining WAT homeostasis during obesity. Using mice that recapitulated the BBS patient phenotype (Bbs8-/-), we demonstrate that primary cilia dysfunction reduces the stem-cell-like P1 APC subpopulation by inducing a phenotypic switch into a fibrogenic progenitor state, characterized by extracellular matrix (ECM) remodeling and upregulation of CD9. Single-cell RNA sequencing revealed a direct transition of stem-cell-like P1 cells into fibrogenic progenitors, bypassing the committed P2 cells. Ectopic ciliary Hedgehog signaling upon loss of BBS8 emerged as a central driver of the molecular changes in Bbs8-/- APCs, altering differentiation into adipocytes and lipid uptake. These findings unravel a novel role for primary cilia in governing APC fate, determining the delicate balance between adipogenesis and fibrogenesis. The identified molecular mechanisms provide insights into potential therapeutic targets for obesity.