The genus Escherichia is composed of Escherichia albertii , E. fergusonii , five cryptic Escherichia clades and E. coli sensu stricto. Furthermore, the E. coli species can be divided into seven main phylogroups termed A, B1, B2, C, D, E and F. As specific lifestyles and/or hosts can be attributed to these species/phylogroups, their identification is meaningful for epidemiological studies. Classical phenotypic tests fail to identify non- sensu stricto E. coli as well as phylogroups. Clermont and colleagues have developed PCR assays that allow the identification of most of these species/phylogroups, the triplex/quadruplex PCR for E. coli phylogroup determination being the most popular. With the growing availability of whole genome sequences, we have developed the ClermonTyping method and its associated web-interface, the ClermonTyper, that allows a given strain sequence to be assigned to E. albertii , E. fergusonii , Escherichia clades I–V, E. coli sensu stricto as well as to the seven main E. coli phylogroups. The ClermonTyping is based on the concept of in vitro PCR assays and maintains the principles of ease of use and speed that prevailed during the development of the in vitro assays. This in silico approach shows 99.4 % concordance with the in vitro PCR assays and 98.8 % with the Mash genome-clustering tool. The very few discrepancies result from various errors occurring mainly from horizontal gene transfers or SNPs in the primers. We propose the ClermonTyper as a freely available resource to the scientific community at: http://clermontyping.iame-research.center/ .

The emergence of antimicrobial resistant infections from food is well documented in the scientific literature but, in this kind of matter, the public opinion is an important policy driver and is vastly forged by traditional media. Here, we propose a text mining study through about 500 articles from two reference daily U.S. newspapers to assess the media coverage of this issue. Our results indicate that, since the middle of the 80s, the two journals considered here adopted a very different narrative around the issue, echoing civil society concerns in one case and the official discourse in the other.

Escherichia coli , a commensal species of the human gut, is an opportunistic pathogen which can reach extra-intestinal compartments, including the bloodstream and the bladder, among others. In non-immunosuppressed patients, purifying or neutral evolution of E. coli populations has been reported in the gut. Conversely, it has been suggested that when migrating to extra-intestinal compartments, E. coli genomes undergo diversifying selection as supported by strong evidence for adaptation. The level of genomic polymorphism and the size of the populations translocating from gut to extra-intestinal compartments is largely unknown. To gain insights in the pathophysiology of these translocations, we investigated the level of polymorphism and the evolutionary forces acting on the genomes of 77 E. coli isolated from various compartments in three immunosuppressed patients. Each patient had a unique strain which was a mutator in one case. In all instances, we observed that translocation encompasses the majority of the genomic diversity present in the gut. The same signature of selection, whether purifying or diversifying, and as anticipated, neutral for mutator isolates, was observed in both the gut and bloodstream. Additionally, we found a limited number of non-specific mutations among compartments for non-mutator isolates. In all cases, urine isolates were dominated by neutral selection. These findings indicate that substantial proportions of populations are undergoing translocation and that they present a complex compartment-specific pattern of selection at the patient level.

Abstract Escherichia coli , a commensal species of the human gut, is an opportunistic pathogen which can reach extra-intestinal compartments, including the bloodstream and the bladder, among others. In non-immunosuppressed patients, purifying or neutral evolution of E. coli populations has been reported in the gut. Conversely, it has been suggested that when migrating to extra-intestinal compartments, E. coli genomes undergo diversifying selection as supported by strong evidence for adaptation. The level of genomic polymorphism and the size of the populations translocating from the gut to extra-intestinal compartments is largely unknown. To gain insights in the pathophysiology of these translocations, we investigated the level of polymorphism and the evolutionary forces acting on the genomes of 77 E. coli isolated from various compartments in three immunosuppressed patients. We detected a unique strain for each patient across the blood, the urine and the gut. In one case, all isolates recovered were mutators i.e. isolates with a very high mutation rate. In all instances, we observed that translocation encompasses the majority of the genomic diversity present in the gut. The same signature of selection, whether purifying or diversifying, and as anticipated, neutral for mutator isolates, was observed in both the gut and bloodstream. Additionally, we found a limited number of non-specific mutations among compartments for non-mutator isolates. In all cases, urine isolates were dominated by neutral selection. These findings indicate that substantial proportions of populations are undergoing translocation and that they present a complex compartment-specific pattern of selection at the patient level. Importance It has been suggested that intra and extra-intestinal compartments differentially constrain the evolution of E. coli strains. Whether host particular conditions, such as immunosuppression, could affect the strain evolutionary trajectories remain understudied. We found that, in immunosuppressed patients, large fractions of E. coli gut populations are translocating with variable modifications of the signature of selection for commensal and pathogenic isolates according to the compartment and/or the patient. Such multiple site sampling should be performed in large cohorts of patients to get a better understanding of E. coli extra-intestinal diseases.

Summary Objective Whole genome sequencing (WGS) of extended-spectrum β-lactamase-producing Escherichia coli (ESBL- E. coli ) in developing countries is lacking. Here we describe the population structure and molecular characteristics of ESBL- E. coli faecal isolates in rural Southern Niger. Methods Stools of 383 healthy participants were collected among which 92.4% were ESBL- E. coli carriers; 90 of these ESBL- E. coli containing stools (109 ESBL- E. coli isolates) were further analysed by WGS, using short- and long-reads. Results Most isolates belonged to the commensalism-adapted phylogroup A (83.5%), with high clonal diversity. The bla CTX-M-15 gene was the major ESBL determinant (98.1%), chromosome-integrated in approximately 50% of cases, in multiple integration sites. When plasmid-borne, bla CTX-M-15 was found in IncF (57.4%) and IncY plasmids (26.2%). Closely related plasmids were found in different genetic backgrounds. Genomic environment analysis of bla CTX-M-15 in closely related strains argued for mobilisation between plasmids or from plasmid to chromosome. Conclusions Massive prevalence of community faecal carriage of CTX-M-15-producing E. coli was observed in a rural region of Niger due to the spread of highly diverse A phylogroup commensalism-adapted clones, with frequent chromosomal integration of bla CTX-M-15 . Plasmid spread was also observed. These data suggest a risk of sustainable implementation of ESBL in community faecal carriage.