Abstract Shotgun sequencing enables retrieving high resolution information 40 from complex microbial communities. However, the technique is limited by missing information about host-to-microbe ratios observed in different sample types. This makes it challenging to plan sequencing experiments, especially in the context of high sample multiplexing and/or limited sequencing output. We evaluated a qPCR-based assay to predict host-to microbe ratio prior to sequencing. Using a two-target assay aimed at conserved human and bacterial genes, we predicted human-to-microbe ratios in two sample types and validated it on independently collected samples. The assay enabled accurate prediction for a broad range of sample compositions.

Abstract This study investigated the molecular mechanisms underlying the regulation of MUC2 expression and O-glycosylation modification in colorectal cancer. In addition, the potential of rosiglitazone to inhibit colorectal cancer by improving MUC2 glycosylation to protect intestinal barrier function was explored. In vitro, lectin staining combined with Co-IP assay was used to detect glycosyltransferases regulating MUC2 O-glycosylation. ChIP and Luciferase experiments were used to verify the transcription factors regulating MUC2 expression level. Samples from CRC patients were used to detect differences in multimolecular expression. The AOM/DSS mouse model was used to validate the effect of rosiglitazone on inhibiting colorectal cancer progression. Our results showed that B3GNT6 acts as a glycosyltransferase to enhance the O-glycosylation level of MUC2 and maintain protein stability to resist degradation by StcE secreting from pathogenic bacteria. Furthermore, KLF4 directly promotes the transcription of B3GNT6 and MUC2, which are regulated by PPARg. Rosiglitazone activated PPARg-KLF4-B3GNT6 axis which increased the expression level and glycosylation of MUC2 and further improved the intestinal mucosal barrier function to delay the development of colorectal cancer in mice. These data suggest that O-glycosylation and expression of MUC2 is key to the maintenance of functional intestinal mucosa and rosiglitazone is a potential colorectal cancer therapeutic agent.

Abstract The survival prognosis of human papillomavirus (HPV)-positive and HPV-negative head and neck squamous cell carcinoma (HNSCC) is largely different, and little is known about the anti-tumor mechanism of tumor-infiltrated CD8 + exhausted T cells (Tex) in HNSCC. We performed cell level multi-omics sequencing on human HNSCC samples to decipher the multi-dimensional characteristics of Tex cells. A proliferative exhausted CD8 + T cell cluster (P-Tex) which was beneficial to survival outcomes of patients with HPV-positive HNSCC was identified. Interestingly, P-Tex cells expressed CDK4 genes as high as cancer cells, which could be simultaneously inhibited by CDK4 inhibitors and might be a potential reason for the ineffectiveness of CDK4 inhibitors in treating HPV-positive HNSCC. P-Tex cells could aggregate in the antigen presenting cell niches and activate certain signaling pathways. Together, our findings suggest a promising role for P-Tex cells in the prognosis of patients with HPV-positive HNSCC by providing modest but persistent anti-tumor effects. Graphic abstract