Background: Predictive molecular markers based on the consensus molecular classification of colorectal carcinoma are tested following expert recommendations. Specifically, they are tested when target molecular therapy is being considered for treatment. Their presence depends on biology but their frequency seems to be increased in advanced stages. Objective: We developed a study of cases of left-sided CRC in advanced clinical stages from a cohort of Mexican patients to evaluate the presence of predictive molecular markers. Method: Predictive molecular markers were analyzed, including BRAF, KRAS, NRAS and mismatch repair genes, in cases of advanced, left-sided colorectal carcinoma.

5024 Background: Metastatic prostate cancer (mPC) is enriched for HRR gene alterations; these biomarkers have prognostic and predictive value. Next-generation sequencing (NGS) allows for patient stratification, but widespread clinical implementation is still limited. Moreover, not all mutations in HRR genes result in functional HRR loss in the tumor. We investigated the correlation between genomic and functional loss of HRR, using NGS and an optimized RAD51 immunofluorescence (RAD51-IF) assay in mPC biopsies. Methods: Observational study including patients with mPC. Either primary tumor or metastatic biopsies underwent NGS (custom VHIO-300 targeted panel (Panel) and/or whole-exome sequencing (WES)), and RAD51-IF from FFPE tissue specimens. A previously defined threshold of 10% RAD51-IF positive cells was used to defined HRD based on RAD51-IF. Genomic scars (LOH, LST, NtAI, and HRD-sum) were obtained from Panel and WES data. Clinical data was extracted from electronic patient records. Results: 219 tumor tissues from 187 patients were acquired, including primary (151/219) and metastatic (68/219) cases collected either in the hormone-sensitive (HSPC) (169/219) or castration-resistant (CRPC) (50/219) setting. Genomic profiling was obtained for 181/219 samples (Panel n=139, WES n=80, both n=38). Gene alterations were common in TP53 (40%), PTEN (14%), AR (15%), MYC (10%), BRCA2 (9%), ATM (8%) and BRCA1 (2%). Tissue for RAD51-IF was available for 206 samples; of those, 140/206 (68%) were evaluable for RAD51-IF. The median RAD51-IF score was 28.5. 21% samples had RAD51-low results compatible with HRR deficiency (HRD). No RAD51-IF score differences were seen between primary/metastatic tumors (p=0.7) nor HSPC/CRPC (p=0.49). Sample matched RAD51-IF and genomics data were obtained for 128 biopsies (117 patients). BRCA1/2 alterations associated with lower RAD51-IF scores (median 3.5, IQR 9.8 – 8.5 for BRCA1/2 altered vs median 29.7, IQR 19.0 - 44.5 for BRCA1/2-WT), resulting in high sensitivity (71%) and specificity (85%) to identify cases with BRCA1/2 alterations (sensitivity 68% and specificity 87% when considering a larger set of HRR genes. RAD51-IF was able to classify as HRR proficient BRCA1/2 altered cases after secondary resistance to platinum or with retained BRCA1 expression by IF. Based on HRD-sum (HRD>=42) 27.5% and 20.1% cases were classified as HRD on WES and Panel, respectively. CRPC samples were more likely to be classified as HRD-sum “high” (OR 4.07 WES, OR 5.21 targeted panel) HRD-sum was significantly associated with BCRA1/2 (Panel, p= 0.004; WES, p=0.002), and with RAD-IF low for Panel ( p=0.021) and for WES once adjusted by castration-sensitivity status (p=0.03). Conclusions: RAD51-IF is feasible in clinical samples from mPC patients and associates strongly with clinically relevant HRR gene alterations.

Abstract Purpose Metastatic prostate cancer (mPC) is enriched for homologous recombination repair (HRR) gene alterations; these biomarkers have prognostic and predictive value. Next-generation sequencing (NGS) allows for patient stratification based on these biomarkers, but widespread clinical implementation is still limited. Moreover, not all mutations in HRR genes result in functional HRR loss in the tumor. We investigated the correlation between genomic and functional loss of HRR, using NGS and an optimized RAD51 immunofluorescence (RAD51-IF) assay in mPC clinical biopsies. Experimental design Observational study including patients with stage IV prostate cancer. Biopsies from either primary tumor or metastatic biopsies underwent NGS (targeted sequencing and/or whole-exome sequencing), and RAD51-IF. Clinical data was extracted from electronic patient records. Results 219 biopsies from 187 patients were acquired, including primary (151/219) and metastatic (68/219) tumor biopsies collected either in the metastatic hormone- sensitive (169/219) or castration-resistant (50/219) setting. NGS (181 biopsies from 157 patients) showed frequent genomic alterations in TP53 (40%), AR (15%), PTEN (14%), MYC (10%), BRCA2 (9%), ATM (8%) and BRCA1 (2%). Tissue for RAD51 IF was available for 206 samples; of those, 140/206 (68%) were evaluable for RAD51- IF. Based on a previously defined threshold of 10% RAD51-positive cells, 21% samples had RAD51-low results compatible with HRR deficiency (HRD). Sample matched RAD51-IF and genomics data were obtained for 128 biopsies (117 patients): RAD51-IF had a high sensitivity (68%) and specificity (85%) to identify cases with BRCA1/2 alterations. Additionally, the RAD51-IF assay was able to identify restoration of HRR function in selected cases with BRCA2 reversion mutations or BRCA1 expression. Conclusions RAD51-IF is feasible in routine clinical samples from mPC patients and associates strongly with clinically relevant HRR gene alterations.

Extracellular vesicles (EVs) secreted by tumors are abundant in plasma, but their potential for interrogating the molecular features of tumors through multi-omic profiling remains widely unexplored. Genomic and transcriptomic profiling of circulating EV-DNA and EV-RNA isolated from a range of in-vitro and in-vivo models of metastatic prostate cancer (mPC) revealed a high contribution of tumor material to EV-loaded DNA/RNA. Findings were validated in a cohort of longitudinal plasma samples collected from mPC patients during androgen receptor signaling inhibitor (ARSI) therapy. EV-DNA genomic features recapitulated matched-patient biopsies and associated with clinical progression. We developed a novel approach to enable the transcriptomic profiling of EV-RNA (RExCuE). We report how the transcriptomic profile in mPC EV-RNA is enriched for tumor-associated transcripts when compared to same patient blood RNA and healthy individuals EV-RNA, and reflect early on-therapy tumor adaptation changes. Altogether, we show that EV profiling enables longitudinal transcriptomic and genomic profiling of mPC in liquid biopsy.