Recent cladistic analyses are revealing the phylogeny of flowering plants in increasing detail, and there is support for the monophyly of many major groups above the family level.With many elements of the major branching sequence of phylogeny established, a revised suprafamilial classification of flowering plants becomes both feasible and desirable.Here we present a classification of 462 flowering plant families in 40 putatively monophyletic orders and a small number of monophyletic, informal higher groups.The latter are the monocots, commelinoids, eudicots, core eudicots, rosids including eurosids I and II, and asterids including euasterids I and II.Under these informal groups there are also listed a number of families without assignment to order.At the end of the system is an additional list of families of uncertain position for which no firm data exist regarding placement anywhere within the system.Why rearrange families, still less formalize orders?Higher-level classifications, the grouping of species into families, orders, etc., are needed as reference tools not only in systematics but also in many other branches of biology.Knowledge of phylogenetic relationships of major groups of organisms, that is, a phylogenetic perspective, is becoming increasingly important, and hence the need for a phylogenetic classification as a reference tool is also becoming imperative.Our primary focus is on orders with a secondary emphasis on families of flowering plants.The family is central in flowering plant systematics.For example, in studying an unknown plant we usually first identify it to family.The orders, on the other hand, have until quite recently been of little importance, either being morphologically unrecognizable or in most cases lacking any evolutionary coherence (Heywood, 1977;Merxmiiller, 1977).However, orders are useful in teaching, for studying

Green plants (Viridiplantae) include around 450,000-500,000 species1,2 of great diversity and have important roles in terrestrial and aquatic ecosystems. Here, as part of the One Thousand Plant Transcriptomes Initiative, we sequenced the vegetative transcriptomes of 1,124 species that span the diversity of plants in a broad sense (Archaeplastida), including green plants (Viridiplantae), glaucophytes (Glaucophyta) and red algae (Rhodophyta). Our analysis provides a robust phylogenomic framework for examining the evolution of green plants. Most inferred species relationships are well supported across multiple species tree and supermatrix analyses, but discordance among plastid and nuclear gene trees at a few important nodes highlights the complexity of plant genome evolution, including polyploidy, periods of rapid speciation, and extinction. Incomplete sorting of ancestral variation, polyploidization and massive expansions of gene families punctuate the evolutionary history of green plants. Notably, we find that large expansions of gene families preceded the origins of green plants, land plants and vascular plants, whereas whole-genome duplications are inferred to have occurred repeatedly throughout the evolution of flowering plants and ferns. The increasing availability of high-quality plant genome sequences and advances in functional genomics are enabling research on genome evolution across the green tree of life.

Completion of genome sequences for the diploid Setaria italica reveals features of C4 photosynthesis that could enable improvement of the polyploid biofuel crop switchgrass (Panicum virgatum). The genetic basis of biotechnologically relevant traits, including drought tolerance, photosynthetic efficiency and flowering control, is also highlighted. We generated a high-quality reference genome sequence for foxtail millet (Setaria italica). The ∼400-Mb assembly covers ∼80% of the genome and >95% of the gene space. The assembly was anchored to a 992-locus genetic map and was annotated by comparison with >1.3 million expressed sequence tag reads. We produced more than 580 million RNA-Seq reads to facilitate expression analyses. We also sequenced Setaria viridis, the ancestral wild relative of S. italica, and identified regions of differential single-nucleotide polymorphism density, distribution of transposable elements, small RNA content, chromosomal rearrangement and segregation distortion. The genus Setaria includes natural and cultivated species that demonstrate a wide capacity for adaptation. The genetic basis of this adaptation was investigated by comparing five sequenced grass genomes. We also used the diploid Setaria genome to evaluate the ongoing genome assembly of a related polyploid, switchgrass (Panicum virgatum).

Four molecular data sets are available for the diploid intersterile genera of the cereal grain tribe Triticeae, and there are numerous differences among the four published trees. All six pairwise combinations of data sets were examined using tree comparisons, the incongruence length difference test, the Wilcoxon signed ranks test, and a permutation test. We describe some advantages, disadvantages, and properties of the different comparison methods. Test results provide no evidence for significant differences in the phylogenetic signal among the three nuclear data sets, with the exception of the placement of a single taxon. The chloroplast DNA restriction site data, however, support a significantly different tree, and the differences probably reflect a separate evolutionary history of the chloroplast genome.

While some scientists have been working to sequence and describe the human genome, with increasingly dramatic results, another set of scientists has been quietly providing a map of evolutionary history, a time line that shows how life has evolved. Unlike the genome projects, which accumulate

A critical review of characters used in the systematics of the Brassicaceae is given, and aspects of the origin, classification, and generic delimitation of the family discussed. Molecular phylogenetic studies of the family were reviewed, and major clades identified. Based on molecular studies, especially from the ndhF chloroplast gene, and careful evaluation of morphology and generic circumscriptions, a new tribal alignment of the Brassicaceae is proposed. In all, 25 tribes are recognized, of which seven (Aethionemeae, Boechereae, Descurainieae, Eutremeae, Halimolobeae, Noccaeeae, and Smelowskieae) are described as new. For each tribe, the center(s) of distribution, morphology, and number of taxa are given. Of the 338 genera currently recognized in the Brassicaceae, about 260 genera (or about 77%) were either assigned or tentatively assigned to the 25 tribes. Some problems relating to various genera and tribes are discussed, and future research developments are briefly covered.

To estimate the evolutionary history of the mustard family (Brassicaceae or Cruciferae), we sampled 113 species, representing 101 of the roughly 350 genera and 17 of the 19 tribes of the family, for the chloroplast gene ndhF. The included accessions increase the number of genera sampled over previous phylogenetic studies by four-fold. Using parsimony, likelihood, and Bayesian methods, we reconstructed the phylogeny of the gene and used the Shimodaira-Hasegawa test (S-H test) to compare the phylogenetic results with the most recent tribal classification for the family. The resultant phylogeny allowed a critical assessment of variations in fruit morphology and seed anatomy, upon which the current classification is based. We also used the S-H test to examine the utility of trichome branching patterns for describing monophyletic groups in the ndhF phylogeny. Our phylogenetic results indicate that 97 of 114 ingroup accessions fall into one of 21 strongly supported clades. Some of these clades can themselves be grouped into strongly to moderately supported monophyletic groups. One of these lineages is a novel grouping overlooked in previous phylogenetic studies. Results comparing 30 different scenarios of evolution by the S-H test indicate that five of 12 tribes represented by two or more genera in the study are clearly polyphyletic, although a few tribes are not sampled well enough to establish para- or polyphyly. In addition, branched trichomes likely evolved independently several times in the Brassicaceae, although malpighiaceous and stellate trichomes may each have a single origin.

Foxtail millet ( Setaria italica ) is a small diploid C4 panicoid crop species, whose genome is being sequenced by the Joint Genome Institute (JGI) of the Department of Energy. The rationale for sequencing foxtail millet is that it is closely related to the bioenergy grasses switchgrass ( Panicum