Abstract Zoonotic spillover of animal viruses into human populations is a continuous and increasing public health risk. SARS-CoV-2 highlights the global impact emergence events can have. Considering the history and diversity of coronaviruses (CoVs), especially in bats, SARS-CoV-2 will likely not be the last to spillover from animals into human populations. We sampled and tested wildlife in the central African country Cameroon to determine which CoVs are circulating and how they relate to previously detected human and animal CoVs. We collected animal and ecological data at sampling locations and used family-level consensus PCR combined with amplicon sequencing for virus detection. Between 2003 and 2018, samples were collected from 6,580 animals of several different orders. CoV RNA was detected in 175 bats, a civet, and a shrew. The CoV RNAs detected in the bats represented 17 different genetic clusters, coinciding with alpha (n=8) and beta (n=9) CoVs. Sequences resembling human CoV-229E (HCoV-229E) were found in 40 Hipposideridae bats. Phylogenetic analyses place the human derived HCoV-229E isolates closest to those from camels in terms of the S and N genes, but closest to isolates from bats for the E, M, and RdRp genes. The CoV RNA positivity rate in bats varied significantly (p<0.001) between the wet (8.2%) and dry season (4.5%). Most sampled species accordingly had a wet season high and dry season low, while for some the opposite was found. Eight of the suspected CoV species of which we detected RNA appear to be entirely novel CoV species, which suggests that CoV diversity in African wildlife is still rather poorly understood. The detection of multiple different variants of HCoV-229E-like viruses supports the bat reservoir hypothesis for this virus, with the phylogenetic results casting some doubt on camels as an intermediate host. The findings also support the previously proposed influence of ecological factors on CoV circulation, indicating a high level of underlying complexity to the viral ecology. These results indicate the importance of investing in surveillance activities among wild animals to detect all potential threats as well as sentinel surveillance among exposed humans to determine emerging threats.

Abstract Coronaviruses play an important role as pathogens of humans and animals, and the emergence of epidemics like SARS, MERS and COVID-19 is closely linked to zoonotic transmission events primarily from wild animals. Bats have been found to be an important source of coronaviruses with some of them having the potential to infect humans, with other animals serving as intermediate or alternate hosts or reservoirs. Host diversity may be an important contributor to viral diversity and thus the potential for zoonotic events. To date, limited research has been done in Africa on this topic, in particular in the Congo Basin despite frequent contact between humans and wildlife in this region. We sampled and, using consensus coronavirus PCR-primers, tested 3,561 wild animals for coronavirus RNA. The focus was on bats (38%), rodents (38%), and primates (23%) that posed an elevated risk for contact with people, and we found coronavirus RNA in 121 animals, of which all but two were bats. Depending on the taxonomic family, bats were significantly more likely to be coronavirus RNA-positive when sampled either in the wet ( Pteropodidae and Rhinolophidae ) or dry season ( Hipposideridae, Miniopteridae, Molossidae , and Vespertilionidae ). The detected RNA sequences correspond to 15 Alpha- and 6 Beta-coronaviruses, with some of them being very similar (>95% nucleotide identities) to known coronaviruses and others being more unique and potentially representing novel viruses. In seven of the bats, we detected RNA most closely related to sequences of the human common cold coronaviruses 229E or NL63 (>80% nucleotide identities). The findings highlight the potential for coronavirus spillover, especially in regions with a high diversity of bats and close human contact, and reinforces the need for ongoing surveillance.

Abstract The effectiveness of vector-control tools is often assessed by experiments as a reduction in mosquito landings using human landing catches (HLCs). However, HLCs alone only quantify a single characteristic and therefore do not provide information on the overall impacts of the intervention product. Using data from a recent semi-field study which used time-stratified HLCs, aspiration of non-landing mosquitoes, and blood feeding, we suggest a Bayesian inference approach for fitting such data to a stochastic model. This model considers both personal protection, through a reduction in biting, and community protection, from mosquito mortality and disarming (prolonged inhibition of blood feeding). Parameter estimates are then used to predict the reduction of vectorial capacity induced by etofenpox-treated clothing, picaridin topical repellents, transfluthrin spatial repellents and metofluthrin spatial repellents, as well as combined interventions for Plasmodium falciparum malaria in Anopleles minimus . Overall, all interventions had both personal and community effects, preventing biting and killing or disarming mosquitoes. This led to large estimated reductions in the vectorial capacity, with substantial impact even at low coverage. As the interventions aged, fewer mosquitoes were killed; however the impact of some interventions changed from killing to disarming mosquitoes. Overall, this inference method allows for additional modes of action, rather than just reduction in biting, to be parameterised and highlights the tools assessed as promising malaria interventions.

Abstract Coronaviruses can become zoonotic as in the case of COVID-19, and hunting, sale, and consumption of wild animals in Southeast Asia facilitates an increased risk for such incidents. We sampled and tested rodents (851) and other mammals, and found Betacoronavirus RNA in 12 rodents. The sequences belong to two separate genetic clusters, and relate closely to known rodent coronaviruses detected in the region, and distantly to human coronaviruses OC43 and HKU1. Considering close human-wildlife contact with many species in and beyond the region, a better understanding of virus diversity is urgently needed for the mitigation of future risks.

Abstract Cambodia’s goal to eliminate malaria by 2025 is challenged by persisting transmission in the country’s forest and forest fringe areas. People living in, or traveling to the forest, are exposed to malaria vector bites during the day due to Anopheles daytime biting; and during the night, due to low bed net use and open sleeping structures. Volatile pyrethroid spatial repellents (VPSRs), and insecticide treated clothing (ITC) may help address these gaps in protection. In this field study the authors evaluated the outdoor application of one passive, transfluthrin-based VPSR, four etofenprox-ITCs paired with a picaridin topical repellent, and a combination of VPSR and ITC against wild Anopheles landing in Cambodia. Mathematical modeling was also used to predict the reduction of vectorial capacity of these interventions. A 7×7 Latin-square (6 interventions and one control) was conducted over 49 collection nights in seven temporary, open structures in a forest in Mondulkiri Province, Cambodia. Pairs of participants conducted human landing catches (HLCs) from 18h00 to 06h00, with each collector conducting collections for six hours. A randomly selected subset of collected Anopheles were identified to species using molecular methods. The rate ratio of each intervention compared to the control on Anopheles landings was estimated using a mixed-effect negative binomial regression with intervention, structure, and collector-pair as fixed-effects, and with collection date and structure-night as random effects. The modeling assessment aims to predict the relative reduction in vectoral capacity. Initial calculations involved establishing a “baseline scenario” without intervention, utilizing biometric parameters for Anopheles dirus . Various scenarios accounting for intervention coverage and adherence were then considered. The study aims to update parameters using field study estimates for wild Anopheles , incorporating multiple semi-field estimates for interventions and accounting for the variability and uncertainty in parameter values. Of the total 8,294 Anopheles specimens collected, 15% (n=1,242) of specimens were confirmed to species or species group via PCR. Fifteen species were confirmed; Anopheles dirus Form A was predominant (n=429), followed by Anopheles maculatus (n=189), and Anopheles minimus (n=60). All six interventions reduced Anopheles landing substantially; protective efficacies ranged between 61% (95% confidence interval (CI): 48 – 71%) (etofenprox-ITC, washed) and 95% (95% CI: 93 – 96%) (combined VPSR and unwashed etofenprox-ITC). Finally, the modelling assessment demonstrates significant reductions in vectoral capacity, with the highest impact observed for the combined ITC and VPSR as well as the VPSR used alone, although effectiveness decreases with intervention aging, and variability exists in the magnitude of predicted reductions due to differences in experimental conditions. T hese transfluthrin-based VPSR and etofenprox ITC interventions have the potential to reduce outdoor and daytime Anopheles biting by providing substantial protection against Anopheles landing. One or more of these tools may play a valuable role in the push for elimination in Cambodia and the Greater Mekong Subregion if programs can achieve effective coverage.

ABSTRACT Public health emergencies like SARS, MERS, and COVID-19 have prioritized surveillance of zoonotic coronaviruses, resulting in extensive genomic characterization of coronavirus diversity in bats. Sequencing viral genomes directly from animal specimens remains a laboratory challenge, however, and most bat coronaviruses have been characterized solely by PCR amplification of small regions from the best-conserved gene. This has resulted in limited phylogenetic resolution and left viral genetic factors relevant to threat assessment undescribed. In this study, we evaluated whether a technique called hybridization probe capture can achieve more extensive genome recovery from surveillance specimens. Using a custom panel of 20,000 probes, we captured and sequenced coronavirus genomic material in 21 swab specimens collected from bats in the Democratic Republic of the Congo. For 15 of these specimens, probe capture recovered more genome sequence than had been previously generated with standard amplicon sequencing protocols, providing a median 6.1-fold improvement (ranging up to 69.1-fold). Probe capture data also identified five novel alpha- and betacoronaviruses in these specimens, and their full genomes were recovered with additional deep sequencing. Based on these experiences, we discuss how probe capture could be effectively operationalized alongside other sequencing technologies for high-throughput, genomics-based discovery and surveillance of bat coronaviruses.