Some respiratory viruses can cause a viral interference through the activation of the interferon (IFN) pathway that reduces the replication of another virus. Epidemiological studies of coinfections between SARS-CoV-2 and other respiratory viruses have been hampered by non-pharmacological measures applied to mitigate the spread of SARS-CoV-2 during the COVID-19 pandemic. With the ease of these interventions, SARS-CoV-2 and influenza A viruses can now co-circulate. It is thus of prime importance to characterize their interactions. In this work, we investigated viral interference effects between an Omicron variant and a contemporary influenza A/H3N2 strain, in comparison with an ancestral SARS-CoV-2 strain and the 2009 pandemic influenza A/H1N1 virus. We infected nasal human airway epitheliums with SARS-CoV-2 and influenza, either simultaneously or 24 h apart. Viral load was measured by RT-qPCR and IFN-α/β/λ1/λ2 proteins were quantified by immunoassay. Expression of four interferon-stimulated genes (ISGs; OAS1/IFITM3/ISG15/MxA) was also measured by RT-droplet digital PCR. Additionally, susceptibility of each virus to IFN-α/β/λ2 recombinant proteins was determined. Our results showed that influenza A, and especially A/H3N2, interfered with both SARS-CoV-2 viruses, but that SARS-CoV-2 did not significantly interfere with A/H3N2 or A/H1N1. Consistently with these results, influenza, and particularly the A/H3N2 strain, caused a higher production of IFN proteins and expression of ISGs than SARS-CoV-2. SARS-CoV-2 induced a marginal IFN production and reduced the IFN response during coinfections with influenza. All viruses were susceptible to exogenous IFNs, with the ancestral SARS-CoV-2 and Omicron being less susceptible to type I and type III IFNs, respectively. Thus, influenza A causes a viral interference towards SARS-CoV-2 most likely through an IFN response. The opposite is not necessarily true, and a concurrent infection with both viruses leads to a lower IFN response. Taken together, these results help us to understand how SARS-CoV-2 interacts with another major respiratory pathogen.

Abstract Some respiratory viruses can cause a viral interference through the activation of the interferon (IFN) pathway that reduces the replication of another virus. Epidemiological studies of coinfections between SARS-CoV-2 and other respiratory viruses have been hampered by non-pharmaceutical measures applied to mitigate the spread of SARS-CoV-2 during the COVID-19 pandemic. With the ease of these interventions, SARS-CoV-2 and influenza A viruses can now co-circulate. It is thus of prime importance to characterize their interactions. In this work, we investigated viral interference effects between an Omicron variant and a contemporary influenza A/H3N2 strain, in comparison with an ancestral SARS-CoV-2 strain and the 2009 pandemic influenza A/H1N1 virus. We infected nasal human airway epitheliums with SARS-CoV-2 and influenza, either simultaneously or 24 h apart. Viral load was measured by RT-qPCR and IFN-α/β/λ1/λ2 proteins were quantified by immunoassay. Expression of four interferon-stimulated genes (ISGs; OAS1/IFITM3/ISG15/MxA) was also measured by RT-droplet digital PCR. Additionally, susceptibility of each virus to IFN-α/β/λ2 recombinant proteins was determined. Our results showed that influenza A, and especially A/H3N2, interfered with both SARS-CoV-2 viruses, but that SARS-CoV-2 only interfered with A/H1N1. Consistently with these results, influenza, and particularly the A/H3N2 strain, caused a higher production of IFN proteins and expression of ISGs than SARS-CoV-2. The IFN production induced by SARS-CoV-2 was marginal and its presence during coinfections with influenza was associated with a reduced IFN response. All viruses were susceptible to exogenous IFNs, with the ancestral SARS-CoV-2 and Omicron being less susceptible to type I and type III IFNs, respectively. Thus, influenza A causes a viral interference towards SARS-CoV-2 most likely through an IFN response. The opposite is not necessarily true, and a concurrent infection with both viruses leads to a lower IFN response. Taken together, these results help us to understand how SARS-CoV-2 interacts with another major respiratory pathogen. Author summary During the COVID-19 pandemic, non-pharmaceutical measures were able to reduce the spread of SARS-CoV-2 and most respiratory viruses. Since the ease of these measures, SARS-CoV-2 variants and other viruses, such as influenza A, have started to co-circulate and can now infect a same host and interact with each other. These interactions can lead to attenuated or aggravated infections and can affect the timing of epidemics. Therefore, it is very important to elucidate how the new SARS-CoV-2 interacts with other viruses to better predict their implications in human health and their epidemic activity. Our work contributes to better understand these interactions using viruses that have likely co-circulated after lifting mitigation interventions, i.e., SARS-CoV-2 Omicron variant and a contemporary influenza A/H3N2 strain. We studied how each virus may affect the other virus’ growth and how these interactions were associated with the innate immune response of the host. We found that a prior infection with influenza A can decrease the growth of SARS-CoV-2 while the latter reduces the innate immune response. Our results help to understand the interplay between SARS-CoV-2 and influenza A in the host and may improve mathematical models predicting epidemics.

Abstract Live-Attenuated Vaccines (LAVs) stimulate robust mucosal and cellular responses and have the potential to protect against Respiratory Syncytial Virus (RSV) and Human Metapneumovirus (HMPV), the main etiologic agents of viral bronchiolitis and pneumonia in children. We inserted the RSV-F gene into an HMPV-based LAV (Metavac®) we previously validated for the protection of mice against HMPV challenge, and rescued a replicative recombinant virus (Metavac®-RSV), exposing both RSV- and HMPV-F proteins at the virion surface and expressing them in reconstructed human airway epithelium models. When administered to BALB/c mice by the intranasal route, bivalent Metavac®-RSV demonstrated its capacity to replicate with reduced lung inflammatory score and to protect against both RSV and lethal HMPV challenges in vaccinated mice while inducing strong IgG and broad RSV and HMPV neutralizing antibody responses. Altogether, our results showed the versatility of the Metavac® platform and suggested that Metavac®-RSV is a promising mucosal bivalent LAV candidate to prevent pneumovirus-induced diseases.

Objectives To assess the seroprevalence of infection-acquired SARS-CoV-2 and the mental health of school/daycare staff in the months after reopening of schools in Montreal, Quebec (Canada) in the Fall of 2020 and whether these varied by school and participant characteristics. Design A cross-sectional design based on a convenience sample of schools/daycares and staff was used as the originally planned longitudinal design was no longer feasible due to obstacles in recruitment, for example, teacher’s strike. Setting Forty-nine schools/daycares in four Montreal neighbourhoods from March to October 2021. Participants Three-hundred and sixty-two participants completed both questionnaires and serology tests. Primary and secondary outcome measures SARS-CoV-2 seroprevalence and prevalence of anxiety, depression, resilience and burnout/emotional exhaustion. Results The seroprevalence estimate made representative to the Quebec population of educators was 8.6% (95% CI 5.2 to 13.0). The adjusted seroprevalence in high school was 20% that of elementary school (aRR=0.20, 95% CI 0.07 to 0.58). Thirty per cent of seropositive staff were exposed to a household member with confirmed COVID-19. Prevalence of high emotional exhaustion/burnout was 35%, 44% and 53% in daycare, elementary school and high school staff, respectively. However, moderate/severe anxiety and depression and low resilience did not exceed 18%. After adjusting for confounders, being very afraid of catching COVID-19 at school was associated with moderate–severe anxiety, moderate–severe depression and high emotional exhaustion (aRR=4.4, 95% CI 2.2 to 8.9; aRR=2.8, 95% CI 1.5 to 5.4; aRR=2.2, 95% CI 1.6 to 3.0, respectively). Conclusion The seroprevalence, anxiety and depression among school/daycare staff were comparable to the reported levels in the adult population of Quebec. The prevalence of emotional exhaustion/burnout was high across all school levels and exceeding the average across all occupations in the USA and in teachers in Germany.

Neuraminidase (NA) inhibitors (NAIs), including oseltamivir and zanamivir, play an important therapeutic role against influenza infections in immunocompromised patients. In such settings, however, NAI therapy may lead to the emergence of resistance involving mutations within the influenza surface genes. The aim of this study was to investigate the evolution of hemagglutinin (HA) and NA genes of influenza A(H1N1)pdm09 virus in an immunocompromised patient receiving oseltamivir then zanamivir therapies. Nasopharyngeal swabs (NPS) samples were collected between 01-27-2018 and 04-20-2018 from a hematopoietic stem cell transplant recipient. These included 11 samples collected either pre-therapy, during oseltamivir and zanamivir as well as after therapy. The A(H1N1)pdm09 HA/NA genes were sequenced. The H275Y NA substitution was quantified by droplet digital RT-PCR assay. A(H1N1)pdm09 recombinant viruses containing HA mutations were tested by HA elution experiments to investigate in vitro binding properties. Oseltamivir rapidly induced the H275Y NA mutation which constituted 98.33% of the viral population after 15 days of oseltamivir treatment. The related HA gene contained S135A and P183S substitutions within the receptor-binding site. After a switch to zanamivir, 275H/Y and 119E/G/D mixed populations were detected. In the last samples, the double H275Y-E119G NA variant dominated with S135A and P183S HA substitutions. This report confirms that oseltamivir can rapidly induce the emergence of the H275Y substitution in A(H1N1)pdm09 viruses and subsequent switch to zanamivir can lead to additional substitutions at codon E119 resulting in multi-drug resistance. Such data highlight the need for novel antiviral agents.

Human metapneumovirus (HMPV) is a major pediatric respiratory pathogen with currently no specific treatment or licensed vaccine. Different strategies to prevent this infection have been evaluated, including live-attenuated vaccines (LAV) based on SH and/or G protein deletions. This approach showed promising outcomes but has not been evaluated further using different viral strains. In that regard, we previously showed that different HMPV strains harbor distinct in vitro fusogenic and in vivo pathogenic phenotypes, possibly influencing the selection of vaccine strains. In this study, we investigated the putative contribution of the low conserved SH or G accessory proteins in such strain-dependent phenotypes and generated recombinant wild type (WT) and SH- or G-deleted viruses derived from two different patient-derived HMPV strains, A1/C-85473 and B2/CAN98-75. The ΔSH and ΔG deletions led to different strain-specific phenotypes in both LLC-MK2 cell and reconstituted human airway epithelium models. More interestingly, the ΔG-85473 and especially ΔSH-C-85473 recombinant viruses conferred significant protection against HMPV challenge and induced immunogenicity against a heterologous strain. In conclusion, our results show that the viral genetic backbone should be considered in the design of live-attenuated HMPV vaccines, and that a SH-deleted virus based on the A1/C-85473 HMPV strain could be a promising LAV candidate as it is both attenuated and protective in mice while being efficiently produced in a cell-based system.