The area of the Middle–Lower Yangtze River valley, Eastern China, extending from Wuhan (Hubei province) to western Zhenjiang (Jiangsu province), hosts an important belt of Cu–Au–Mo and Fe deposits. There are two styles of mineralization, i.e., skarn/porphyry/stratabound Cu–Au–Mo–(Fe) deposits and magnetite porphyry deposits in several NNE-trending Cretaceous fault-bound volcanic basins. The origin of both deposit systems is much debated. We dated 11 molybdenite samples from five skarn/porphyry Cu–Au–Mo deposits and 5 molybdenite samples from the Datuanshan stratabound Cu–Au–Mo deposit by ICP-MS Re–Os isotope analysis. Nine samples from the same set were additionally analyzed by NTIMS on Re–Os. Results from the two methods are almost identical. The Re–Os model ages of 16 molybdenite samples range from 134.7 ± 2.3 to 143.7 ± 1.6 Ma (2σ). The model ages of the five samples from the Datuanshan stratabound deposit vary from 138.0 ± 3.2 to 140.8 ± 2.0 Ma, with a mean of 139.3 ± 2.6 Ma; their isochron age is 139.1 ± 2.7 Ma with an initial Os ratio of 0.7 ± 8.1 (MSWD = 0.29). These data indicate that the porphyry/skarn systems and the stratabound deposits have the same age and suggest an origin within the same metallogenic system. Albite 40Ar/39Ar dating of the magnetite porphyry deposits indicates that they formed at 123 to 125 Ma, i.e., 10–20 Ma later. Both mineralization styles characterize transitional geodynamic regimes, i.e., the period around 140 Ma when the main NS-trending compressional regime changed to an EW-trending lithospheric extensional regime, and the period of 125–115 Ma of dramatic EW-trending lithospheric extension.

Abstract The emergence of perturbation transcriptomics provides a new perspective and opportunity for drug discovery, but existing analysis methods suffer from inadequate performance and limited applicability. In this work, we present PertKGE, a method designed to improve compound-protein interaction with knowledge graph embedding of perturbation transcriptomics. PertKGE incorporates diverse regulatory elements and accounts for multi-level regulatory events within biological systems, leading to significant improvements compared to existing baselines in two critical “cold-start” settings: inferring binding targets for new compounds and conducting virtual ligand screening for new targets. We further demonstrate the pivotal role of incorporating multi- level regulatory events in alleviating dataset bias. Notably, it enables the identification of ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase-1 as the target responsible for the unique anti- tumor immunotherapy effect of tankyrase inhibitor K-756, and the discovery of five novel hits targeting the emerging cancer therapeutic target, aldehyde dehydrogenase 1B1, with a remarkable hit rate of 10.2%. These findings highlight the potential of PertKGE to accelerate drug discovery by elucidating mechanisms of action and identifying novel therapeutic compounds.

Structure-based drug design (SBDD) relies on accurate knowledge of protein structure and ligand-binding conformations. However, most of the static conformations obtained by advanced methods such as structural biology and de novo protein folding algorithms often don't meet the needs for drug design. We introduce PackDock, a flexible docking method that combines "conformation selection" and "induced fit" mechanisms in a two-stage docking pipeline. The core module of this method is PackPocket, which uses a diffusion model to explore the side-chain conformation space in ligand binding pockets, both with or without a ligand. We evaluate our method using several tests that reflect real-world application scenarios. (1) Side-chain packing and Re-docking experiments validate the ability of PackDock to predict accurate side-chain conformations and ligand conformations. (2) Cross-docking experiments with apo and non-homologous ligand-induced holo structures align with real docking scenarios, demonstrating PackDock's practical value. (3) Docking experiments with hypothetical models show that PackPocket can potentially conduct SBDD starting from protein sequence information only. Additionally, we found that PackDock can identify key amino acid conformation changes, which may provide insights for lead compound optimization. We demonstrate PackDock can accurately predict the complex conformations in various application scenarios, by combining the conformation selection theory and the induced fit theory, and by using the ability of PackPocket to accurately predict the side chain conformations in the pocket region. We believe this method can improve the usability of existing structures, providing a new perspective for the SBDD community.

The giant Changba-Lijiagou (Ch-L) Pb-Zn deposit is in the northeast part of the Xicheng ore cluster, Western Qinling Orogen. The ore genesis remains controversial; it could be either a sedimentary exhalative genetic type or an epigenetic hydrothermal genetic type. Here, in situ titanite U-Pb dating for the two kinds of titanite is presented, yielding ages of 212.8 ± 3.0 Ma in the mineralized skarn ore and 214.6 ± 5.1 Ma in the host rock. These ages conform to the previously reported magmatic zircon age (229–211 Ma) based on the in situ zircon U-Pb dating of plutons in this district and the time of large-scale magmatic–hydrothermal activities in Western Qinling Orogen (229–209 Ma). Titanites occurring in mineralized skarn and those that are calcite-hosted are similar to hydrothermal-origin titanites in major element characteristics. The Eu anomalies in the two types of titanite record oxidizing conditions during the mineralization process. A mineral assemblage of garnet, pyroxene, riebeckite, biotite, and potash feldspar, replacing the albite, is well-developed in the deposit. The mineralogical and geochronological characteristics indicate that the Ch-L Pb-Zn deposit is a distal skarn deposit and the result of intensive tectonomagmatic processes in the Xicheng ore cluster during the process of the Late Triassic orogeny.

The Qiyugou gold orefield is situated in the Eastern Qinling. It is a magmatic hydrothermal system, which includes cryptoexplosive breccia-type, vein-type, and porphyry gold deposits. However, the gold sources and physical–chemical conditions of precipitation of the newly discovered porphyry gold deposit, the Qi189, have not yet been well studied. It also hinders the comprehensive understanding of magmatic–hydrothermal gold systems in the Qiyugou gold orefield. Thus, detailed field and microscopic observations, C–O–He–Ar isotopic analysis, in situ major/trace element analysis, and thermodynamic studies on the Qi189 porphyry gold deposit have been carried out in this study. This deposit has three hydrothermal stages: the (I) early quartz–K-feldspar–molybdenite–magnetite stage, (II) middle quartz–sericite–pyrite–Te–Bi-mineral stage, as well as (III) late calcite–quartz stage. The carbon and He–Ar isotopic compositions suggest deep-seated sources of ore-forming fluids with mantle component proportions of up to 37 %. Oxygen isotopic compositions indicate the gradual involvement of more meteoric water in ore-forming fluids during stages I–III. The meteoric water input and reduction in temperature and pressure in the early stage II increased oxygen fugacity and decreased the pH values of ore-forming fluids. Then, in hematite and sulfides formation during late stage II, the oxygen and sulfur fugacities of ore-forming fluids gradually decreased. Precipitation of native gold and Au-bearing telluride grains with quartz-sericite alteration in stage II is significant for Au enrichment, which occurred under acidic (pH = 3.64–5.71), low-logfO2 (<-34.86), low-logfS2 (−13.07 to −11.13) and low-logfTe2 (−15.55 to −10.32) conditions. Therefore, abundant mantle components and changes in the pH, logfO2, logfS2, and logfTe2 of the ore-forming fluids play important roles in gold enrichment. Combined with previous studies, this work also provides some new evidence for identifying a magmatic-hydrothermal gold system in this district, including similar sulfide trace elements, δ13CV-PDB compositions, and changes in logfO2 and logfS2 of various types of gold deposits in a gold orefield.