Healthy Research Rewards
ResearchHub is incentivizing healthy research behavior. At this time, first authors of open access papers are eligible for rewards. Visit the publications tab to view your eligible publications.
Got it
CD
Cécile Desbiez
Author with expertise in Viral RNA Silencing and Plant Immunity
Achievements
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
4
(75% Open Access)
Cited by:
1
h-index:
28
/
i10-index:
57
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Reconceptualizing transcriptional slippage in plant RNA viruses

Adrián Vallí et al.Sep 17, 2024
ABSTRACT RNA viruses have evolved sophisticated strategies to exploit the limited encoded information within their typically compact genomes. One of them, named transcriptional slippage (TS), is characterized by the appearance of indels in nascent viral RNAs, leading to changes in the open reading frame (ORF). Although members of unrelated viral families express key proteins via TS, the available information about this phenomenon is still limited. In potyvirids (members of the Potyviridae family), TS has been defined by the insertion of an additional A at A n motifs ( n ≥ 6) in newly synthesized transcripts at a low frequency, modulated by nucleotides flanking the A-rich motif. Here, by using diverse experimental approaches and a collection of plant/virus combinations, we discover cases not following this definition. In summary, we observe (i) a high rate of single-nucleotide deletions at slippage motifs, (ii) overlapping ORFs acceded by slippage at an U 8 stretch, and (iii) changes in slippage rates induced by factors not related to cognate viruses. Moreover, a survey of whole-genome sequences from potyvirids shows a widespread occurrence of species-specific A n /U n ( n ≥ 6) motifs. Even though many of them, but not all, lead to the production of truncated proteins rather than access to overlapping ORFs, these results suggest that slippage motifs appear more frequently than expected and play relevant roles during virus evolution. Considering the potential of this phenomenon to expand the viral proteome by acceding to overlapping ORFs and/or producing truncated proteins, a re-evaluation of TS significance during infections of RNA viruses is required. IMPORTANCE Transcriptional slippage (TS) is used by RNA viruses as another strategy to maximize the coding information in their genomes. This phenomenon is based on a peculiar feature of viral replicases: they may produce indels in a small fraction of newly synthesized viral RNAs when transcribing certain motifs and then produce alternative proteins due to a change of the reading frame or truncated products by premature termination. Here, using plant-infecting RNA viruses as models, we discover cases expanding on previously established features of plant virus TS, prompting us to reconsider and redefine this expression strategy. An interesting conclusion from our study is that TS might be more relevant during RNA virus evolution and infection processes than previously assumed.
0

Reconceptualizing programmed transcriptional slippage in RNA viruses

Adrián Vallí et al.Feb 7, 2024
ABSTRACT RNA viruses have evolved sophisticated strategies to exploit the limited encoded information within their typically compact genomes. One of such, named programmed transcriptional slippage (PTS), is defined by the insertion of an additional A at A n motifs (n ≥ 6) of newly synthetized viral transcripts to get access to overlapping open reading frames (ORFs). Although key proteins from Ebolavirus and potyvirids (members of the Potyviridae family) are expressed via PTS, available information about this phenomenon is very scarce. Here, by using diverse experimental approaches and a collection of plant/virus combinations, we discover cases in which PTS does not fit with its current definition. In summary, we observe (i) high rate of single nucleotide deletions at slippage motifs, (ii) overlapping ORFs acceded by slippage at an U 8 stretch, and (iii) significant changes in slippage rates induced by factors not related to cognate viruses. Moreover, a survey of full-genome sequences from potyvirids shows a widespread occurrence of species-specific A n /U n (n ≥ 6) motifs. Even though many of them, but not all, lead to the production of truncated proteins rather than access to overlapping ORFs, these results suggest that slippage motifs appear more frequently than expected and play relevant roles during virus evolution. In conclusion, our data prompt to broaden PTS definition in RNA viruses. Considering the potential of this phenomenon to expand the viral proteome by acceding to overlapping ORFs and/or producing truncated proteins, a revaluation of PTS significance during infections of RNA viruses is required. IMPORTANCE Programmed transcriptional slippage (PTS) is used by RNA viruses as another strategy to maximise the coding information in their genomes. This phenomenon is based on a peculiar feature of viral replicases: they insert an untemplated A in An motifs (n ≥ 6) in a small fraction of newly synthesised viral RNAs. As a consequence, ribosomes can get access to overlapping open reading frames (ORFs) when translating those particular transcripts. Here, using plant-infecting RNA viruses as models, we discover cases challenging the previously stablished definition of viral PTS, prompting us to reconsider and redefine this expression strategy. An interesting conclusion from our study is that PTS might be more relevant during RNA virus evolution and infection processes than previously assumed.
0

Outbreak of cucumber mosaic virus subgroup IB in pepper from the Espelette area (Basque Country, southwestern France) and first report of five taxa as natural hosts of CMV

Jonathan Gaudin et al.Dec 5, 2024
To better understand the emergence of cucumber mosaic virus (CMV) in the protected designation of origin of Espelette pepper (southwestern France), more than 7,300 samples were collected in and around 36 pepper fields in 2021 and 2022, and diagnosed using ELISA, RT-PCR and partial Sanger sequencing of viral RNAs. This allowed the identification of five new host genera or species among the natural hosts of CMV: Arum italicum, Cerastium glomeratum, Hyacinthoides sp., Lysimachia arvensis and Trifolium incarnatum. A CMV variant belonging to subgroup IB and presenting a low molecular diversity was highly prevalent in the pepper crops (78% of the pepper samples) as well as in naturally growing plants (8% of the non-pepper samples) within the fields. CMV isolates from group II were detected in a single pepper plant as well as in Hyacinthoides sp. (3 samples), Capsella bursa-pastoris (2 samples) and Stachys arvensis (1 sample). To our knowledge, this is the second report of the occurrence of subgroup IB of CMV in France. Investigation of old pepper samples indicate that it was present at least since 2009.