RJ
Robert Jackson
Author with expertise in Genomics and Pathogenicity of Plant Pathogenic Bacteria
Achievements
Cited Author
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
15
(73% Open Access)
Cited by:
2,906
h-index:
59
/
i10-index:
181
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Impact of Relational Coordination on Quality of Care, Postoperative Pain and Functioning, and Length of Stay

Jody Gittell et al.Aug 1, 2000
+8
B
K
J
Health care organizations face pressures from patients to improve the quality of care and clinical outcomes, as well as pressures from managed care to do so more efficiently. Coordination, the management of task interdependencies, is one way that health care organizations have attempted to meet these conflicting demands.The objectives of this study were to introduce the concept of relational coordination and to determine its impact on the quality of care, postoperative pain and functioning, and the length of stay for patients undergoing an elective surgical procedure. Relational coordination comprises frequent, timely, accurate communication, as well as problem-solving, shared goals, shared knowledge, and mutual respect among health care providers.Relational coordination was measured by a cross-sectional questionnaire of health care providers. Quality of care was measured by a cross-sectional postoperative questionnaire of total hip and knee arthroplasty patients. On the same questionnaire, postoperative pain and functioning were measured by the WOMAC osteoarthritis instrument. Length of stay was measured from individual patient hospital records.The subjects for this study were 338 care providers and 878 patients who completed questionnaires from 9 hospitals in Boston, MA, New York, NY, and Dallas, TX, between July and December 1997.Quality of care, postoperative pain and functioning, and length of acute hospital stay.Relational coordination varied significantly between sites, ranging from 3.86 to 4.22 (P <0.001). Quality of care was significantly improved by relational coordination (P <0.001) and each of its dimensions. Postoperative pain was significantly reduced by relational coordination (P = 0.041), whereas postoperative functioning was significantly improved by several dimensions of relational coordination, including the frequency of communication (P = 0.044), the strength of shared goals (P = 0.035), and the degree of mutual respect (P = 0.030) among care providers. Length of stay was significantly shortened (53.77%, P <0.001) by relational coordination and each of its dimensions.Relational coordination across health care providers is associated with improved quality of care, reduced postoperative pain, and decreased lengths of hospital stay for patients undergoing total joint arthroplasty. These findings support the design of formal practices to strengthen communication and relationships among key caregivers on surgical units.
0
Citation617
0
Save
0

Effect of Mycobacterium tuberculosis on HIV replication. Role of immune activation.

Delia Goletti et al.Aug 1, 1996
+7
R
D
D
Abstract The prevalence of Mycobacterium tuberculosis (MTB) has increased worldwide, in part due to the HIV epidemic. Epidemiology data have demonstrated that HIV-infected individuals are more susceptible to MTB disease, which may lead to an acceleration in the progression of HIV disease. The purpose of this study was to determine whether MTB modulates HIV infection in vivo and to delineate the mechanisms involved by using in vitro model systems. Plasma viral load was measured in HIV-infected individuals before, during, and after the development of MTB disease; a 5- to 160-fold increase in viral replication was observed during the acute phase of MTB disease. In order to evaluate the mechanisms involved in this MTB-induced HIV replication, we used an in vitro system of primary PBMC and lymph node mononuclear cells isolated from HIV-infected individuals. The data demonstrated that MTB induced HIV replication in CD8+ T cell-depleted lymphocytes from HIV-infected individuals with a history of purified protein derivative (PPD) positivity but not in those who were PPD negative; this induction of HIV replication correlated with the level of cellular activation. In an in vitro acute HIV infection model, MTB increased HIV replication in PBMC from healthy donors with a history of PPD positivity, but not in PBMC from PPD-negative donors and this induction of viral replication also correlated with cellular activation. In conclusion, MTB increased HIV replication in vivo and in an in vitro model. This MTB-mediated viral production likely occurs through Ag-specific activation and infection of responding T cells.
0

Phylogeny of the genus Pseudomonas: intrageneric structure reconstructed from the nucleotide sequences of gyrB and rpoD genes The GenBank accession numbers for the sequences determined in this work are: gyrB, D37926, D37297, D86005–D86019 and AB039381–AB039492; rpoD, D86020–D86036 and AB039493–AB039624.

Satoshi Yamamoto et al.Oct 1, 2000
+3
D
H
S
Phylogenetic analysis of the genus Pseudomonas was conducted by using the combined gyrB and rpoD nucleotide sequences of 31 validly described species of Pseudomonas (a total of 125 strains). Pseudomonas strains diverged into two major clusters designated intrageneric cluster I (IGC I) and intrageneric cluster II (IGC II). IGC I was further split into two subclusters, the ‘P. aeruginosa complex’, which included P. aeruginosa, P. alcaligenes, P. citronellolis, P. mendocina, P. oleovorans and P. pseudoalcaligenes, and the ‘P. stutzeri complex’, which included P. balearica and P. stutzeri. IGC II was further split into three subclusters that were designated the ‘P. putida complex’, the ‘P. syringae complex’ and the ‘P. fluorescens complex’. The ‘P. putida complex’ included P. putida and P. fulva. The ‘P. syringae complex’ was the cluster of phytopathogens including P. amygdali, P. caricapapayae, P. cichorii, P. ficuserectae, P. viridiflava and the pathovars of P. savastanoi and P. syringae. The ‘P. fluorescens complex’ was further divided into two subpopulations, the ‘P. fluorescens lineage’ and the ‘P. chlororaphis lineage’. The ‘P. fluorescens lineage’ contained P. fluorescens biotypes A, B and C, P. azotoformans, P. marginalis pathovars, P. mucidolens, P. synxantha and P. tolaasii, while the ‘P. chlororaphis lineage’ included P. chlororaphis, P. agarici, P. asplenii, P. corrugata, P. fluorescens biotypes B and G and P. putida biovar B. The strains of P. fluorescens biotypes formed a polyphyletic group within the ‘P. fluorescens complex’.
0
Citation483
0
Save
0

Withdrawal of pharmacological treatment for heart failure in patients with recovered dilated cardiomyopathy (TRED-HF): an open-label, pilot, randomised trial

Brian Halliday et al.Nov 11, 2018
+23
J
R
B
Patients with dilated cardiomyopathy whose symptoms and cardiac function have recovered often ask whether their medications can be stopped. The safety of withdrawing treatment in this situation is unknown.
0

CD25+CD4+ Regulatory T Cells from the Peripheral Blood of Asymptomatic HIV-infected Individuals Regulate CD4+ and CD8+ HIV-specific T Cell Immune Responses In Vitro and Are Associated with Favorable Clinical Markers of Disease Status

Audrey Kinter et al.Jul 26, 2004
+8
M
L
A
Human immunodeficiency virus (HIV) disease is associated with loss of CD4(+) T cells, chronic immune activation, and progressive immune dysfunction. HIV-specific responses, particularly those of CD4(+) T cells, become impaired early after infection, before the loss of responses directed against other antigens; the basis for this diminution has not been elucidated fully. The potential role of CD25(+)CD4(+) regulatory T cells (T reg cells), previously shown to inhibit immune responses directed against numerous pathogens, as suppressors of HIV-specific T cell responses was investigated. In the majority of healthy HIV-infected individuals, CD25(+)CD4(+) T cells significantly suppressed cellular proliferation and cytokine production by CD4(+) and CD8(+) T cells in response to HIV antigens/peptides in vitro; these effects were cell contact dependent and IL-10 and TGF-beta independent. Individuals with strong HIV-specific CD25(+) T reg cell function in vitro had significantly lower levels of plasma viremia and higher CD4(+): CD8(+) T cell ratios than did those individuals in whom this activity could not be detected. These in vitro data suggest that CD25(+)CD4(+) T reg cells may contribute to the diminution of HIV-specific T cell immune responses in vivo in the early stages of HIV disease.
0

Genomic and genetic analyses of diversity and plant interactions of Pseudomonas fluorescens

Mark Silby et al.Jan 1, 2009
+31
G
A
M
Pseudomonas fluorescens are common soil bacteria that can improve plant health through nutrient cycling, pathogen antagonism and induction of plant defenses. The genome sequences of strains SBW25 and Pf0-1 were determined and compared to each other and with P. fluorescens Pf-5. A functional genomic in vivo expression technology (IVET) screen provided insight into genes used by P. fluorescens in its natural environment and an improved understanding of the ecological significance of diversity within this species. Comparisons of three P. fluorescens genomes (SBW25, Pf0-1, Pf-5) revealed considerable divergence: 61% of genes are shared, the majority located near the replication origin. Phylogenetic and average amino acid identity analyses showed a low overall relationship. A functional screen of SBW25 defined 125 plant-induced genes including a range of functions specific to the plant environment. Orthologues of 83 of these exist in Pf0-1 and Pf-5, with 73 shared by both strains. The P. fluorescens genomes carry numerous complex repetitive DNA sequences, some resembling Miniature Inverted-repeat Transposable Elements (MITEs). In SBW25, repeat density and distribution revealed 'repeat deserts' lacking repeats, covering approximately 40% of the genome. P. fluorescens genomes are highly diverse. Strain-specific regions around the replication terminus suggest genome compartmentalization. The genomic heterogeneity among the three strains is reminiscent of a species complex rather than a single species. That 42% of plant-inducible genes were not shared by all strains reinforces this conclusion and shows that ecological success requires specialized and core functions. The diversity also indicates the significant size of genetic information within the Pseudomonas pan genome.
0
Citation402
0
Save
62

Plasmid manipulation of bacterial behaviour through translational regulatory crosstalk

Catriona Thompson et al.Jun 27, 2022
+10
G
J
C
Abstract Beyond their role in horizontal gene transfer, conjugative plasmids commonly encode homologues of bacterial regulators. Known plasmid regulator homologues have highly targeted effects upon the transcription of specific bacterial traits. Here, we characterise a plasmid translational regulator, RsmQ, capable of taking global regulatory control in Pseudomonas fluorescens and causing a behavioural switch from motile to sessile lifestyle. RsmQ acts as a global regulator controlling the host proteome through direct interaction with host mRNAs and interference with the host’s translational regulatory network. This mRNA interference leads to largescale proteomic changes in metabolic genes, key regulators and genes involved in chemotaxis, thus controlling bacterial metabolism and motility. Moreover, comparative analyses found RsmQ on a large number of divergent plasmids isolated from multiple bacterial host taxa, suggesting the widespread importance of RsmQ for manipulating bacterial behaviour across clinical, environmental, and agricultural niches. RsmQ is a widespread plasmid global translational regulator primarily evolved for host chromosomal control to manipulate bacterial behaviour and lifestyle. Significance Statement Plasmids are recognised for their important role in bacterial evolution as drivers of horizontal gene transfer. Less well understood are the effects of plasmids upon bacterial behaviours by manipulating the expression of key bacterial phenotypes. Until now, examples of plasmid manipulation of their bacterial hosts were limited to highly targeted transcriptional control of a few related traits. In contrast, here we describe the first plasmid global translational regulator evolved to control the bacterial behavioural switch from a motile to a sessile lifestyle and bacterial metabolism, mediated through manipulation of the bacterial proteome. Moreover, this global translational regulator is common across divergent plasmids in a wide range of bacterial host taxa, suggesting that plasmids may commonly control bacterial lifestyle in the clinic, agricultural fields, and beyond.
62
Citation2
0
Save
1

A mutational hotspot that determines highly repeatable evolution can be built and broken by silent genetic changes

J. Horton et al.Jan 4, 2021
+2
R
L
J
Abstract Mutational hotspots can determine evolutionary outcomes and make evolution repeatable. Hotspots are products of multiple evolutionary forces including mutation rate heterogeneity, but this variable is often hard to identify. In this work we reveal that a powerfully deterministic genetic hotspot can be built and broken by a handful of silent mutations. We observed this when studying homologous immotile variants of the bacteria Pseudomonas fluorescens , AR2 and Pf0-2x. AR2 resurrects motility through highly repeatable de novo mutation of the same nucleotide in >95% lines in minimal media ( ntrB A289C). Pf0-2x, however, evolves via a number of mutations meaning the two strains diverge significantly during adaptation. We determined that this evolutionary disparity was owed to just 6 synonymous variations within the ntrB locus, which we demonstrated by swapping the sites and observing that we were able to both break (>95% to 0% in AR2) and build (0% to 80% in Pf0-2x) a powerfully deterministic mutational hotspot. Our work reveals a fundamental role for silent genetic variation in determining adaptive outcomes.
1
Citation1
0
Save
0

Coevolutionary analysis of Pseudomonas syringae–phage interactions to help with rational design of phage treatments

Mojgan Rabiey et al.Jun 1, 2024
+14
P
E
M
Treating plant bacterial diseases is notoriously difficult because of the lack of available antimicrobials. Pseudomonas syringae pathovar syringae (Pss) is a major pathogen of cherry (Prunus avium) causing bacterial canker of the stem, leaf and fruit, impacting productivity and leading to a loss of trees. In an attempt to find a treatment for this disease, naturally occurring bacteriophage (phage) that specifically target Pss is being investigated as a biocontrol strategy. However, before using them as a biocontrol treatment, it is important to both understand their efficacy in reducing the bacterial population and determine if the bacterial pathogens can evolve resistance to evade phage infection. To investigate this, killing curve assays of five MR phages targeting Pss showed that phage resistance rapidly emerges in vitro, even when using a cocktail of the five phages together. To gain insight to the changes occurring, Pss colonies were collected three times during a 66-h killing curve assay and separately, Pss and phage were also coevolved over 10 generations, enabling the measurement of genomic and fitness changes in bacterial populations. Pss evolved resistance to phages through modifications in lipopolysaccharide (LPS) synthesis pathways. Bacterial fitness (growth) and virulence were affected in only a few mutants. Deletion of LPS-associated genes suggested that LPS was the main target receptor for all five MR phages. Later generations of coevolved phages from the coevolution experiment were more potent at reducing the bacterial density and when used with wild-type phages could reduce the emergence of phage-resistant mutants. This study shows that understanding the genetic mechanisms of bacterial pathogen resistance to phages is important for helping to design a more effective approach to kill the bacteria while minimizing the opportunity for phage resistance to manifest.
0

Exploring the Exclusive Isolation of Pseudomonas syringae in Peltigera Lichens via metabolite analysis and growth assays

Natalia Ramírez et al.Sep 6, 2024
+4
M
D
N
The specific association of the potentially plant-pathogenic Pseudomonas syringae with Peltigera lichens raises questions about the factors driving this host specificity. To explore this, the metabolic profile of seven lichen species belonging to three genera (Cladonia, Peltigera, and Stereocaulon) was analysed using LC-MSMS. Additionally, we assessed the growth of P. syringae strains in media supplemented with extracts from each lichen species. This revealed that Peltigera exhibits lower metabolite richness compared to other genera, but shows a higher chemical investment in specific compounds. Growth kinetics showed comparable P. syringae growth across lichen-supplemented media, except for C. arbuscula and Cladonia sp., where the former exhibited lower growth rates. Inhibition assays with lichen extracts showed no inhibition of P. syringae. The lichen metabolome is predominantly composed of lipids and organic acids. Furthermore, specific compounds, such as aminoglycosides, may facilitate P. syringae presence in Peltigera by inhibiting Bacillus subtilis and other antagonists. Additionally, compounds absent in Peltigera, like anthracene, might serve as a carbon source inhibitors like B. velezensis.
Load More