T helper 9 (Th9) cells are specialized for the production of IL-9, promote allergic inflammation in mice, and are associated with allergic disease in humans. It has not been determined whether Th9 cells express a characteristic transcriptional signature. In this study, we performed microarray analysis to identify genes enriched in Th9 cells compared with other Th subsets. This analysis defined a transcriptional regulatory network required for the expression of a subset of Th9-enriched genes. The activator protein 1 (AP1) family transcription factor BATF (B cell, activating transcription factor–like) was among the genes enriched in Th9 cells and was required for the expression of IL-9 and other Th9-associated genes in both human and mouse T cells. The expression of BATF was increased in Th9 cultures derived from atopic infants compared with Th9 cultures from control infants. T cells deficient in BATF expression had a diminished capacity to promote allergic inflammation compared with wild-type controls. Moreover, mouse Th9 cells ectopically expressing BATF were more efficient at promoting allergic inflammation than control transduced cells. These data indicate that BATF is a central regulator of the Th9 phenotype and contributes to the development of allergic inflammation.

ABSTRACT RNA binding motif protein 20 (RBM20) is a key regulator of alternative splicing in the heart, and its mutation leads to malignant dilated cardiomyopathy (DCM). To understand the mechanism of RBM20-associated DCM, we engineered isogenic human induced pluripotent stem cells (iPSCs) with heterozygous or homozygous DCM-associated missense mutations in RBM20 (R636S) as well as RBM20 knockout (KO) iPSCs. iPSC-derived engineered heart tissues made from these cell lines recapitulated contractile dysfunction of RBM20-associated DCM and revealed greater dysfunction with missense mutations than KO. Analysis of RBM20 RNA binding by eCLIP revealed a gain-of-function preference of mutant RBM20 for 3′ UTR sequences that are shared with amyotrophic lateral sclerosis (ALS) and processing-body associated RNA binding proteins (FUS, DDX6). Deep RNA sequencing revealed that the RBM20 R636S mutant has unique gene, splicing, polyadenylation and circular RNA defects that differ from RBM20 KO, impacting distinct cardiac signaling pathways. Splicing defects specific to KO or R636S mutations were supported by data from R636S gene-edited pig hearts and eCLIP. Super-resolution microscopy verified that mutant RBM20 maintains limited nuclear localization potential; rather, the mutant protein associates with cytoplasmic processing bodies (DDX6) under basal conditions, and with stress granules (G3BP1) following acute stress. Taken together, our results highlight a novel pathogenic mechanism in cardiac disease through splicing-dependent and -independent pathways that are likely to mediate differential contractile phenotypes and stress-associated heart pathology.

Abstract The gustatory region of the insular cortex (GC) processes taste information in manners important for taste-guided behaviors, including food intake itself. In addition to oral gustatory stimuli, GC activity is also influenced by physiological states including hunger. The specific cell-types and molecular mechanisms that afford with GC with such influences on food intake are unclear. Glucagon-like peptide 1 (GLP-1) is produced by neurons in the brain whereafter it can act upon GLP-1 receptor-expressing (GLP-1R+) neurons found in several brain regions. In these brain regions, GLP-1R agonism suppresses homeostatic food intake and dampens the hedonic value of food. Here, we report in mice of both sexes that cells within the GC express GLP-1R mRNA and further, by ex vivo brain slice recordings, that GC GLP-1R+ neurons are depolarized by the selective GLP-1R agonist, exendin-4 (Ex-4). Next we found that chemogenetic stimulation of GLP-1R+ neurons, and also pharmacological stimulation of GC-GLP-1Rs themselves, both reduced homeostatic food intake. When maintained on a high-fat diet, obese mice exhibited impaired food intake responses when Ex-4 was administered into the GC. Yet, when obese mice were switched to a low-fat diet, the effect of GC Ex-4 was restored – indicating that GC GLP-1R influences may depend upon palatability of the food. Together, these results provide evidence for a specific cell population in the GC which may hold roles in both homeostatic and hedonic food intake.

Parkinson's disease (PD) neuropathology is characterized by intraneuronal protein aggregates composed of misfolded α-Synuclein (α-Syn), as well as degeneration of substantia nigra dopamine neurons. Deficits in olfactory perception and aggregation of α-Syn in the olfactory bulb (OB) are observed during early stages of PD, and have been associated with the PD prodrome, before onset of the classic motor deficits. α-Syn fibrils injected into the OB of mice cause progressive propagation of α-Syn pathology throughout the olfactory system and are coupled to olfactory perceptual deficits. We hypothesized that accumulation of pathogenic α-Syn in the OB impairs neural activity in the olfactory system. To address this, we monitored spontaneous and odor-evoked local field potential dynamics in awake wild type mice simultaneously in the OB and piriform cortex (PCX) one, two, and three months following injection of pathogenic preformed α-Syn fibrils in the OB. We detected α-Syn pathology in both the OB and PCX. We also observed that the presence of α-Syn pathology, triggered by α-Syn fibril injection, influenced certain oscillatory spectral bands in these regions. These changes in neural activity occurred with region specificity, and in some cases transiently relative to the number of months that had elapsed after injection. Together, we provide evidence that α-Syn pathology in the olfactory system impacts in vivo neural activity and provides initial insights into its network-level effects.### Competing Interest StatementPatrik Brundin has received commercial support as a consultant from Axial Biotherapeutics, CuraSen, Fujifilm-Cellular Dynamics International, IOS Press Partners, LifeSci Capital LLC, Lundbeck A/S and Living Cell Technologies LTD. He has received commercial support for grants/research from Lundbeck A/S and Roche. He has ownership interests in Acousort AB and Axial Biotherapeutics and is on the steering committee of the NILO-PD trial. The authors declare no additional competing financial interests.

ABSTRACT The Hippo tumour suppressor pathway controls transcription by regulating nuclear abundance of YAP and TAZ, which activate transcription with the TEAD1-TEAD4 DNA-binding proteins. Recently, several small-molecule inhibitors of YAP and TEADs have been reported, with some now entering clinical trials for different cancers. Here, we investigated the cellular response to TEAD palmitoylation inhibitors, using a combination of genomic and genetic strategies. Genome-wide CRISPR/Cas9 screens identified genes that modulate the cellular response to TEAD inhibition, including members of the Hippo, MAPK and JAK-STAT signaling pathways. By exploring gene expression programs of mutant cells, we found that MAPK pathway hyperactivation confers resistance to TEAD inhibition by reinstating expression of a subset of YAP/TEAD target genes. Consistent with this, combined inhibition of TEAD and the MAPK protein MEK, synergistically blocked proliferation of several mesothelioma and lung cancer cell lines and more potently reduced the growth of patient-derived lung cancers in vivo. Collectively, we reveal mechanisms by which cells can overcome small-molecule inhibition of TEADs and potential strategies to enhance the anti-tumor activity of emerging Hippo pathway targeted therapies.

ABSTRACT The role of splicing dysregulation in cancer is underscored by splicing factor mutations; however, its impact in the absence of such rare mutations is poorly understood. To reveal complex patient subtypes and putative regulators of pathogenic splicing in Acute Myeloid Leukemia (AML), we developed a new approach called OncoSplice. Among diverse new subtypes, OncoSplice identified a biphasic poor prognosis signature that partially phenocopies U2AF1 -mutant splicing, impacting thousands of genes in over 40% of adult and pediatric AML cases. U2AF1 -like splicing co-opted a healthy circadian splicing program, was stable over time and induced a leukemia stem cell (LSC) program. Pharmacological inhibition of the implicated U2AF1 -like splicing regulator, PRMT5, rescued leukemia mis-splicing and inhibited leukemic cell growth. Genetic deletion of IRAK4, a common target of U2AF1 -like and PRMT5 treated cells, blocked leukemia development in xenograft models and induced differentiation. These analyses reveal a new prognostic alternative-splicing mechanism in malignancy, independent of splicing-factor mutations. Statement of significance Using a new in silico strategy we reveal counteracting determinants of patient survival in Acute Myeloid Leukemia that co-opt well-defined mutation-dependent splicing programs. Broad poor-prognosis splicing and leukemia stem cell survival could be rescued through pharmacological inhibition (PRMT5) or target deletion (IRAK4), opening the door for new precision therapies. Competing Interests Conflict-of-interest disclosure: DTS. serves on the scientific advisory board at Kurome Therapeutics; is a consultant for and/or received funding from Kurome Therapeutics, Captor Therapeutics, Treeline Biosciences, and Tolero Therapeutics; and has equity in Kurome Therapeutics. AV has received research funding from GlaxoSmithKline, BMS, Jannsen, Incyte, MedPacto, Celgene, Novartis, Curis, Prelude and Eli Lilly and Company, has received compensation as a scientific advisor to Novartis, Stelexis Therapeutics, Acceleron Pharma, and Celgene, and has equity ownership in Throws Exception and Stelexis Therapeutics.