Logged and disturbed forests are often viewed as degraded and depauperate environments compared with primary forest. However, they are dynamic ecosystems

Abstract The functional stability of ecosystems depends greatly on interspecific differences in responses to environmental perturbation. However, responses to perturbation are not necessarily invariant among populations of the same species, so intraspecific variation in responses might also contribute. Such inter-population response diversity has recently been shown to occur spatially across species ranges, but we lack estimates of the extent to which individual populations across an entire community might have perturbation responses that vary through time. We assess this using 524 taxa that have been repeatedly surveyed for the effects of tropical forest logging at a focal landscape in Sabah, Malaysia. Just 39 % of taxa – all with non-significant responses to forest degradation – had invariant responses. All other taxa (61 %) showed significantly different responses to the same forest degradation gradient across surveys, with 6 % of taxa responding to forest degradation in opposite directions across multiple surveys. Individual surveys had low power (< 80 %) to determine the correct direction of response to forest degradation for one-fifth of all taxa. Recurrent rounds of logging disturbance increased the prevalence of intra-population response diversity, while uncontrollable environmental variation and/or turnover of intraspecific phenotypes generated variable responses in at least 44 % of taxa. Our results show that the responses of individual species to local environmental perturbations are remarkably flexible, likely providing an unrealised boost to the stability of disturbed habitats such as logged tropical forests.

Tropical forests support two-thirds of the world's biodiversity, contribute to global climate regulation, and support the culture and livelihoods of forest-dependent people. Much of extant tropical forest is subject to selective logging and hunting - extractive activities that potentially alter ecosystem function and species diversity. However, the collective impact of these threats, especially in the context of protected vs unprotected areas, is not fully understood. Here we assess how vocalizing biodiversity responds to logging and hunting, across the diel cycle, seasonally, and between protected and unprotected landscapes in Gabon. We compared soundscape saturation across 109 sites in national parks, Forest Stewardship Council (FSC) certified, and non-certified logging concessions. We estimated hunting pressure by quantifying gunshots and relative accessibility per site. Overall, we found that the soundscapes of FSC-certified concessions resembled national parks (selectively logged 20+ years ago) more so than non-certified concessions. We also found that never logged sites, part of a proposed community conserved area, had different soundscapes than all other categories, including national parks. Unlogged sites had higher saturation than logging concessions at dusk and dawn. Soundscapes and hunting pressure were highly variable across different concessions. We found that higher gunshot rates and recent logging were associated with lower soundscape saturation overall. Based on our findings, we recommend that (i) the very few never logged forests that remain (and are not yet protected) should be urgently withdrawn from selective logging, and (ii) FSC or other certification schemes should be promoted in Gabon, with an emphasis on sustainable hunting.

Summary Small island populations, particularly those of large vertebrates, are vulnerable to extinction due to environmental stochasticity and genetic drift. Here, we combined analyses of 113 newly generated ∼10x genomes of anoa ( Bubalus spp.) and babirusa ( Babyrousa spp.) with habitat suitability models to assess the evolutionary trajectories of small and large island populations within the Wallacea archipelago in Indonesia. Our analyses show that, compared to closely related species, populations on the largest island of Sulawesi exhibit low levels of heterozygosity, high levels of inbreeding, and a high proportion of deleterious alleles. In contrast, although populations on smaller islands such as Buton and Togean exhibit lower heterozygosity and higher inbreeding than in larger islands, they also possess fewer deleterious mutations. Analyses of site frequency spectra analyses indicate this likely the result of stronger, long-term purging acting in population from smaller islands. Combined with species distribution models, our results show that populations on small islands have persisted over a long time frame in high quality habitat while populations in the larger island have recently suffered from low habitat quality as a result of heavy exploitation of natural resources. In the case of anoa and babirusa, preservation of small island populations should focus more on improving habitat quality in small islands and avoid translocating individuals from the larger island. In the face of ongoing land-use change on the Sulawesi mainland, we suggest that offshore islands are increasingly crucial for the long-term survival of Wallacea’s iconic and indigenous mammals.

Abstract Aim We assess the potential long‐term viability of orangutan populations across Borneo, considering the effects of habitat loss, and various forms of population reduction, including hunting, retaliatory killings and capture and translocation. Location The study focused on the island of Borneo, a region that has experienced substantial deforestation over the past four decades, resulting in the degradation and fragmentation of its lowland forests, thereby threatening the island's unique biodiversity, including orangutan populations. Methods To evaluate the long‐term viability of orangutan populations, we employed a spatially explicit individual‐based model. This model allowed us to simulate various scenarios, including the impact of removing habitat fragments or individuals from the population. Results Our findings revealed that small forest fragments facilitate orangutan movement, thereby increasing the number of individuals settling in non‐natal patches. Crucially, orangutan populations proved highly vulnerable to even small levels of offtake. Annual removal rates exceeding 2% diminished the positive role of small forest patches in sustaining population connectivity, the long‐term viability of populations and prospects for recovery. Main Conclusions Our results suggest that orangutan populations in Borneo could potentially recover from recent declines if removal of orangutans by hunting, retaliatory killings, capture and translocation is reduced, and habitat connectivity is maintained within human‐modified landscapes. These findings emphasize the urgent need for conservation strategies that mitigate negative human–wildlife interactions, and/or help preserve habitat and fragments as stepping stones. Measures could include promoting coexistence with local communities and translocating orangutans only in rare cases where no suitable alternative exists, to ensure the long‐term survival of orangutan populations in Borneo.