Abstract Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 has caused a pandemic in humans. Farmed mink (Neovison vison) are also susceptible. In Denmark, this virus has spread rapidly among farmed mink, resulting in some respiratory disease. Full-length virus genome sequencing revealed novel virus variants in mink. These variants subsequently appeared within the local human community.

Abstract Mink, on a farm with about 15,000 animals, became infected with SARS-CoV-2. Over 75% of tested animals were positive for SARS-CoV-2 RNA in throat swabs and 100% of tested animals were seropositive. The virus responsible had a deletion of nucleotides encoding residues H69 and V70 within the spike protein gene. The infected mink recovered and after free-testing of the mink, the animals remained seropositive. During follow-up studies, after a period of more than 2 months without virus detection, over 75% of tested animals scored positive again for SARS-CoV-2 RNA. Whole genome sequencing showed that the virus circulating during this re-infection was most closely related to the virus identified in the first outbreak on this farm but additional sequence changes had occurred. Animals had much higher levels of anti-SARS-CoV-2 antibodies after re-infection than at free-testing. Thus, following recovery from an initial infection, seropositive mink rapidly became susceptible to re-infection by SARS-CoV-2. Article Summary Line Following widespread infection with SARS-CoV-2 of mink on a farm, all tested animals had seroconverted and the farm was then tested free of infection; however, less than 3 months later, a further round of infection affected more than 75% of tested animals.

Abstract The severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 (SARS-CoV-2) not only caused the COVID-19 pandemic but also had a major impact on farmed mink production in several European countries. In Denmark, the entire population of farmed mink (over 15 million animals) was culled in late 2020. During the period of June to November 2020, mink on 290 farms (out of about 1100 in the country) were shown to be infected with SARS-CoV-2. Genome sequencing identified changes in the virus within the mink and it is estimated that about 4000 people in Denmark became infected with these mink virus variants. However, the routes of transmission of the virus to, and from, the mink have been unclear. Phylogenetic analysis revealed the generation of multiple clusters of the virus within the mink. Detailed analysis of changes in the virus during replication in mink and, in parallel, in the human population in Denmark, during the same time period, has been performed here. The majority of cases in mink involved variants with the Y435F substitution and the H69/V70 deletion within the Spike (S) protein; these changes emerged early in the outbreak. However, further introductions of the virus, by variants lacking these changes, from the human population into mink also occurred. Based on phylogenetic analysis of viral genome data, we estimate, using a conservative approach, that about 17 separate examples of mink to human transmission occurred in Denmark but up to 59 such events (90% credible interval: (39-77)) were identified using parsimony to count cross-species jumps on transmission trees inferred using Bayesian methods. Using the latter approach, 136 jumps (90% credible interval: (117-164)) from humans to mink were found, which may underlie the farm-to-farm spread. Thus, transmission of SARS-CoV-2 from humans to mink, mink to mink, from mink to humans and between humans were all observed. (298 words) Author summary In addition to causing a pandemic in the human population, SARS-CoV-2 also infected farmed mink. In Denmark, after the first identification of infection in mink during June 2020, a decision was made in November 2020 to cull all the farmed mink. Within this outbreak, mink on 290 farms (out of about 1100 in the country) were found to have been infected. We showed, by analysis of the viruses from the mink, that the viruses on the farms were mainly of three different, but closely related, types (termed Clusters 2, 3 and 4) that shared certain distinctive features. Thus, we found that many outbreaks in mink resulted from transmission of the virus between mink farms. However, we identified that new introductions of other virus variants, presumably from infected humans, also occurred. Furthermore, we showed that spread of the virus from infected mink to humans also happened on multiple occasions. Thus, transmission of these viruses from humans to mink, mink to mink, from mink to humans and between humans were all observed. (172 words)

Highly pathogenic avian influenza (HPAI) is a major concern in terms of animal and human health. Between October 2020 and September 2023, there were 36 HPAI outbreaks detected in poultry and other captive birds in Denmark. However, it is often not possible to determine the exact route of introduction. We conducted a case-control study to compare the odds of exposure to a range of potential risk factors for HPAI virus incursion into Danish poultry or other captive bird holdings with HPAI outbreaks (cases) and with no HPAI outbreaks (controls) during the HPAI epidemiological seasons 2020/2021, 2021/2022 and 2022/2023. The owners of 38 % of the eligible case holdings and 45 % of the eligible control holdings declined to participate, suggesting that HPAI virus infection is a sensitive subject for some owners. The study population included 18 cases and 34 controls. We collected data primarily through questionnaire-based interviews and estimated odds ratios (OR) within a Bayesian framework using a Beta conjugate prior to define the odds directly, with Monte Carlo integration from these posterior distributions of odds to estimate the relevant OR with 95 % credible intervals (CI) and Bayesian p-values. The results indicated that the odds of observing wild waterfowl or gulls on the roof or around farm buildings compared to observing none within 500 m of the holding was higher for case holdings (OR: 18.7, 95 % CI: 3.1-148, p: 0.022). This information can be used for future risk-based monitoring, biosecurity management and placement of captive bird holdings.

Abstract Five epidemiological aspects of ASF were evaluated using literature reviews, field studies, questionnaires and mathematical models. First, a literature review and a case–control study in commercial pig farms emphasised the importance of biosecurity and farming practices, including the spread of manure around farms and the use of bedding material as risk factors, while the use of insect nets was a protective factor. Second, although wild boar density is a relevant known factor, the statistical and mechanistic models did not show a clear and consistent effect of wild boar density on ASF epidemiology in the selected scenarios. Other factors, such as vegetation, altitude, climate and barriers affecting population connectivity, also played a role on ASF epidemiology in wild boar. Third, knowledge on Ornithodoros erraticus competence, presence and surveillance was updated concluding that this species did not play any role in the current ASF epidemic in affected areas of the EU. Available scientific evidence suggests that stable flies and horse flies are exposed to ASFV in affected areas of the EU and have the capacity to introduce ASFV into farms and transmit it to pigs. However, there is uncertainty about whether this occurs, and if so, to what extent. Fourth, research and field experience from affected countries in the EU demonstrates that the use of fences, potentially used with existing road infrastructure, coupled with other control methods such as culling and carcass removal, can effectively reduce wild boar movements contributing to ASF management in wild boar. Fences can contribute to control ASF in both scenarios, focal introductions and wave‐like spread. Fifth, the use of gonadotropin‐releasing hormone (GnRH) vaccines as an immune contraceptive has the potential, as a complementary tool, to reduce and control wild boar populations. However, the development of an oral GnRH vaccine for wild boar still requires substantial additional work.

Abstract Safeguarding global health is a moving target, with changes in climate and human activity raising new threats to public health, animal health and animal welfare. Decision support in the context of health management requires tools capable of making sense of large volumes of complex and multidisciplinary evidence. A One Health living risk assessment tool, L'ORA, was developed to assess the incursion risk for zoonotic and animal diseases using a One Health approach and allowing for automatic updates of the risk assessment. L'ORA estimates the incursion risk as the resultant of four steps: 1) Disease occurrence in source areas based on the distribution of diseases worldwide; 2) Rate of incursion based on the individuals or products moved from source areas to target areas and their probability of infection or contamination and contact with susceptible hosts in target areas; 3) Extent of disease spread in target areas, considering both domestic and wild host populations, vectors if the disease is vector‐borne, and humans if the disease is zoonotic; and 4) Impact of the disease outbreak and concurrent control measures on public health, animal health and animal welfare, accounting for economic, societal, and environmental impacts. L'ORA is a decision support tool that was built as a generic tool comparing the relative risks of multiple diseases across multiple target areas. L'ORA monthly evaluates the incursion risk for each NUTS2 region in the European Union. Results can be used to identify areas of greater risk for each of the diseases to inform risk managers on where to focus attention and resources, and to inform, e.g., risk‐based surveillance.