Abstract The quality and quantity of the ovarian reserve are meticulously regulated through various cell death pathways to guarantee the availability of high-quality oocytes for fertilization. While apoptosis is recognized for contributing to maintaining ovarian reserve, the involvement of other cell death pathways remains unclear. Employing chemical genetics and proteomics, this study reveals the crucial involvement of Cathepsin B in maintaining the ovarian reserve. Results indicate that apoptosis and autophagy play pivotal roles, and inhibiting these pathways significantly increases follicle numbers. Proteomics reveals a dynamic shift from apoptosis to autophagy during follicular development, with Cathepsin B emerging as a key player in this transition. Inhibiting Cathepsin B not only mimics the augmented oocyte reserve observed with autophagy inhibition but also upregulated IGF1R and AKT-mTOR pathways without compromising fertility. Further, IGF1R inhibition partially compromised the protective effects of Cathepsin B inhibition on oocyte reserves, suggesting their interdependence. This association is further supported by the finding that Cathepsin B can degrade IGF1R in vitro. Moreover, the increased IGF1R levels enhance the oocyte mitochondrial membrane potential via transcriptional regulation of mitochondrial biogenesis and mitophagy genes. Remarkably, this Cathepsin B-dependent ovarian reserve maintenance mechanism is conserved in higher-order vertebrates. Cumulatively, our study sheds valuable light on the intricate interplay of autophagy, Cathepsin B, and growth factors in ovarian reserve maintenance, offering potential implications for fertility research.