After its first description in Wuhan (China), SARS-CoV-2 the agent of coronavirus disease 2019 (COVID-19) rapidly spread worldwide. Previous studies suggested that pets could be susceptible to SARS-CoV-2. Here, we investigated the putative infection by SARS-CoV-2 in 22 cats and 11 dogs from owners previously infected or suspected of being infected by SARS-CoV-2. For each animal, rectal, nasopharyngeal swabs and serum were taken. Swabs were submitted to RT-qPCR assays targeting 2 genes of SARS-CoV-2. All dogs were tested SARS-CoV-2 negative. One cat was tested positive by RT-qPCR on rectal swab. Nasopharyngeal swabs from this animal were tested negative. This cat showed mild respiratory and digestive signs. Serological analysis confirms the presence of antibodies against the SARS-CoV-2 in both serum samples taken 10 days apart. Genome sequence analysis revealed that the cat SARS-CoV-2 belongs to the phylogenetic clade A2a like most of the French human SARS-CoV-2. This study reports for the first time the natural infection of a cat in France (near Paris) probably through their owners. There is currently no evidence that cats can spread COVID-19 and owners should not abandon their pets or compromise their welfare.

Abstract We describe the first detection in the European Union of the epizootic haemorrhagic disease virus (EHDV). EHDV-8 has been detected in cattle farms in Sardinia and Sicily. The virus has a direct Northern African origin as its genome is identical (>99.9% nucleotide sequence identity) to EHDV-8 strains detected in Tunisia in 2021/2022.

Summary The outbreak of bluetongue virus (BTV) serotype 8 (BTV-8) during 2006-2009 in Europe was the most costly epidemic of the virus in recorded history. In 2015, a BTV-8 strain re-emerged in France which has continued to circulate since then. To examine anecdotal reports of reduced pathogenicity and transmission efficiency, we investigated the infection kinetics of a 2007 UK BTV-8 strain alongside the re-emerging BTV-8 strain isolated from France in 2017. Two groups of eight BTV-naïve British mule sheep were inoculated with 5.75 log 10 TCID 50 ml −1 of either BTV-8 strain. BTV RNA was detected by 2 dpi in both groups with peak viremia occurring between 5-9 dpi. A significantly greater amount of BTV RNA was detected in sheep infected with the 2007 strain (6.0-8.8 log 10 genome copies mL −1 ) than the re-emerging BTV-8 strain (2.9-7.9 log 10 genome copies mL −1 ). All infected sheep developed BTV-specific antibodies by 9 dpi. BTV was isolated from 2 dpi to 12 dpi for 2007 BTV-8-inoculated sheep and from 5 to 10 dpi for sheep inoculated with the remerging BTV-8. In Culicoides sonorensis feeding on the sheep over the period 7-12 dpi, vector competence was significantly higher for the 2007 strain than the re-emerging strain. Both the proportion of animals showing moderate (as opposed to mild or no) clinical disease (6/8 vs 1/8) and the overall clinical scores (median 5.25 vs 3) were significantly higher in sheep infected with the 2007 strain, compared to those infected with the re-emerging strain. However, one sheep infected with the re-emerging strain was euthanized at 16 dpi having developed severe lameness. This highlights the potential of the re-emerging BTV-8 to still cause illness in naïve ruminants with concurrent costs to the livestock industry. Summary The re-emerging Bluetongue virus serotype 8 still presents a threat to naïve ruminants in Europe despite reduced virulence

Abstract Background West Nile (WNV) and Usutu (USUV) virus are vector-borne flaviviruses causing neuroinvasive infections in both humans and animals. Entomological surveillance is a method of choice for identifying virus circulation ahead of the first human and animal cases, but performing molecular screening of vectors is expensive, and time-consuming. Methods We implemented the MX (Molecular Xenomonitoring) strategy for the detection of WNV and USUV circulation in mosquito populations in rural and urban areas in Nouvelle-Aquitaine region (France) between July and August 2023, using modified BG Sentinel traps. We first performed molecular screening and sequencing on excreta from trapped mosquitoes before confirming the results by detecting, sequencing and isolating viruses from individual mosquitoes. Findings We identified WNV and USUV-infected mosquitoes in 3 different areas, concurrently with the first human cases reported in the region. Trapped mosquito excreta revealed substantial virus co-circulation (75% of traps had PCR+ excreta for at least one of both viruses). Cx. pipiens was the most common species infected by both WNV and USUV. Genomic data from excreta and mosquitoes showed the circulation of WNV lineage 2 and USUV lineage Africa 3, both phylogenetically close to strains that circulated in Europe in recent years. Four WNV and 3 USUV strains were isolated from trapped mosquitoes. Interpretation MX strategy is easy and rapid to implement on the field, and has proven its effectiveness in detecting WNV and USUV circulation in local mosquito populations. Funding This study received funding from the Direction Générale de l’Armement (PDH 2 NBC-5-B-2212) and ARBOGEN (funded by MSDAVENIR). Research in context Evidence before this study WNV and USUV circulate through complex transmission cycles involving mosquitoes as vectors, birds as amplifying hosts and several mammal species as dead-end hosts. Transmission to humans primarily occurs through mosquito bites for both viruses. Notably, WNV can also be transmitted through blood donations and organ transplants. It is estimated that a significant proportion of both WNV and USUV infections in vertebrate hosts remain unreported due to their predominantly asymptomatic nature or nonspecific clinical presentation. Nevertheless, neuroinvasive and potentially fatal disease can occur, in particular among vulnerable populations such as elderly and immunocompromised patients. In France, after its first detection in 2015, USUV has been sporadically found in eastern and southern departments, with confirmed infections in birds, mosquitoes and mammals, and few human cases described. WNV has recently caused annual outbreaks of varying intensities involving humans, equids and avifauna in French departments mainly located in the Mediterranean area. Because of low viral loads and/or brief viremia, diagnosis of both pathogens is often based on serological evidence, and few genomic data are available on strains having circulated in France. Entomological surveillance can be used as an early warning method for WNV and USUV surveillance, but is costly to implement as it requires the collection of large numbers of mosquitoes to detect virus circulation when infection rates in mosquito populations are low. Therefore, viral surveillance in France still heavily relies on human and animal surveillance, i.e. late indicators of viral circulation. Added value of this study This study describes the implementation of the MX (Molecular Xenomonitoring) strategy for the effective surveillance of WNV and USUV circulation within mosquito populations. MX uses of modified BG Sentinels that allow (i) trapped mosquitoes to survive for several days and (ii) corresponding mosquito excreta to be collected and preserved on filter paper. MX has demonstrated many advantages over traditional entomological surveillance. Firstly, screening excreta collectively deposited by a community of trapped mosquitoes for the presence of viruses in the first instance is time and cost efficient, as one sample is tested for viral RNA, regardless of the number and species diversity in the trap. Second, filter papers with mosquito excreta can be transported from the field to the laboratory at room temperature by regular postal mail, bringing real-time detection within reach. WNV and USUV RNA have been detected and sequenced directly from the mosquito excreta shortly after collection. Thirdly, MX adapters increase the longevity of trapped mosquitoes, thereby allowing extension of the time between trap collections and increasing the likelihood of virus shedding by infected mosquitoes. Fourthly, this approach is easy to implement in the field and requires neither a strong entomological background nor specific technical skills. All these aspects make the MX strategy a powerful, non-invasive and cost-effective tool for real-time monitoring of enzootic WNV and USUV circulation. Authors should describe here how their findings add value to the existing evidence. WNV was never detected on the Atlantic seaboard of France until October 2022. Molecular evidence of WNV circulation was obtained in 3 symptomatic horses in the Nouvelle Aquitaine region in October 2022, concomitantly with an USUV human case with no recent travel history outside the region. This was a harbinger of an increase in cases over the next year. In 2023, MX succeeded in detecting the enzootic co-circulation of WNV and USUV in rural and urban areas of Nouvelle Aquitaine, simultaneously with the first cases of WNV detected by human and animal surveillance and the first human case of USUV diagnosed in the end of July 2023. Genomic and phylogenetic information was obtained directly from trapped mosquito excreta, before information derived from animal or human surveillance. Mosquitoes from traps with PCR-positive excreta were analysed individually, which allowed to calculate infection rates in mosquitoes. WNV and USUV were isolated from single Cx. pipiens mosquitoes. Cx. pipiens was the species most commonly found positive for either viruses although WNV was also detected in Ochlerotatus and Aedes mosquitoes, including one tiger mosquito ( Ae. albopictus ) in the urban environment. We argue that the MX approach is a major asset in the early warning detection of WNV and USUV circulation to alert health policy makers and take suitable control measures.

Bluetongue virus (BTV) is an arbovirus transmitted by blood-feeding midges to a wide range of wild and domestic ruminants. In this report, we showed that BTV, through its virulence non-structural protein NS3 (BTV-NS3), is able to activate the MAPK/ERK pathway. In response to growth factors, the MAPK/ERK pathway activates cell survival, differentiation, proliferation and protein translation but can also lead to the production of several inflammatory cytokines. By combining immunoprecipitation of BTV-NS3 and mass spectrometry analysis from both BTV-infected and NS3-transfected cells, we identified the serine/threonine-protein kinase B-Raf (BRAF), a crucial player of the MAPK/ERK pathway, as a new cellular interactor of BTV-NS3. BRAF silencing led to a significant decrease of the MAPK/ERK activation by BTV supporting a model where BTV-NS3 interacts with BRAF to activate this signaling cascade. Furthermore, the intrinsic ability of BTV-NS3 to bind BRAF and activate the MAPK/ERK pathway is conserved throughout multiple serotypes/strains but appears to be specific to BTV compared to other members of Orbivirus genus. Inhibition of MAPK/ERK pathway with U0126 reduced viral titers, suggesting that BTV manipulates this pathway for its own replication. Therefore, the activation of the MAPK/ERK pathway by BTV-NS3 could benefit to BTV replication by promoting its own viral protein synthesis but could also explain the deleterious inflammation associated with tissue damages as already observed in severe cases of BT disease. Altogether, our data provide molecular mechanisms to explain the role of BTV-NS3 as a virulence factor and determinant of pathogenesis.

Abstract Most viral diseases display a variable clinical outcome due to differences in virus strain virulence and/or individual host susceptibility to infection. Understanding the biological mechanisms differentiating a viral infection displaying severe clinical manifestations from its milder forms can provide the intellectual framework toward therapies and early prognostic markers. This is especially true in arbovirus infections, where most clinical cases are present as mild febrile illness. Here, we used a naturally occurring vector-borne viral disease of ruminants, bluetongue, as an experimental system to uncover the fundamental mechanisms of virus-host interactions resulting in distinct clinical outcomes. As with most viral diseases, clinical symptoms in bluetongue can vary dramatically. We reproduced experimentally distinct clinical forms of bluetongue infection in sheep using three bluetongue virus (BTV) strains (BTV-1 IT2006 , BTV-1 IT2013 and BTV-8 FRA2017 ). Infected animals displayed clinical signs varying from clinically unapparent, to mild and severe disease. We collected and integrated clinical, haematological, virological, and histopathological data resulting in the analyses of 332 individual parameters from each infected and uninfected control animal. We subsequently used machine learning to identify the key viral and host processes associated with disease pathogenesis. We identified five different fundamental processes affecting the severity of bluetongue: (i) virus load and replication in target organs, (ii) modulation of the host type-I IFN response, (iii) pro-inflammatory responses, (iv) vascular damage, and (v) immunosuppression. Overall, our study using an agnostic machine learning approach, can be used to prioritise the different pathogenetic mechanisms affecting the disease outcome of an arbovirus infection.

RNA viruses are responsible for a large variety of animal infections. Equine Arteritis Virus (EAV) is a positive single-stranded RNA virus member of the family Arteriviridae from the order Nidovirales like the Coronaviridae. EAV causes respiratory and reproductive diseases in equids. Although two vaccines are available, the vaccination coverage of the equine population is largely insufficient to prevent new EAV outbreaks around the world. In this study, we present a high-throughput in vitro assay suitable for testing candidate antiviral molecules on equine dermal cells infected by EAV. Using this assay, we identified three molecules that impair EAV infection in equine cells: the broad-spectrum antiviral and nucleoside analog ribavirin, and two compounds previously described as inhibitors of dihydroorotate dehydrogenase (DHODH), the fourth enzyme of the pyrimidine biosynthesis pathway. These molecules effectively suppressed cytopathic effects associated to EAV infection, and strongly inhibited viral replication and production of infectious particles. Since ribavirin is already approved in human and small animal, and that several DHODH inhibitors are in advanced clinical trials, our results open new perspectives for the management of EAV outbreaks.### Competing Interest StatementThe authors have declared no competing interest.