Microbiome studies have demonstrated the high inter-individual diversity of the gut microbiota. However, how the initial composition of the microbiome affects the impact of antibiotics on microbial communities is relatively unexplored. To specifically address this question, we administered a second-generation cephalosporin, cefprozil, to healthy volunteers. Stool samples gathered before antibiotic exposure, at the end of the treatment and 3 months later were analysed using shotgun metagenomic sequencing. On average, 15 billion nucleotides were sequenced for each sample. We show that standard antibiotic treatment can alter the gut microbiome in a specific, reproducible and predictable manner. The most consistent effect of the antibiotic was the increase of Lachnoclostridium bolteae in 16 out of the 18 cefprozil-exposed participants. Strikingly, we identified a subgroup of participants who were enriched in the opportunistic pathogen Enterobacter cloacae after exposure to the antibiotic, an effect linked to lower initial microbiome diversity and to a Bacteroides enterotype. Although the resistance gene content of participants' microbiomes was altered by the antibiotic, the impact of cefprozil remained specific to individual participants. Resistance genes that were not detectable prior to treatment were observed after a 7-day course of antibiotic administration. Specifically, point mutations in beta-lactamase blaCfxA-6 were enriched after antibiotic treatment in several participants. This suggests that monitoring the initial composition of the microbiome before treatment could assist in the prevention of some of the adverse effects associated with antibiotics or other treatments.

The most near-term clinical application of genome-wide association studies in lung cancer is a polygenic risk score (PRS).

Abstract Whether single-cell RNA-sequencing (scRNA-seq) captures the same biological information as singlenuclei RNA-sequencing (snRNA-seq) remains uncertain and likely to be context-dependent. Herein, a head-to-head comparison was performed in matched normal-adenocarcinoma human lung samples to assess biological insights derived from scRNA-seq versus snRNA-seq and better understand the cellular transition that occurs from normal to tumoral tissue. Here, the transcriptome of 160,621 cells/nuclei was obtained. In non-tumor lung, cell type proportions varied widely between scRNA-seq and snRNA-seq with a predominance of immune cells in the former (81.5%) and epithelial cells (69.9%) in the later. Similar results were observed in adenocarcinomas, in addition to an overall increase in cell type heterogeneity and a greater prevalence of copy number variants in cells of epithelial origin, which suggests malignant assignment. The cell type transition that occurs from normal lung tissue to adenocarcinoma was often discordant whether cells or nuclei were examined. In addition, we showed that the ligand-receptor interactome landscape of lung adenocarcinoma was largely different whether cells or nuclei were evaluated. Immune cell depletion in fresh specimens partly mitigated the difference in cell type composition observed between cells and nuclei. However, the extra manipulations affected cell viability and amplified the transcriptional signatures associated with stress responses. In conclusion, research applications focussing on mapping the immune landscape of lung adenocarcinoma benefit from scRNA-seq in fresh samples, whereas snRNA-seq of frozen samples provide a low-cost alternative to profile more epithelial and cancer cells, and yield cell type proportion that more closely match tissue content.

Whether single-cell RNA-sequencing (scRNA-seq) captures the same biological information as single-nucleus RNA-sequencing (snRNA-seq) remains uncertain and likely to be context-dependent. Herein, a head-to-head comparison was performed in matched normal-adenocarcinoma human lung samples to assess biological insights derived from scRNA-seq versus snRNA-seq and better understand the cellular transition that occurs from normal to tumoral tissue. Here, the transcriptome of 160,621 cells/nuclei was obtained. In non-tumor lung, cell type proportions varied widely between scRNA-seq and snRNA-seq with a predominance of immune cells in the former (81.5%) and epithelial cells (69.9%) in the later. Similar results were observed in adenocarcinomas, in addition to an overall increase in cell type heterogeneity and a greater prevalence of copy number variants in cells of epithelial origin, which suggests malignant assignment. The cell type transition that occurs from normal lung tissue to adenocarcinoma was not always concordant whether cells or nuclei were examined. As expected, large differential expression of the whole-cell and nuclear transcriptome was observed, but cell-type specific changes of paired normal and tumor lung samples revealed a set of common genes in the cells and nuclei involved in cancer-related pathways. In addition, we showed that the ligand-receptor interactome landscape of lung adenocarcinoma was largely different whether cells or nuclei were evaluated. Immune cell depletion in fresh specimens partly mitigated the difference in cell type composition observed between cells and nuclei. However, the extra manipulations affected cell viability and amplified the transcriptional signatures associated with stress responses. In conclusion, research applications focussing on mapping the immune landscape of lung adenocarcinoma benefit from scRNA-seq in fresh samples, whereas snRNA-seq of frozen samples provide a low-cost alternative to profile more epithelial and cancer cells, and yield cell type proportions that more closely match tissue content.

e23303 Background: Breast cancer is the most prevalent cancer and second leading cause of cancer-related mortality among Canadian women. Most of cases belong to the HR+/HER2- subtype, representing approximately two-thirds of all instances. Treatment for this subtype encompasses a multifaceted approach with a curative intent. This real-world evidence study aims to comprehensively analyze the clinical outcomes of Canadian patients diagnosed with early-stage HR+/HER2- breast cancer, focusing on recurrence rates after initiation of adjuvant endocrine therapy to identify opportunities for enhancing patient care. Methods: This is a retrospective, longitudinal cohort study involving 541 patients enrolled in the pan-Canadian cancer patient registry PMT (Personalize My Treatment), with newly diagnosed or recurrent stage II or III HR+/HER2- breast cancer between January 1 st , 1996, and May 31st, 2022. We evaluated disease recurrence rates, time to recurrence, and overall survival (OS). Furthermore, the study explored duration of endocrine therapy (ET) in the adjuvant setting. Results: 409 patients received adjuvant ET representing 75.6% of the total cohort, emphasizing the role of ET as standard of care for adjuvant treatment in this patient population. The median duration of adjuvant ET was 4.5 years. In the overall adjuvant patient population, recurrence rates progressively increased over time from 13.2% after 2 years, 21.4% after 3 years, 30.3% after 5 years, and peaking at 58.4% after 10 years. Median time to recurrence for the overall patient population on ET was 7.76 years. OS rate for patients on ET was 94.6% at 5 years and 78.3% at 10 years. Conclusions: This study marks a pioneering real-world analysis utilizing pan-Canadian EHR data, demonstrating increasing recurrence rates over time in HR+/HER2- early breast cancer. It highlights the high unmet need in stage II and stage III breast cancer, with 1 patient out of 3 recurring after 5 years, and more than half recurring after 10 years despites adjuvant treatment with ET alone. This indicates the need for more efficacious and tolerable treatment options to reduce short- and long-term recurrence and to prolong survival, not only in the higher risk patient population, but in the overall HR+/HER2- breast cancer patients at increased risk of recurrence.