Abstract Mycobacterium bovis causes bovine tuberculosis (bTB), an infectious disease of cattle that poses a zoonotic threat to humans. Research has shown that bTB susceptibility is a heritable trait, and that the peripheral blood (PB) transcriptome is perturbed during bTB disease. Hitherto, no study has integrated PB transcriptomic, genomic and GWAS data to study bTB disease, and little is known about the genomic architecture underpinning the PB transcriptional response to M. bovis infection. Here, we perform transcriptome profiling of PB from 63 control and 60 confirmed M. bovis infected animals and detect 2,592 differently expressed genes that perturb multiple immune response pathways. Leveraging imputed genome-wide SNP data, we characterise thousands of cis - and trans -expression quantitative trait loci (eQTLs) and show that the PB transcriptome is substantially impacted by intrapopulation genomic variation. We integrate our gene expression data with summary statistics from multiple GWAS data sets for bTB susceptibility and perform the first transcriptome-wide association study (TWAS) in the context of tuberculosis disease. From this TWAS, we identify 136 functionally relevant genes (including RGS10 , GBP4 , TREML2 , and RELT ) and provide important new omics data for understanding the host response to mycobacterial infections that cause tuberculosis in mammals.

ObjectiveTo assess technical usability of the BigO app and clinical portal among diverse participants and explore the overall user experiences of both.MethodsMethods included technical usability testing by measuring the relative user efficiency score (RUS) for the app and measuring Relative User Efficiency (RUE) using the 'think aloud' method with the clinical portal. Qualitative approaches involved focus groups with adolescent app users and semi-structured one-to-one interviews with clinician participants. Thematic analysis was applied to analyze qualitative data.ParticipantsClinical participants consisted of adolescents seeking treatment for severe obesity and were invited via telephone/face to face to attend technical usability testing and a focus group. Healthcare professionals (HCPs) and researchers using the BigO clinical portal interface were invited to participate in usability testing and semi-structured interviews.ResultsFrom 14 families invited to attend, seven consented to join the study and four adolescents (mean age=13.8 (SD 0.8) years) participated. Additionally, six HCPs and one pediatric obesity researcher took part. RUS for adolescents indicated that the tasks required of them via myBigO app were feasible, and technically efficient. No user-related errors were observed during tasks. Technical barriers reported by adolescents included notifications of battery optimization, misunderstanding image annotation language, and compatibility challenges with certain phone models. RUS for the HCPs and researcher indicated that basic technical skills are a potential barrier for clinical portal use and qualitative findings revealed that clinical users wanted a logging option for monitoring goals and providing feedback on the portal.ConclusionOur study provided valuable formative findings from clinical end-users in Ireland indicating that adolescents being treated for obesity rated myBigO app as usable, acceptable and that it may assist other key stakeholders to understand food marketing and to monitor dietary and physical activity behaviors. Several key suggestions for future iterations of the clinical portal were provided to enhance its value in pediatric obesity treatment.