Pathogenic variants affecting MLH1, MSH2, MSH6, and PMS2 cause Lynch syndrome and result in different but imprecisely known cancer risks. This study aimed to provide age and organ-specific cancer risks according to gene and gender and to determine survival after cancer. We conducted an international, multicenter prospective observational study using independent test and validation cohorts of carriers of class 4 or class 5 variants. After validation the cohorts were merged providing 6350 participants and 51,646 follow-up years. There were 1808 prospectively observed cancers. Pathogenic MLH1 and MSH2 variants caused high penetrance dominant cancer syndromes sharing similar colorectal, endometrial, and ovarian cancer risks, but older MSH2 carriers had higher risk of cancers of the upper urinary tract, upper gastrointestinal tract, brain, and particularly prostate. Pathogenic MSH6 variants caused a sex-limited trait with high endometrial cancer risk but only modestly increased colorectal cancer risk in both genders. We did not demonstrate a significantly increased cancer risk in carriers of pathogenic PMS2 variants. Ten-year crude survival was over 80% following colon, endometrial, or ovarian cancer. Management guidelines for Lynch syndrome may require revision in light of these different gene and gender-specific risks and the good prognosis for the most commonly associated cancers.

// Peter Johansson 1 , Lauren G. Aoude 1 , Karin Wadt 2 , William J. Glasson 3 , Sunil K. Warrier 3 , Alex W. Hewitt 4, 5 , Jens Folke Kiilgaard 6 , Steffen Heegaard 6, 7 , Tim Isaacs 5 , Maria Franchina 5 , Christian Ingvar 8 , Tersia Vermeulen 9 , Kevin J. Whitehead 10 , Christopher W. Schmidt 1 , Jane M. Palmer 1 , Judith Symmons 1 , Anne-Marie Gerdes 2 , Göran Jönsson 8 , Nicholas K. Hayward 1 1 QIMR Berghofer Medical Research Institute, Brisbane, QLD, Australia 2 Department of Clinical Genetics, Rigshospitalet, Copenhagen, Denmark 3 The Terrace Eye Centre, Brisbane, QLD, Australia 4 Menzies Institute for Medical Research, University of Tasmania, Hobart, TAS, Australia 5 Lions Eye Institute, University of Western Australia, Perth, WA, Australia 6 Department of Ophthalmology, Rigshospitalet-Glostrup Hospital, University of Copenhagen, Copenhagen, Denmark 7 Department of Pathology, Rigshospitalet, University of Copenhagen, Copenhagen, Denmark 8 Department of Clinical Sciences, Lund University, Lund, Sweden 9 The Royal Perth Hospital, Perth, WA, Australia 10 Sullivan Nicolaides Pathology, Brisbane, QLD, Australia Correspondence to: Peter Johansson, e-mail: Peter.Johansson@qimrberghofer.edu.au Keywords: uveal melanoma, recurrent mutation, PLCB4, copy number variation, structural variants Received: September 14, 2015 Accepted: November 26, 2015 Published: December 14, 2015 ABSTRACT Next generation sequencing of uveal melanoma (UM) samples has identified a number of recurrent oncogenic or loss-of-function mutations in key driver genes including: GNAQ , GNA11 , EIF1AX , SF3B1 and BAP1 . To search for additional driver mutations in this tumor type we carried out whole-genome or whole-exome sequencing of 28 tumors or primary cell lines. These samples have a low mutation burden, with a mean of 10.6 protein changing mutations per sample (range 0 to 53). As expected for these sun-shielded melanomas the mutation spectrum was not consistent with an ultraviolet radiation signature, instead, a BRCA mutation signature predominated. In addition to mutations in the known UM driver genes, we found a recurrent mutation in PLCB4 (c.G1888T, p.D630Y, NM_000933), which was validated using Sanger sequencing. The identical mutation was also found in published UM sequence data (1 of 56 tumors), supporting its role as a novel driver mutation in UM. PLCB4 p.D630Y mutations are mutually exclusive with mutations in GNA11 and GNAQ , consistent with PLCB4 being the canonical downstream target of the former gene products. Taken together these data suggest that the PLCB4 hotspot mutation is similarly a gain-of-function mutation leading to activation of the same signaling pathway, promoting UM tumorigenesis.

Reliable prediction of free energy changes upon amino acidic substitutions (ΔΔGs) is crucial to investigate their impact on protein stability and protein-protein interaction. Moreover, advances in experimental mutational scans allow high-throughput studies thanks to sophisticated multiplex techniques. On the other hand, genomics initiatives provide a large amount of data on disease-related variants that can benefit from analyses with structure-based methods. Therefore, the computational field should keep the same pace and provide new tools for fast and accurate high-throughput calculations of ΔΔGs. In this context, the Rosetta modeling suite implements effective approaches to predict the change in the folding free energy in a protein monomer upon amino acid substitutions and calculate the changes in binding free energy in protein complexes. Their application can be challenging to users without extensive experience with Rosetta. Furthermore, Rosetta protocols for ΔΔG prediction are designed considering one variant at a time, making the setup of high-throughput screenings cumbersome. For these reasons, we devised RosettaDDGPrediction, a customizable Python wrapper designed to run free energy calculations on a set of amino acid substitutions using Rosetta protocols with little intervention from the user. RosettaDDGPrediction assists with checking whether the runs are completed successfully aggregates raw data for multiple variants, and generates publication-ready graphics. We showed the potential of the tool in selected case studies, including variants of unknown significance found in children who developed cancer, proteins with known experimental unfolding ΔΔGs values, interactions between target proteins and a disordered functional motif, and phospho-mimetic variants. RosettaDDGPrediction is available, free of charge and under GNU General Public License v3.0, at https://github.com/ELELAB/RosettaDDGPrediction .

Abstract Acute lymphoblastic leukemia (ALL), the most common cancer in children, is overall divided into two subtypes, B-cell precursor ALL (B-ALL) and T-cell ALL (T-ALL), which have different molecular characteristics. Despite massive progress in understanding the disease trajectories of ALL, ALL remains a major cause of death in children. Thus, further research exploring the biological foundations of ALL is essential. Here, we examined the diagnostic, prognostic, and therapeutic potential of gene expression data in pediatric patients with ALL. We discovered a subset of expression markers differentiating B- and T-ALL: CCN2 , VPREB3 , NDST3 , EBF1 , RN7SKP185, RN7SKP291, SNORA73B, RN7SKP255, SNORA74A, RN7SKP48, RN7SKP80, LINC00114, a novel gene (ENSG00000227706), and 7SK. The expression level of these markers all demonstrated significant effects on survival of the patients, comparing the two subtypes. We also discovered four expression subgroups in the expression data with eight genes driving separation between two of these predicted subgroups. A subset of the 14 markers could separate B- and T-ALL in an independent cohort of patients with ALL. This study can enhance our knowledge of the transcriptomic profile of different ALL subtypes.

ABSTRACT Background Pathogenic variants in the mismatch repair genes are associated with an elevated lifetime risk of colorectal cancer (CRC). We previously identified two variants of uncertain significance (VUS) in the MLH1 gene, c.696_698del, p.(Cys233del) and c.1919C > G, p.(Pro640Arg), in Danish families with numerous occurrences of CRC. Methods To reclassify the variants we collected clinical data, initiated tumor and co‐segregation analysis, and performed RNA splicing analysis, subcellular localization, and protein stability studies. Results The functional analysis revealed that the c.696_698del, p.(Cys233del) variant had an effect at the RNA level, on subcellular localization, and on protein stability, while the c.1919C > G, p.(Pro640Arg) variant showed decreased expression in localization studies and decreased protein stability. These results suggest both variants disrupt DNA mismatch repair. Conclusion By applying all collected data and functional results we propose to reclassify the c.696_698del, p.(Cys233del) and the c.1919C > G, p.(Pro640Arg) variants as likely pathogenic (class 4) using MMR gene‐specific ACMG/AMP guidelines. Consequently, the two MLH1 variants can now be used for risk assessment of variant carriers, while family members without the variants can be excluded from intensified cancer surveillance and follow population recommendations.