HN
Hitoshi Niwa
Author with expertise in Induction and Differentiation of Pluripotent Stem Cells
Achievements
Cited Author
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
21
(48% Open Access)
Cited by:
15,633
h-index:
57
/
i10-index:
125
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Genome analysis of the platypus reveals unique signatures of evolution

Wesley Warren et al.May 1, 2008
We present a draft genome sequence of the platypus, Ornithorhynchus anatinus. This monotreme exhibits a fascinating combination of reptilian and mammalian characters. For example, platypuses have a coat of fur adapted to an aquatic lifestyle; platypus females lactate, yet lay eggs; and males are equipped with venom similar to that of reptiles. Analysis of the first monotreme genome aligned these features with genetic innovations. We find that reptile and platypus venom proteins have been co-opted independently from the same gene families; milk protein genes are conserved despite platypuses laying eggs; and immune gene family expansions are directly related to platypus biology. Expansions of protein, non-protein-coding RNA and microRNA families, as well as repeat elements, are identified. Sequencing of this genome now provides a valuable resource for deep mammalian comparative analyses, as well as for monotreme biology and conservation. The duck-billed platypus (Ornithorhynchus anatinus) is a unique egg-laying mammal, with lactation, venom and a bill. It even has an electro­sensory system for foraging underwater. Platypuses are monotremes descended from the most basal branch of the mammalian lineage and combine aspects of both reptilian and mammalian biology. Now an international consortium reports the sequence and analysis of the platypus genome. It is an amalgam of reptilian, mammalian and its own unique characteristics that provides clues to the function and evolution of all mammalian genomes. As well as helping uncover the origins of genomic imprinting, analyses show that platypus and reptile venom proteins have been co-opted independently from the same gene families; milk protein genes are conserved; and immune gene family expansions are directly related to platypus biology. The sequence provides an invaluable resource for comparative genomics, and it will be important for monotreme conservation. The cover image shows the bill with electro­sensory pits, eye and ear opening behind the eye. Platypuses are monotremes and combine aspects of both reptilian and mammalian behaviour. An international consortium reports the genome sequence and analysis of Ornithorhynchus anatinus and as expected, parts of the genome look more like mammals, whereas other parts more like reptiles or even chickens.
0
Citation703
0
Save
0

Identification and characterization of subpopulations in undifferentiated ES cell culture

Yayoi Toyooka et al.Feb 8, 2008
Embryonic stem (ES) cells are pluripotent cells derived from the inner cell mass (ICM) and the epiblast, and have been suggested to be a homogeneous population with characteristics intermediate between them. These cells express Oct3/4 and Rex1 genes, which have been used as markers to indicate the undifferentiated state of ES cells. Whereas Oct3/4 is expressed in totipotent and pluripotent cells in the mouse life cycle, Rex1 expression is restricted to the ICM, and is downregulated in pluripotent cell populations in the later stages, i.e. the epiblast and primitive ectoderm (PrE). To address whether ES cells comprise a homogeneous population equivalent to a certain developmental stage of pluripotent cells or a heterogeneous population composed of cells corresponding to various stages of differentiation, we established knock-in ES cell lines in which genes for fluorescent proteins were inserted into the Rex1 and Oct3/4gene loci to visualize the expression of these genes. We found that undifferentiated ES cells included at least two different populations, Rex1+/Oct3/4+ cells and Rex1-/Oct3/4+ cells. The Rex1-/Oct3/4+ and Rex1+/Oct3/4+ populations could convert into each other in the presence of LIF. In accordance with our assumption that Rex1+/Oct3/4+ cells and Rex1-/Oct3/4+ cells have characteristics similar to those of ICM and early-PrE cells, Rex1+/Oct3/4+ cells predominantly differentiated into primitive ectoderm and contributed to chimera formation,whereas Rex1-/Oct3/4+ cells differentiated into cells of the somatic lineage more efficiently than non-fractionated ES cells in vitro and showed poor ability to contribute to chimera formation. These results confirmed that undifferentiated ES cell culture contains subpopulations corresponding to ICM, epiblast and PrE.
0
Citation515
0
Save
Load More