Abstract Therapeutic targets for Gastric Cardia Adenocarcinoma (GCA), particularly for HER2-negative patients, are lacking. Here, we conducted multi-omics profiling on 128 GCA patients using mass spectrometry, whole-exome sequencing, RNA-Seq, and metabolomics. We found HER2 to be a favorable prognostic marker for GCA. Employing molecular counting, we categorized patients into HER2-high, -low, and -negative groups. We uncovered an enrichment of DNA repair features in the HER2-high group, while HER2-low and -negative groups exhibited strong inflammation. We found that tumor mutation burden may not be the distinguishing factor among these three groups. We revealed that the HER2-negative and -low groups have a tumor-suppressive immune microenvironment, and HER2 expression is associated with fatty acid metabolic profiles and inflammation in the blood of patients. Our study revealed anti-inflammatory and immune checkpoint inhibition, targeting PD-L2 and the CD47/SIRPA pair, as therapeutic strategies for HER2-negative GCA patients. These findings highlight promising avenues for personalized treatment for GCA.

With impressive density and coding capacity, DNA offers a promising solution for building long-lasting data archival storage systems. In recent implementations, data retrieval such as random access typically relies on a large library of non-interacting PCR primers. While several algorithms automate the primer design process, the capacity and scalability of DNA-based storage systems are still fundamentally limited by the availability of experimentally validated orthogonal primers. In this work, we combine the nested and semi-nested PCR techniques to virtually enforce multidimensional data organization in large DNA storage systems. The strategy effectively pushes the limit of DNA storage capacity and reduces the number of primers needed for efficient random access from very large address space. Specifically, our design requires k*n unique primers to index n^k data entries, where k specifies the number of dimensions and n indicates the number of data entries stored in each dimension. We strategically leverage forward/reverse primer pairs from the same or different address layers to virtually specify and maintain data retrievals in the form of rows, columns, tables, and blocks with respect to the original storage pool. This architecture enables various random-access patterns that could be tailored to preserve the underlying data structures and relations ( e.g. , files and folders) within the storage content. With just one or two rounds of PCR, specific data subsets or individual datum from the large multidimensional storage can be selectively enriched for simple extraction by gel electrophoresis or readout via sequencing.

Bacillus amyloliquefaciens subsp. plantarum XH-9 is a plant-beneficial rhizobacterium that shows good antagonistic potential against phytopathogens by releasing diffusible and volatile antibiotics, and secreting hydrolytic enzymes. Furthermore, the XH-9 strain possesses important plant growth-promoting characteristics, including nitrogen fixation (7.92 ± 1.05 mg/g), phosphate solubilization (58.67 ± 4.20 µg/L), potassium solubilization (10.07 ± 1.26 µg/mL), and the presence of siderophores (4.92 ± 0.46 µg/mL), indole-3-acetic acid (IAA) (7.76 ± 0.51 µg/mL) and 1-aminocyclopropane-1-carboxylic acid deaminase (ACC-deaminase) (4.67 ± 1.21 nmol/[mg·h]). Moreover, the XH-9 strain showed good capacities for wheat, corn, and chili root colonization, which are critical prerequisites for controlling soil-borne diseases as a bio-control agent. Real-time quantitative polymerase chain reaction experiments showed that the amount of Fusarium oxysporum DNA associated with the XH-9 strain after treatment significantly decreased compared with control group. Accordingly, wheat plants inoculated with the XH-9 strain showed significant increases in the plant shoot heights (14.20%), root lengths (32.25%), dry biomass levels (11.93%), and fresh biomass levels (16.28%) relative to the un-inoculated plants. The results obtained in this study suggest that the XH-9 strain has potential as plant-growth promoter and biocontrol agent when applied in local arable land to prevent damage caused by F. oxysporum and other phytopathogens.