In February 2019, following the annual taxon ratification vote, the order Bunyavirales was amended by creation of two new families, four new subfamilies, 11 new genera and 77 new species, merging of two species, and deletion of one species. This article presents the updated taxonomy of the order Bunyavirales now accepted by the International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV).

Abstract Earth’s life may have originated as self-replicating RNA. Some of the simplest current RNA replicators are RNA viruses, defined by linear RNA genomes encoding an RNA-dependent RNA polymerase (RdRP), and subviral agents with single-stranded, circular RNA genomes, such as viroids encoding paired self-cleaving ribozymes. Amongst a massive expansion of candidate viroid and viroid-like elements, we report that fungal pathogens, ambiviruses, are viroid-like elements which undergo rolling circle replication and encode their own viral RdRP, thus they are a distinct hybrid infectious agent. These findings point to a deep evolutionary history between modern RNA viruses and sub-viral elements and offer new perspectives on the evolution of primordial infectious agents, and RNA life. One-Sentence Summary Novel infectious agents resembling self-cleaving viroid-like RNAs whilst encoding a viral RNA-dependent RNA polymerase.

Abstract Adoptive cell therapy (ACT) using ex vivo expanded tumor-infiltrating T lymphocytes (TILs) can mediate responses in metastatic melanoma, but long-term efficacy remains limited to a fraction of patients. Here we interrogated tumor-microenvironment (TME) cellular states and interactions of longitudinal samples from 13 metastatic melanoma patients treated with TIL-ACT in our clinical study ( NCT03475134 ). We performed single-cell RNA-seq and spatial proteomic analyses in pre- and post-ACT tumor tissues and showed that responders exhibited higher tumor cell-intrinsic immunogenicity. Also, endogenous CD8 + TILs and myeloid cells of responders were characterized by increased cytotoxicity, exhaustion and costimulation and type-I IFN signaling, respectively. Cell-cell interaction prediction analyses corroborated by spatial neighborhood analyses revealed that responders have rich baseline intratumoral and stromal tumor-reactive T-cell networks with activated myeloid populations. Successful TIL-ACT therapy further reprogrammed the myeloid compartment and increased TIL-myeloid networks. Our systematic target discovery study reveals CD8 + T-cell network-based biomarkers that could improve patient selection and guide the design of ACT clinical trials. One-Sentence Summary Response to adoptive TIL therapy in melanoma is determined by CD8 + TIL-myeloid cell networks

ABSTRACT Fungi harbor a vast diversity of mobile genetic elements (MGEs). Recently, novel fungal MGEs, tentatively referred to as ‘ambiviruses,’ were described. ‘Ambiviruses’ have single-stranded RNA genomes of about 4–5 kb in length that contain at least two open reading frames (ORFs) in non-overlapping ambisense orientation. Both ORFs are conserved among all currently known ‘ambiviruses,’ and one of them encodes a distinct viral RNA-directed RNA polymerase (RdRP), the hallmark gene of ribovirian kingdom Orthornavirae . However, ‘ambivirus’ genomes are circular and predicted to replicate via a rolling-circle mechanism. Their genomes are also predicted to form rod-like structures and contain ribozymes in various combinations in both sense and antisense orientations—features reminiscent of viroids, virusoids, ribozyvirian kolmiovirids, and yet-unclassified MGEs (such as ‘epsilonviruses,’ ‘zetaviruses,’ and some ‘obelisks’). As a first step toward the formal classification of ‘ambiviruses,’ the International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) recently approved the establishment of a novel ribovirian phylum, Ambiviricota , to accommodate an initial set of 20 members with well-annotated genome sequences.

Abstract Viroids, small circular non-coding RNAs, act as infectious pathogens in higher plants, demonstrating high stability despite consisting solely of naked RNA. Their dependence of replication on host machinery poses the question of whether RNA modifications play a role in viroid biology. Here, we explore RNA modifications in the avocado sunblotch viroid (ASBVd) and the citrus exocortis viroid (CEVd), representative members of viroids replicating in chloroplasts and the nucleus, respectively, using LC–MS and Oxford Nanopore Technology (ONT) direct RNA sequencing. Although no modification was detected in ASBVd, CEVd contained approximately one m 6 A per RNA molecule. ONT sequencing predicted several m 6 A positions, which were, however, not confirmed by RNase T1/A treatment and LC–MS, likely because of low methylation level at each potential position. Our results suggest that m 6 A is not in one specific position and is distributed in CEVd sequence at low stoichiometries presumably in the predicted sites. Abstract Figure

Abstract Small self-cleaving ribozymes are catalytic RNAs originally discovered in viroid-like agents, which are infectious circular RNAs (circRNAs) postulated as relics of a prebiotic RNA world. In the last decade, however, small ribozymes have also been detected across the tree of life, from bacterial to human genomes, and more recently, in viral agents with circRNA genomes. Here we report the conserved occurrence of small ribozymes within the linear genomes of typical ds and ssRNA viruses from fungi and plants. In most 5’-UTR regions of chrysovirids and fusarivirids, we find conserved type I hammerhead ribozymes (hhrbzs) showing efficient self-cleaving activity in vitro and in vivo . Similar hhrbzs, as well as hepatitis delta and twister ribozymes, were also detected in megabirna-, hypo-, fusagra- and toti-like viruses. These ribozymes occur as isolated motifs but also as close tandem pairs, suggesting that they are involved in the formation of ∼300 nt circRNAs. In vivo characterization of a chrysovirid hhrbz revealed its unexpected role in protein translation as an internal ribosome entry site (IRES). RNA structural comparison between the hammerhead three-way junction and the core domain of picornavirus IRES elements allow us to suggest that these simple ribozymes may follow a similar strategy to achieve cap-independent translation. We conclude that self-cleaving ribozymes, historically involved in the rolling circle replication of viroid-like agents, have been exapted towards translational functions in linear RNA viruses.