Abstract Interferons (IFNs) play a crucial role in the regulation and evolution of host-virus interactions. Here, we conducted a genome-wide arrayed CRISPR knockout screen in the presence and absence of IFN to identify human genes that influence SARS-CoV-2 infection. We then performed an integrated analysis of genes interacting with SARS-CoV-2, drawing from a selection of 67 large-scale studies, including our own. We identified 28 genes of high relevance in both human genetic studies of COVID-19 patients and functional genetic screens in cell culture, with many related to the IFN pathway. Among these was the IFN-stimulated gene PLSCR1 . PLSCR1 did not require IFN induction to restrict SARS-CoV-2 and did not contribute to IFN signaling. Instead, PLSCR1 specifically restricted spike-mediated SARS-CoV-2 entry. The PLSCR1-mediated restriction was alleviated by TMPRSS2 over-expression, suggesting that PLSCR1 primarily restricts the endocytic entry route. In addition, recent SARS-CoV-2 variants have adapted to circumvent the PLSCR1 barrier via currently undetermined mechanisms. Finally, we investigate the functional effects of PLSCR1 variants present in humans and discuss an association between PLSCR1 and severe COVID-19 reported recently.

Abstract Chicken domestication began at least 3,500 years ago for purposes of divination, cockfighting, and food. Prior to industrial scale chicken production, domestication selected larger birds with increased egg production. In the mid-20 th century companies began intensive selection with the broiler (meat) industry focusing on improved feed conversion, rapid growth, and breast muscle yield. Here we present proteomic analysis comparing the Ross 708 modern broiler line with the UIUC legacy line. Comparing the breast muscle proteome between modern broilers and legacy lines not selected for these growth traits identifies cellular processes that have responded to human directed evolution. Mass spectrometry was used to identify differences in protein levels in the breast muscle of 6-day old chicks from Modern and Legacy lines. The results highlighted elevated levels of stress proteins, ribosomal proteins, and proteins that participate in the innate immune pathway in the Modern chickens. Furthermore, the comparative analyses indicated differences in the levels of proteins involved in multiple biochemical pathways. In particular, the Modern line had elevated levels of proteins affecting the pentose phosphate pathway, TCA cycle, and fatty acid oxidation and reduced protein levels of the first phase of glycolysis. These analyses provide hypotheses linking the morphometric changes driven by human directed selection to biochemical pathways. The results also have implications for the onset of Wooden Breast disease that arose due to selection for rapid breast muscle growth and is a major problem in the poultry industry.