The independent evolution of convergent embryo implantation mechanisms in humans and mice, differing from the ancestral mammalian phenotype, is poorly understood. Endometrial epithelial cells are the first maternal interface encountered by the embryo. We combined organoid models and single-cell transcriptomics to investigate how gene expression has evolved in endometrial epithelial cells between human, non-human primates, and mouse at key points in the hormonal cycle. We discovered that many maternal genes involved in uterine receptivity and embryo implantation exhibit more similar expression patterns between human and mouse compared to macaque and marmoset. In particular, we show that the endometrial expression of LIF , a crucial actor of endometrial receptivity in both human and mouse, is likely an evolutionary convergence rather than a conserved feature as previously hypothesised.

Abstract Long non-coding RNAs (lncRNAs) are pivotal mediators of systemic immune response to viral infection, yet most studies concerning their expression and functions upon immune stimulation are limited to in vitro bulk cell populations. This strongly constrains our understanding of how lncRNA expression varies at single-cell resolution, and how their cell-type specific immune regulatory roles may differ compared to protein-coding genes. Here, we perform the first in-depth characterization of lncRNA expression variation at single-cell resolution during Ebola virus (EBOV) infection in vivo . Using bulk RNA-sequencing from 119 samples and 12 tissue types, we significantly expand the current macaque lncRNA annotation. We then profile lncRNA expression variation in immune circulating single-cells during EBOV infection and find that lncRNAs’ expression in fewer cells is a major differentiating factor from their protein-coding gene counterparts. Upon EBOV infection, lncRNAs present dynamic and mostly cell-type specific changes in their expression profiles especially in monocytes, the main cell type targeted by EBOV. Such changes are associated with gene regulatory modules related to important innate immune responses such as interferon response and purine metabolism. Within infected cells, several lncRNAs have positively and negatively correlated expression with viral load, suggesting that expression of some of these lncRNAs might be directly hijacked by EBOV to attack host cells. This study provides novel insights into the roles that lncRNAs play in the host response to acute viral infection and paves the way for future lncRNA studies at single-cell resolution.