Factors involved in the spontaneous cleareance of a hepatitis C (HCV) infection are related to both HCV and the interaction with the host immune system, but little is known about the consequences after a spontaneous resolution. The main HCV extrahepatic reservoir is the peripheral blood mononuclear cells (PBMCs), and their transcriptional profile provides us information of innate and adaptive immune responses against an HCV infection. MicroRNAs regulate the innate and adaptive immune responses, and they are actively involved in the HCV cycle. High Throughput sequencing was used to analyze the miRNA profiles from PBMCs of HCV chronic naïve patients (CHC), individuals that spontaneously clarified HCV (SC), and healthy controls (HC). We did not find any differentially expressed miRNAs between SC and CHC. However, both groups showed similar expression differences (21 miRNAs) with respect to HC. This miRNA signature correctly classifies HCV-exposed (CHC and SC) vs. HC, with the has-miR-21-3p showing the best performance. The potentially targeted molecular pathways by these 21 miRNAs mainly belong to fatty acids pathways, although hippo signaling, extracellular matrix (ECM) interaction, proteoglycans-related, and steroid biosynthesis pathways were also altered. These miRNAs target host genes involved in an HCV infection. Thus, an HCV infection promotes molecular alterations in PBMCs that can be detected after an HCV spontaneous resolution, and the 21-miRNA signature is able to identify HCV-exposed patients (either CHC or SC).

ABSTRACT Background Both SARS-CoV-2 and HIV infection exhibit alterations in the senescence profile and immune checkpoint (IC) molecules. However, the midterm impact of SARS-CoV-2 on these profiles in people with HIV (PWH) remains unclear. This study aimed to evaluate differences in plasma biomarker levels related to ICs, the senescence-associated secretory phenotype (SASP), and pro- and anti-inflammatory cytokines in PWH following recovery from SARS-CoV-2 infection. Methods We conducted a cross-sectional study of 95 PWH receiving antiretroviral therapy, stratified by SARS-CoV-2 infection status: a) 48 previously infected (HIV/SARS) and b) 47 controls without previous infection (HIV). Plasma biomarkers (n=44) were assessed using Procartaplex Multiplex Immunoassays. Differences were analyzed using a generalized linear model adjusted for sex and ethnicity and corrected for the false discovery rate. Significant values were defined as an adjusted arithmetic mean ratio ≥1.2 or ≤0.8 and a qvalue<0.1. Spearman correlation evaluated relationships between plasma biomarkers (significant correlations, rho≥0.3 and q value<0.1). Results The median age of the PWH was 45 years, and 80% were men. All SARS-CoV-2-infected PWH experienced symptomatic infection; 83.3% had mild symptomatic infection, and sample collection occurred at a median of 12 weeks postdiagnosis. The HIV/SARS group showed higher levels of ICs (CD80, PDCD1LG2, CD276, PDCD1, CD47, HAVCR2, TIMD4, TNFRSF9, TNFRSF18, and TNFRSF14), SASP (LTA, CXCL8, and IL13), and inflammatory plasma biomarkers (IL4, IL12B, IL17A, CCL3, CCL4, and INF1A) than did the HIV group. Conclusions SARS-CoV-2 infection in PWH causes significant midterm disruptions in plasma ICs and inflammatory cytokine levels, highlighting SASP-related factors, which could be risk factors for the emergence of complications in PWH.

The frequency of mitochondrial DNA haplogroups (mtDNA-HG) in humans is known to be shaped by migration and repopulation. Mounting evidence indicates that mtDNA-HG are not phenotypically neutral, and selection may contribute to its distribution. Haplogroup H, the most abundant in Europe, improved survival in sepsis. Here we developed a random forest trained model for mitochondrial haplogroup calling using data procured from GWAS arrays. Our results reveal that in the context of the SARS-CoV-2 pandemic, HV branch were found to represent protective factors against the development of critical SARS-CoV-2 in an analysis of 14,349 patients. These results highlight the role of mtDNA in the response to infectious diseases and support the proposal that its expansion and population proportion has been influenced by selection through successive pandemics. Genetic and Structural analysis of COVID patients cohort reveals a correlation between mitochondrial haplogroup and SARS-CoV-2 severity.