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Mingbo Yang
Author with expertise in Ribosome Structure and Translation Mechanisms
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Learning Interactive Real-World Simulators

Mingbo Yang et al.Jan 1, 2023
Generative models trained on internet data have revolutionized how text, image, and video content can be created. Perhaps the next milestone for generative models is to simulate realistic experience in response to actions taken by humans, robots, and other interactive agents. Applications of a real-world simulator range from controllable content creation in games and movies, to training embodied agents purely in simulation that can be directly deployed in the real world. We explore the possibility of learning a universal simulator of real-world interaction through generative modeling. We first make the important observation that natural datasets available for learning a real-world simulator are often rich along different dimensions (e.g., abundant objects in image data, densely sampled actions in robotics data, and diverse movements in navigation data). With careful orchestration of diverse datasets, each providing a different aspect of the overall experience, we can simulate the visual outcome of both high-level instructions such as ``open the drawer'' and low-level controls such as "move by x, y" from otherwise static scenes and objects. We use the simulator to train both high-level vision-language policies and low-level reinforcement learning policies, each of which can be deployed in the real world in zero shot after training purely in simulation. We also show that other types of intelligence such as video captioning models can benefit from training with simulated experience, opening up even wider applications. Video demos can be found at https://universal-simulator.github.io.
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Structures of transcription-translation coupling complexes at each stage of the translation cycle

Jing Zhang et al.Mar 14, 2024
Abstract Bacterial transcription and translation are frequently linked through a transcribing RNA polymerase following the leading ribosome, a process termed transcription-translation coupling (TTC). Two distinct TTC structures, the collied-TTC (TTC-A) and the coupled-TTC (TTC-B), have been reported, but the biological significance of both complexes is still subject to uncertainty. Furthermore, the ribosomes in all of them are in a static state. The underlying translation dynamics within these TTCs remain elusive. Here we report cryo-EM structures of transcription-translation complexes from E.coli at various stages of the translation elongation cycle. The results show five states of TTC-B representing the whole stages of translation elongation cycle. TTC-B is compatible with ribosome conformational changes during the translation elongation and coordinates transcription elongation with translation elongation. The results show two distinct TTC-A in translational pre-translocation and translocation intermediate states in which the RNAP becomes unstable as the translation progresses. The results further show that TTC-A is the key state where the ribsomes could exert mechanical force on RNAP leading to the potential transition between TTC-A and TTC-B within mRNA spacer ranging from 7 to 9 codons and the TTC-A-dependent transcription termination within mRNA spacer shorter than 7 codons. Taken together, our results provide a comprehensive blueprint detailing the dynamic interplay of translation coupled with transcription.