Abstract Several reports suggest that intestinal tissue may be a natural niche for Chlamydia trachomatis infection and a reservoir for persistent infections in the human body. Due to the human specificity of the pathogen and the lack of suitable host models, there is limited knowledge on this topic. In our study, we modelled the course of the chlamydial infection in human primary gastrointestinal (GI) epithelial cells originating from patient-derived organoids. We show that GI cells are resistant to apical infection and C. trachomatis needs access to the basolateral membrane to establish an infection. Transmission electron microscopy analysis reveals the presence of both normal as well as aberrant chlamydial developmental forms in the infected cells, suggesting a possible cell-type specific nature of the infection. Furthermore, we show that the plasmid-encoded Pgp3 is an important virulence factor for the infection of human GI cells. This is the first report of C. trachomatis infection in human primary intestinal epithelial cells supporting a possible niche for chlamydial infection in the human intestinal tissue. Author summary Chlamydial infection has a high global prevalence and is a major health concern. Untreated infections may cause complications and lead to serious health problems, especially in women. Although the infection is usually localized to the genital tract, experiments performed in a mouse infection model as well as the accumulating clinical data suggest that the human gastrointestinal (GI) tract might represent a hidden infection niche and a source of reinfections. In our study, we used the advantages of the organoid technology to model the chlamydial infection in patient-derived primary GI epithelial cells. We were able to show that these cells are resistant to the infection, however, Chlamydia could utilize a basolateral entry route for efficient infection. Chlamydia form either normal or persistent-like developmental forms in these GI epithelial cells. We also showed the importance of the plasmid-mediated virulence in the infection of human GI cells. The results obtained in the GI infection model replicated phenotypes predicted and expected for Chlamydia human intestinal infection, and therefore support a role of the human GI tract as a potential niche for chlamydial infection.

Summary Chlamydia trachomatis (Ctr) can persist over long periods of time within their host cell and thereby establish chronic infections. One of the major inducers of chlamydial persistence is interferon-gamma (IFN-γ) released by immune cells as a mechanism of immune defence. IFN-γ activates the catabolic depletion of L-tryptophan (Trp) via indoleamine 2,3-dioxygenase (IDO), resulting in persistent Chlamydia . Here we show that IFN-γ depletes c-Myc, the key regulator of host cell metabolism, in a STAT1-dependent manner. Expression of c-Myc rescued Chlamydia from IFN-γ-induced persistence in cultured cell lines, but also in human fallopian tube organoids. L-tryptophan concentrations control c-Myc levels via the PI3K-GSK3ß axis. Unbiased metabolic analysis revealed that Chlamydia infection reprograms the host cell tricarboxylic acid (TCA) cycle to support pyrimidine biosynthesis. Addition of TCA cycle intermediates or pyrimidine/purine nucleosides to infected cells rescued Chlamydia from IFN-γ-induced persistence. Thus, our results challenge the longstanding hypothesis of L-tryptophan depletion through IDO as the major mechanism of IFN-γ-induced metabolic immune defence and significantly extends the understanding of the role IFN-γ as a broad modulator of host cell metabolism.

Obligate intracellular bacteria like Chlamydia trachomatis undergo a complex developmental cycle between infectious non-replicative (EBs) and non-infectious replicative (RBs) forms. EBs shortly after entering a host cell transform to RBs, a crucial process in infection, initiating chlamydial replication. As Chlamydia fail to replicate outside the host cell it is currently unknown how the transition from EBs to RBs is initiated. Here we show in a cell-free approach in axenic media that uptake of glutamine by the bacteria is critical to initiate EB-RB transition. These bacteria utilize glutamine to synthesize cell wall peptidoglycan which has recently been detected in the septa of replicating intracellular Chlamydia. The increased requirement for glutamine in infected cells is achieved by reprogramming the glutamine metabolism in a c-Myc-dependent manner. Glutamine was effectively taken up by the glutamine transporter SLC1A5 and metabolized via glutaminase. Interference with this metabolic reprogramming limited growth of Chlamydia. Intriguingly, Chlamydia failed to produce progeny in SLC1A5 knockout mice. Thus, we report on the central role of glutamine for the development of an obligate intracellular pathogenic bacterium and the reprogramming of host glutamine metabolism, which may provide a basis for innovative anti-infective strategies.