Abstract Societies in East Asia have utilized domesticated cattle for over 5000 years, but the genetic history of cattle in East Asia remains understudied. Genome-wide analyses of 23 ancient Mongolian cattle reveal that East Asian aurochs and ancient East Asian taurine cattle are closely related, but neither are closely related to any modern East Asian breeds. We observe binary variation in aurochs diet throughout the early Neolithic, and genomic evidence shows millennia of sustained male-dominated introgression. We identify a unique connection between ancient Mongolian aurochs and the European Hereford breed. These results point to the likelihood of human management of aurochs in Northeast Asia prior to and during the initial adoption of taurine cattle pastoralism. One-Sentence Summary Ancient interbreeding of East Asian aurochs and cattle suggests management, but leaves no signature in modern eastern breeds.

Early conservation efforts to prevent the loss of green sea turtles ( Chelonia mydas ) from the Caribbean Sea jumpstarted marine habitat and biodiversity protection. However, even there, limitations on historical observations of turtle ecology have hampered efforts to contextualize foraging behaviours for conservation management. We integrate isotopic and zooarchaeological evidence from green sea turtles harvested at the Miskito Cays (Nicaragua) to assess foraging behaviour before and after a step change in harvesting intensity. Highly structured isotopic evidence shows greater foraging adaptability in earlier populations. This provides a counterpoint to recent synthesis, suggesting the ecological non-exchangeability of sea turtles, which complicates conservation planning focused on genetic-stock-based repopulation. In contrast, our results suggest future populations would have a capacity for higher degrees of ecological exchangeability than current perspectives allow. This highlights a need to consider the kinds of longer term perspectives, such as those offered by archaeological materials, when planning for future sea turtle recovery.

Summary The bowhead whale, an Arctic endemic, was heavily overexploited during commercial whaling between the 16th-20th centuries 1 . Current climate warming, with Arctic amplification of average global temperatures, poses a new threat to the species 2 . Assessing the vulnerability of bowhead whales to near-future predictions of climate change remains challenging, due to lacking data on population dynamics prior to commercial whaling and responses to past climatic change. Here, we integrate palaeogenomics and stable isotope ( δ 13 C and δ 15 N) analysis of 201 bowhead whale fossils from the Atlantic Arctic with palaeoclimate and ecological modelling based on 823 radiocarbon dated fossils, 151 of which are new to this study. We find long-term resilience of bowhead whales to Holocene environmental perturbations, with no obvious changes in genetic diversity or population structure, despite large environmental shifts and centuries of whaling by Indigenous peoples prior to commercial harvests. Leveraging our empirical data, we simulated a time-series model to quantify population losses associated with commercial whaling. Our results indicate that commercial exploitation induced population subdivision and losses of genetic diversity that are yet to be fully realised; declines in genetic diversity will continue, even without future population size reductions, compromising the species’ resilience to near-future predictions of Arctic warming.

Abstract The Arctic is among the most climatically sensitive environments on Earth, and the disappearance of multiyear sea-ice in the Arctic Ocean is predicted within decades. As apex predators, polar bears are sentinel species for addressing the impact of environmental variability on Arctic marine ecosystems. By integrating genomics, isotopic analysis, morphometrics, and ecological modelling, we investigate how Holocene environmental changes affected the evolutionary ecology of polar bears around Greenland. We show that throughout the last ∼11,000 years, Greenlandic polar bears have been heavily influenced by changes in sea-surface temperature (SST) and sea-ice cover. Most notable are major reductions in effective population size at the beginning of the Holocene and during the Holocene Thermal Maximum ∼6 kya, which coincide with increases in annual mean SST, reduction in sea-ice covers, declines in suitable habitat, and shifts in suitable habitat northwards. Furthermore, we show how individuals sampled from west and east Greenland are genetically, morphologically, and ecologically distinct. We find bears sampled in west Greenland to be larger, more genetically diverse and have diets dominated by ringed seals, whereas bears from east Greenland are smaller and less diverse with more varied diets, putatively driven by regional biotic differences. Taken together, we provide novel insights into the vulnerability of polar bears to environmental change, and how the Arctic marine ecosystem plays a vital role in shaping the evolutionary and ecological trajectories of its inhabitants. Teaser Multivariate investigations of the environment’s role in the evolutionary ecology of Greenlandic polar bears.

Abstract The woolly rhinoceros ( Coelodonta antiquitatis ) was a cold-adapted herbivore, widely distributed from western Europe to north-east Siberia during the Late Pleistocene. Previous studies associate the extinction of the species ~14,000 years before present to climatic and vegetational changes, and suggest that later survival of populations in north-east Siberia may relate to the later persistence of open vegetation in that region. Here, we analyzed carbon ( δ 13 C) and nitrogen ( δ 15 N) stable isotopes and mitochondrial DNA sequences to elucidate the evolutionary ecology of the species. Our dataset comprised 286 woolly rhinoceros isotopic records, including 192 unpublished records, from across the species range, dating from >58,600 14 C years to ~14,000 years before present. Crucially, we present the first 71 isotopic records available to date of the 15,000 years preceding woolly rhinoceros extinction. The data reveal ecological flexibility and geographical variation in woolly rhinoceros stable isotope compositions through time. In north-east Siberia, we detected δ 15 N stability through time. This could reflect long-term environmental stability, and might have enabled the later survival of the species in the region. To further investigate the palaeoecology of woolly rhinoceroses, we compared their isotopic compositions with that of other contemporary herbivores. This analysis suggests possible niche partitioning between woolly rhinoceros and both horse ( Equus spp. ) and woolly mammoth ( Mammuthus primigenius ), and isotopic similarities between woolly rhinoceros and both musk ox ( Ovibos moschatus ) and saiga ( Saiga tatarica ) at different points in time. To provide phylogeographical context to the isotopic data, we analyzed 61 published mitochondrial control region sequences. The data show a lack of geographic structuring; we found three haplogroups with overlapping distributions, all of which show a signal of expansion during the Last Glacial Maximum. Furthermore, our genetic findings support the notion that environmental stability in Siberia had an impact on the paleoecology of woolly rhinoceroses in the region. Our study highlights the utility of combining stable isotopic records with ancient DNA to advance our knowledge of the evolutionary ecology of past populations and extinct species.

Circular structures made from woolly mammoth bones are found across Ukraine and west Russia, yet the origin of the bones remains uncertain. We present ten new mammoth radiocarbon dates from the largest circular structure at Kostenki 11-Ia, identifying two mammoth mandibles ~200-1,200 years older than the other dated materials from the site, suggesting skeletal material from long-dead individuals was scavenged and used in the site construction. Biomolecular sexing of 30 individuals showed a predominance of females, suggesting the Kostenki mammoths are primarily from herds. We identify six mitochondrial lineages across 16 samples, showing they are not all from the same matriline. Integrating biomolecular sexing with stable δ13C and δ15N isotope analysis, we find no isotopically-differentiated resource use by females and males, providing the first analysis of foraging differences between sexes in any Late Pleistocene megafauna. Our study highlights the significance of integrating ancient biomolecular approaches in archaeological inference.

Abstract Beluga whales play a critical role in the subsistence economies and cultural heritage of Indigenous communities across the Arctic, yet the effects of Indigenous hunting on beluga whales remains unknown. Here, we integrate paleogenomics and stable δ 13 C and δ 15 N isotope analysis to investigate 700 years of beluga subsistence hunting in the Mackenzie Delta area of northwestern Canada. Genetic identification of the zooarchaeological remains, which based on radiocarbon dating span three time periods (1290-1440 CE; 1450-1650 CE; 1800-1870 CE), indicate shifts across time in the sex ratio of the harvested belugas. The equal number of females and males harvested in 1450-1650 CE versus more males harvested in the two other time periods may reflect changes in hunting practices or temporal shifts in beluga availability. We find temporal shifts and sex-based differences in δ 13 C of the harvested belugas across time, suggesting historical adaptability in the foraging ecology of the whales. Although we uncovered novel mitochondrial diversity in the Mackenzie Delta belugas, we found no changes in nuclear genomic diversity nor any substructuring across time. Our findings indicate the genomic stability and continuity of the Mackenzie Delta beluga population across the 700 years surveyed, indicating the impact of Inuvialuit subsistence harvests on the genetic diversity of contemporary beluga individuals has been negligible. Significance Statement Since colonizing the Mackenzie Delta in northwestern Canada ∼1200 CE, Inuvialuit have been heavily reliant on belugas for their livelihoods and cultural heritage. However, little is known of the impact of centuries of sustained Inuvialuit subsistence hunting on the beluga population inhabiting the Mackenzie Delta. Using palaeogenomic and stable isotope analysis of zooarchaeological remains, and comparing the findings with contemporary data, we investigate temporal changes in beluga diversity, structuring, and foraging ecology. We show Inuvialuit harvests had a negligible impact on the genetic diversity of contemporary Mackenzie belugas, and highlight the applicability of combining genomic sexing and isotope analysis of zooarchaeological remains for advancing our understanding of past hunting practices and faunal ecologies.

Abstract Stable carbon ( δ 13 C) and nitrogen ( δ 15 N) isotope analysis was conducted on modern and archaeological polar bear bone collagen from the Canadian Arctic Archipelago to investigate potential changes in polar bear foraging ecology over four-millennia. Polar bear δ 13 C values showed a significant decline in the modern samples relative to all archaeological time-bins, indicating a disruption in the sources of production that support the food web, occurring after the Industrial Revolution. The trophic structure, indicated through δ 15 N, remained unaltered throughout all time periods. The lower δ 13 C observed in the modern samples indicates a change in the relative importance of pelagic (supported by open-water phytoplankton) over sympagic (supported by sea ice-associated algae) primary production. The consistency in polar bear δ 13 C through the late Holocene includes climatic shifts such as the Medieval Warm Period (MWP, A.D. 950-1250) and the early stages of the Little Ice Age (LIA, A.D. 1300-1850). These findings suggest that polar bears inhabit a food web that is more pelagic and less sympagic today than it was through the Late Holocene. We suggest that modern, anthropogenic warming has already affected food web structure in the Canadian Arctic Archipelago when modern data are contextualized with a deep time perspective. Research Highlights Modern polar bear bone collagen δ 13 C suggests recent decline in ice associated prey. Archaeological polar bear bone collagen suggests food web stability for millennia. No change in sea-ice association through the Medieval Warm Period and Little Ice Age. Recent isotopic shifts are unusual relative to the stability of ancient samples. Modern Arctic warming has isotopically observable impacts that past events did not. OR Significance Statement The lack of behavioral plasticity of both polar bears and their principal prey, ringed seals, make these species particularly vulnerable to declining sea ice. While the Lancaster Sound food web has demonstrated stability through past climate fluctuations, the speed and magnitude of ongoing changes in the Arctic has had an observable effect on the source of primary production. Given that past climate fluctuations are referenced as an argument to minimize the importance of modern anthropogenic warming, it is important to take opportunities to position contemporary climate change relative to the archaeological record. Here we present a unique illustration of the effects of past and present warming on polar bear diet and the marine food web in the Canadian Arctic Archipelago.