Healthy Research Rewards
ResearchHub is incentivizing healthy research behavior. At this time, first authors of open access papers are eligible for rewards. Visit the publications tab to view your eligible publications.
Got it
CP
Clemens Plaschka
Author with expertise in Regulation of RNA Processing and Function
Achievements
Cited Author
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
7
(71% Open Access)
Cited by:
776
h-index:
13
/
i10-index:
14
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
67

The molecular principles of Piwi-mediated co-transcriptional silencing through the dimeric SFiNX complex

Jakob Schnabl et al.Jan 8, 2021
Abstract Nuclear Argonaute proteins, guided to nascent target RNAs by their bound small RNAs, elicit co-transcriptional silencing through heterochromatin formation at transposon insertions and repetitive genomic loci. The molecular mechanisms involved in this process are incompletely understood. Here, we propose that the SFiNX complex, a silencing mediator downstream of nuclear Piwi-piRNA complexes in Drosophila , enables co-transcriptional silencing via the formation of molecular condensates. Condensate formation is stimulated by nucleic acid binding and requires SFiNX dimerization, mediated by the dynein light chain protein, LC8/Cutup. LC8’s function within SFiNX can be bypassed with a heterologous dimerization domain, suggesting that dimerization is a constitutive feature of SFiNX. Mutations preventing LC8-mediated SFiNX dimerization result in loss of condensate formation in vitro and inability of Piwi to initiate heterochromatin formation and silence transposons in vivo . Formation of molecular condensates might be a general mechanism that underlies effective heterochromatin establishment at small RNA target loci in a co-transcriptional manner.
67
Citation1
0
Save
1

Mutual homeostasis of charged proteins

Rupert Faraway et al.Aug 21, 2023
Abstract Protein dosage is regulated to maintain cellular homeostasis and health. The dosage of proteins containing disordered low complexity domains (LCDs) must be particularly well-controlled to prevent aberrant disease, yet no mechanism to maintain homeostasis has been identified 1, 2 . Here we report a mutual homeostatic mechanism that controls the concentration of such proteins, termed ’interstasis’, in which proteins with similar LCDs co-regulate their combined dosage through collective negative feedback. We focused on the mechanism that exploits the fundamental multivalency of GA-rich RNA regions that encode charged LCDs, including those with arginine-enriched mixed charge domains (R-MCDs). Modest variations in the abundance of an R-MCD protein change the properties of nuclear speckles, a protein-RNA condensate, selectively trapping multivalent GA-rich mRNAs to promote their nuclear retention. This interstasis depends on conserved codon biases, shared by amniotes, which enhance the multivalency of GA-rich regions encoding charged LCDs. The threshold of interstasis is modulated by CLK kinases, which affect the nuclear speckle localisation of proteins such as TRA2B, key binder of GA-rich RNAs. Notably, many classes of LCDs are encoded by RNA regions containing multivalency-enhancing codon biases, each preferentially bound by specific proteins, suggesting that interstasis might co-regulate many classes of functionally related LCD-containing proteins through dose-sensitivity of various types of protein-RNA condensates.