Abstract Pairwise perturbation of gene function using the CRISPR/Cas9 system has huge potential in screening for genetic interactions and synthetic lethal gene pairs to identify novel combination therapies for cancer. However, existing dual guide expression systems are cumbersome to clone, often result in a large proportion of undesired guide pairs and have imbalance of guide expression from the two positions. Here, we demonstrate a next-generation system for dual guide delivery based around a tRNA spacer that allows a single step cloning strategy, as little as 2% of undesired guide pairs, and highly balanced expression of the two guides. This system allows efficient library-scale screening for hundreds of thousands of genetic interactions using the well understood Streptococcus pyogenes Cas9 (SpCas9) system. We use this to screen a 100,136 guide pair library in colorectal cancer cells and successfully identify synthetic lethal genetic interactions between paralogs, establishing our method for performing efficient large scale genetic interaction screens. This system is versatile and can be used with most guide RNA vector systems, and for other uses of paired guide delivery such as improving single gene knockout efficiency or improving guide detection in single cell or optical CRISPR screens.

CRISPR guide-RNA libraries have been iteratively optimised to provide increasingly efficient reagents although their large size is a barrier for some applications. We designed a minimal genome-wide human CRISPR-Cas9 library (MinLibCas9), optimised by mining existing large-scale gene loss-of-function datasets, resulting in a greater than 46% reduction in size compared to other libraries while preserving assay sensitivity and specificity. MinLibCas9 improves the efficiency of CRISPR-Cas9 loss-of-function screens and expands their application to complex models and assays.

Abstract Background Alcohol misuse is prevalent among college students globally, including in India. Digital screening and brief interventions (DSBI) promise to address this issue. This study assesses DSBI's effectiveness in a state‐wide cluster randomized trial among college students in India. Methods We recruited 548 participants (274 in each DSBI and digital screening and brief advice‐DSBA) from 40 colleges across 10 districts of Punjab, India. Colleges were selected via two‐stage cluster random sampling and were allocated to groups using permuted block randomization. Participants with Alcohol Use Disorder Identification Test (AUDIT) scores between 8 and 19 were included. The digital platform directed eligible participants to their respective groups. DSBI participants received information on alcohol harms, normative and personalized feedback, a decisional balance checklist, and a menu of options. DSBA participants received screening and alcohol harm information. Follow‐ups were conducted at 3‐ and 6‐month post‐intervention. Primary outcome: reduction in AUDIT scores; secondary outcomes: frequency of drinking, drinks per drinking day, and frequency of heavy episodic drinking (HED). Results Baseline demographics and clinical variables did not significantly differ between groups, except for participants' age. 37.6% were women. Follow‐up rates were 513/548 at 3 months and 483/548 at 6 months, with no group differences in attrition. AUDIT scores significantly decreased in both groups at 3 and 6 months (Time F = 1870.11, p < 0.001, partial η 2 = 0.77), with no Group × Time effects ( F = 0.160, p = 0.85). Drinking frequency, HED frequency, and drinks per drinking day decreased significantly in both groups without between‐group differences. Conclusion The study highlights the potential policy implications of integrating brief digital interventions for alcohol misuse into educational health initiatives.