ABSTRACT Malignant hepatocellular cancers are the most common primary liver malignancies in children, and hepatoblastomas (HBs) account for more than two-thirds of these cases. While most HBs respond to chemotherapy and have favorable outcomes, the 3-year overall survival rate for high-risk HBs is below 50% and guidelines for their classification and treatment are still evolving. HB risk-stratification efforts using clinical, histological, and molecular parameters have been reported to help identify patients that require more or less aggressive therapies in retrospective studies, and are being validated in clinical trials. However, risk assessment is particularly challenging for cancers with certain histologies, including tumors in the recently proposed provisional hepatocellular neoplasm not otherwise specified (HCN NOS) category. HCN NOSs exhibit either intermediate or combined HB and hepatocellular carcinoma (HCC) histological features, and while neoplasms with such features were observed over a decade ago, only a handful have been characterized and little is known about their biology and clinical features. Here, we molecularly characterized a series of clinically annotated HCN NOSs that demonstrated either intermediate HB/HCC histology or distinct coexisting areas with HB and HCC histological features. In addition, molecular profiling of HBs demonstrating focal pleomorphism or anaplasia (HB FPA) revealed underlying biological features previously observed in HCCs. Our study suggested that HCN NOSs and HB FPAs are aggressive tumors, irrespective of patient age or resectability. Consequently, we designated them collectively as HBs with carcinoma features (HBCs) and outlined histological and molecular characteristics for their diagnosis and treatment. In our single-institution study, transplanted HBC patients were significantly and more than twice as likely to have good outcomes, highlighting the importance of molecular testing and aggressive early intervention.

The objective of this study was to determine the recommended Phase 2 dose (RP2D) of pevonedistat, a first in class inhibitor of NEDD8 activating enzyme, in combination with irinotecan (IRN) and temozolomide (TMZ) in children with cancer.

Hepatoblastoma (HB) and hepatocellular carcinoma (HCC) are the most common malignant hepatocellular tumors seen in children. The aim of this work was to develop a liquid biopsy test for circulating tumor cells (CTCs) for these tumors that would be less invasive and provide information about the real-time state of tumors in response to therapies.

SUMMARY The determination of long non-coding RNA (lncRNA) function is a major challenge in RNA biology with applications to basic, translational, and medical research [1–7]. Our efforts to improve the accuracy of lncRNA-target inference identified lncRNAs that coordinately regulate both the transcriptional and post-transcriptional processing of their targets. Namely, these lncRNAs may regulate the transcription of their target and chaperone the resulting message until its translation, leading to tightly coupled lncRNA and target abundance. Our analysis suggested that hundreds of cancer genes are coordinately and tightly regulated by lncRNAs and that this unexplored regulatory paradigm may propagate the effects of non-coding alterations to effectively dysregulate gene expression programs. As a proof-of-principle we studied the regulation of DICER1 [8, 9]—a cancer gene that controls microRNA biogenesis—by the lncRNA ZFAS1 , showing that ZFAS1 activates DICER1 transcription and blocks its post-transcriptional repression to phenomimic and regulate DICER1 and its target microRNAs.

ABSTRACT Objective Mouse Patient-Derived Xenograft (PDX) models are essential tools for evaluating experimental therapeutics. Baylor College of Medicine (BCM) established a PDX Core to provide technical support and infrastructure for PDX-based research. To manage PDX collections effectively, de-identified patient clinical and omics data, as well as PDX-related information and omics data, must be curated and stored. Data must then be analyzed and visualized for each case. To enhance PDX collection management and data dissemination, the BCM Biomedical Informatics Core created the BCM PDX Portal ( https://pdxportal.research.bcm.edu/ ). Materials and Methods Patient clinical data are abstracted from medical records for each PDX and stored in a central database. Annotations are reviewed by a clinician and de-identified. PDX development method and biomarker expression are annotated. DNAseq, RNAseq, and proteomics data are processed through standardized pipelines and stored. PDX gene expression (mRNA/protein), copy number alterations, and mutations can be searched in combination with clinical markers to identify models potentially useful as a PDX cohort. Results PDX collection management and PDX selection of models for drug evaluation are facilitated using the PDX Portal. Discussion To improve the translational effectiveness of PDX models, it is beneficial to use a tool that captures and displays multiple features of the patient clinical and molecular data. Selection of models for studies should be representative of the patient cohort from which they originated. Conclusion The BCM PDX Portal is a highly effective PDX collection management tool allowing data access in a visual, intuitive manner thereby enhancing the utility of PDX collections.

Abstract Hepatoblastoma (HB) is the most common pediatric primary liver malignancy, and survival for high-risk disease approaches 50%. Mouse models of HB fail to recapitulate hallmarks of high-risk disease. The aim of this work was to generate murine models that show high-risk features including multifocal tumors, vascular invasion, metastasis, and circulating tumor cells (CTCs). HepT1 cells were injected into the livers or tail veins of mice, and tumor growth was monitored with magnetic resonance and bioluminescent imaging. Blood was analyzed with fluorescence activated cell sorting to identify CTCs. Intra- and extra-hepatic tumor samples were harvested for immunohistochemistry and RNA and DNA sequencing. Cell lines were grown from tumor samples and profiled with RNA sequencing. With intrahepatic injection of HepT1 cells, 100% of animals grew liver tumors and showed vascular invasion, metastasis, and CTCs. Mutation profiling revealed genetic alterations in seven cancer-related genes, while transcriptomic analyses showed changes in gene expression with cells that invade vessels. Tail vein injection of HepT1 cells resulted in multifocal, metastatic disease. These unique models will facilitate further meaningful studies of high-risk HB. Summary Statement In this work, we developed and thoroughly characterized several unique models of hepatoblastoma derived from the HepT1 cell line that show high-risk features.