Healthy Research Rewards
ResearchHub is incentivizing healthy research behavior. At this time, first authors of open access papers are eligible for rewards. Visit the publications tab to view your eligible publications.
Got it
SS
Scott Santos
Author with expertise in Vaginal Microbiome and Sexually Transmitted Infections
Achievements
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
3
(67% Open Access)
Cited by:
0
h-index:
14
/
i10-index:
22
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Vaginal metatranscriptome meta-analysis reveals functional BV subgroups and novel colonisation strategies

Scott Santos et al.Apr 24, 2024
The application of '-omics' technologies to study bacterial vaginosis (BV) has uncovered vast differences in composition and scale between the vaginal microbiomes of healthy and BV patients. Compared to amplicon sequencing and shotgun metagenomic approaches focusing on a single or few species, investigating the transcriptome of the vaginal microbiome at a system-wide level can provide insight into the functions which are actively expressed and differential between states of health and disease. We conducted a meta-analysis of vaginal metatranscriptomes from three studies, split into exploratory (n = 44) and validation (n = 297) datasets, accounting for the compositional nature of sequencing data and differences in scale between healthy and BV microbiomes. Conducting differential abundance analyses on the exploratory dataset, we identified a multitude of strategies employed by microbes associated with states of health and BV to evade host cationic antimicrobial peptides (CAMPs); putative mechanisms used by BV-associated species to resist and counteract the low vaginal pH; and potential approaches to disrupt vaginal epithelial integrity so as to establish sites for adherence and biofilm formation. Moreover, we identified several distinct functional subgroups within the BV population, distinguished by genes involved in motility, chemotaxis, biofilm formation and co-factor biosynthesis. After defining molecular states of health and BV in the validation dataset using KEGG orthology terms rather than community state types, differential abundance analysis confirmed earlier observations regarding CAMP resistance and compromising epithelial barrier integrity in healthy and BV microbiomes, and also supported the existence of motile vs. non-motile subgroups in the BV population. Our findings highlight a need to focus on functional rather than taxonomic differences when considering the role of microbiomes in disease and identify pathways for further research as potential BV treatment targets.
0

Variant calling for cpn60 barcode sequence-based microbiome profiling

Sarah Vancuren et al.Aug 29, 2019
Amplification and sequencing of conserved genetic barcodes such as the cpn60 gene is a common approach to determining the taxonomic composition of microbiomes. Exact sequence variant calling has been proposed as an alternative to previously established methods for aggregation of sequence reads into operational taxonomic units (OTU). We investigated the utility of variant calling for cpn60 barcode sequences and determined the minimum sequence length required to provide species-level resolution. Sequence data from the 5' region of the cpn60 barcode amplified from the human vaginal microbiome (n=45), and a mock community were used to compare variant calling to de novo assembly of reads, and mapping to a reference sequence database in terms of number of OTU formed, and overall community composition. Variant calling resulted in microbiome profiles that were consistent in apparent composition to those generated with the other methods but with significant logistical advantages. Variant calling is rapid, achieves high resolution of taxa, and does not require reference sequence data. Our results further demonstrate that 150 bp from the 5' end of the cpn60 barcode sequence is sufficient to provide species-level resolution of microbiota.### Competing Interest StatementThe authors have declared no competing interest.
1

Mycolactone enhances the Ca2+ leakage from endoplasmic reticulum by trapping Sec61 translocons in a Ca2+ permeable state

Pratiti Bhadra et al.May 13, 2021
Abstract The Mycobacterium ulcerans exotoxin, mycolactone, is an inhibitor of co-translational translocation via the Sec61 complex. Mycolactone has previously been shown to bind to, and alter the structure of, the major translocon subunit Sec61α, and change its interaction with ribosome nascent chain complexes. In addition to its function in protein translocation into the ER, Sec61 also plays a key role in cellular Ca 2+ homeostasis, acting as a leak channel between the endoplasmic reticulum (ER) and cytosol. Here, we have analysed the effect of mycolactone on cytosolic and ER Ca 2+ levels using compartment-specific sensors. We also used molecular docking analysis to explore potential interaction sites for mycolactone on translocons in various states. These results show that mycolactone enhances the leak of Ca 2+ ions via the Sec61 translocon, resulting in a slow but substantial depletion of ER Ca 2+ . This leak was dependent on mycolactone binding to Sec61α because resistance mutations in this protein completely ablated the increase. Molecular docking supports the existence of a mycolactone-binding transient inhibited state preceding translocation and suggests mycolactone may also bind Sec61α in its idle state. We propose that delayed ribosomal release after translation termination and/or translocon “breathing” during rapid transitions between the idle and intermediate-inhibited states allow for transient Ca 2+ leak, and mycolactone’s stabilisation of the latter underpins the phenotype observed.