Four different primer pairs were designed for the preferential PCR amplification of fungal SSU rDNA directly from environmental samples. Most of the amplification products obtained from a reference collection of 46 wood-decomposing fungi could be separated by denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) using 1650 bp rDNA fragments produced by primer pair FR1+NS1. A relatively high level of resolution was also achieved using 390 bp products amplified with primer pair FR1 + FF390. In contrast, the separation of amplification products obtained by the remaining two primer pairs (FR1+FF700 and FR1 + FF1100; 700 bp and 1100 bp, respectively) was inadequate when applied to our fungal collection. Differentiation between all the species tested was achieved by combined analysis of the rDNA fragments produced by primer pairs FR1 + NS1 and FR1+FF390. The DGGE analysis of environmental samples collected from Norway spruce stumps showed that the analysis of fungal DNA extracted directly from wood was usually in accordance with the investigation of mycelial cultures isolated from the same decay column. In some cases, however, disagreement was observed, which suggests that these two fundamentally different techniques present different views about fungal diversity. The investigation of fungal species profiles directly from environmental samples using DGGE analysis of PCR-amplified SSU rDNA molecules can be used to improve the detection of fungal groups that are difficult to cultivate.

Summary A large database of invasive forest pathogens ( IFP s) was developed to investigate the patterns and determinants of invasion in Europe. Detailed taxonomic and biological information on the invasive species was combined with country‐specific data on land use, climate, and the time since invasion to identify the determinants of invasiveness, and to differentiate the class of environments which share territorial and climate features associated with a susceptibility to invasion. IFP s increased exponentially in the last four decades. Until 1919, IFP s already present moved across Europe. Then, new IFP s were introduced mainly from North America, and recently from Asia. Hybrid pathogens also appeared. Countries with a wider range of environments, higher human impact or international trade hosted more IFP s. Rainfall influenced the diffusion rates. Environmental conditions of the new and original ranges and systematic and ecological attributes affected invasiveness. Further spread of established IFP s is expected in countries that have experienced commercial isolation in the recent past. Densely populated countries with high environmental diversity may be the weakest links in attempts to prevent new arrivals. Tight coordination of actions against new arrivals is needed. Eradication seems impossible, and prevention seems the only reliable measure, although this will be difficult in the face of global mobility.

Summary An analysis of incidence of Phytophthora spp. in 732 European nurseries producing forest transplants, larger specimen trees, landscape plants and ornamentals, plus 2525 areas in which trees and shrubs were planted, is presented based on work conducted by 38 research groups in 23 European countries between 1972 and 2013. Forty‐nine Phytophthora taxa were recorded in 670 nurseries (91.5%); within these nurseries, 1614 of 1992 nursery stands (81.0%) were infested, although most affected plants appeared healthy. In forest and landscape plantings, 56 Phytophthora taxa were recovered from 1667 of 2525 tested sites (66.0%). Affected plants frequently showed symptoms such as crown thinning, chlorosis and dieback caused by extensive fine root losses and/or collar rot. Many well‐known highly damaging host– Phytophthora combinations were frequently detected but 297 and 407 new Phytophthora –host associations were also observed in nurseries and plantings, respectively. On average, 1.3 Phytophthora species/taxa per infested nursery stand and planting site were isolated. At least 47 of the 68 Phytophthora species/taxa detected in nurseries and plantings were exotic species several of which are considered well established in both nurseries and plantings in Europe. Seven known Phytophthora species/taxa were found for the first time in Europe, while 10 taxa had not been previously recorded from nurseries or plantings; in addition, 5 taxa were first detections on woody plant species. Seven Phytophthora taxa were previously unknown to science. The reasons for these failures of plant biosecurity in Europe, implications for forest and semi‐natural ecosystems and possible ways to improve biosecurity are discussed.

Heterobasidion annosum sensu lato comprises some of the most devastating conifer pathogens conifers. Exploring virocontrol as a potential strategy to mitigate economic losses caused by these fungi holds promise for the future. In this study, we conducted a comprehensive screening for viruses in a 98 H. annosum s.l. specimens from different regions of Czechia aiming to identify viruses inducing hypovirulence. Initial examination for dsRNA presence was followed by RNA-Seq analyses using pooled RNA libraries constructed from H. annosum and Heterobasidion parviporum, with diverse bioinformatic pipelines employed for virus discovery. Our study uncovered 25 distinct ssRNA viruses, including two ourmia-like viruses, one mitovirus, one fusarivirus, one tobamo-like virus, one cogu-like virus, one bisegmented narna-like virus and one segment of another narna-like virus, and 17 ambi-like viruses, for which hairpin and hammerhead ribozymes were detected. Coinfections of up to 10 viruses were observed in six Heterobasidion isolates, while another six harbored a single virus. 73% of the isolates analyzed by RNA-Seq were virus-free. These findings show that the virome of Heterobasidion populations in Czechia is highly diverse and differs from that in the boreal region. We further investigated the host effects of certain identified viruses through comparisons of the mycelial growth rate and proteomic analyses and found that certain tested viruses caused growth reductions of up to 22% and significant alterations in the host proteome profile. Their intraspecific transmission rates ranged from 0% to 33%. Further studies are needed to fully understand the biocontrol potential of these viruses in planta.

ABSTRACT Heterobasidion annosum sensu lato comprises some of the most devastating pathogens of conifers. Exploring virocontrol as a potential strategy to mitigate economic losses caused by these fungi holds promise for the future. In this study, we conducted a comprehensive screening for viruses in 98 H . annosum s.l. specimens from different regions of Czechia aiming to identify viruses inducing hypovirulence. Initial examination for dsRNA presence was followed by RNA-seq analyses using pooled RNA libraries constructed from H. annosum and Heterobasidion parviporum , with diverse bioinformatic pipelines employed for virus discovery. Our study uncovered 25 distinct ssRNA viruses, including two ourmia-like viruses, one mitovirus, one fusarivirus, one tobamo-like virus, one cogu-like virus, one bisegmented narna-like virus and one segment of another narna-like virus, and 17 ambi-like viruses, for which hairpin and hammerhead ribozymes were detected. Coinfections of up to 10 viruses were observed in six Heterobasidion isolates, whereas another six harbored a single virus. Seventy-three percent of the isolates analyzed by RNA-seq were virus-free. These findings show that the virome of Heterobasidion populations in Czechia is highly diverse and differs from that in the boreal region. We further investigated the host effects of certain identified viruses through comparisons of the mycelial growth rate and proteomic analyses and found that certain tested viruses caused growth reductions of up to 22% and significant alterations in the host proteome profile. Their intraspecific transmission rates ranged from 0% to 33%. Further studies are needed to fully understand the biocontrol potential of these viruses in planta . IMPORTANCE Heterobasidion annosum sensu lato is a major pathogen causing significant damage to conifer forests, resulting in substantial economic losses. This study is significant as it explores the potential of using viruses (virocontrol) to combat these fungal pathogens. By identifying and characterizing a diverse array of viruses in H. annosum populations from Czechia, the research opens new avenues for biocontrol strategies. The discovery of 25 distinct ssRNA viruses, some of which reduce fungal growth and alter proteome profiles, suggests that these viruses could be harnessed to mitigate the impact of Heterobasidion . Understanding the interactions between these viruses and their fungal hosts is crucial for developing effective, environmentally friendly methods to protect conifer forests and maintain ecosystem health. This study lays the groundwork for future research on the application of mycoviruses in forest disease management.