Pathogens found within local environments are a major cause of morbidity and mortality. This is particularly true in Indonesia, where infectious diseases such as malaria or dengue are a significant part of the disease burden. Unequal investment in medical funding throughout Indonesia, particularly in rural areas, has resulted in under-reporting of cases, making surveillance challenging. Here, we use transcriptome data from 117 healthy individuals living on the islands of Mentawai, Sumba, and the Indonesian side of New Guinea Island to explore which pathogens are present within whole blood. We detect a range of taxa within RNA-sequencing data generated from whole blood and find that two pathogens---Flaviviridae and Plasmodium---are the most predominantly abundant, both of which are most pronounced in the easternmost island within our Indonesian dataset. We also compare the Indonesian data to two other cohorts from Mali and UK and find a distinct microbiome profile for each group. This study provides a framework for RNA-seq as a possible retrospective surveillance tool and an insight to what makes up the transient human blood microbiome.

Maternal nutritional status influences fetal development and long-term risk for adult non-communicable diseases. The underlying mechanisms of these long-term effects remain poorly understood. We examined whether maternal biomarkers for metabolism and inflammation during pregnancy were associated with child biomarkers in the Supplementation with Multiple Micronutrients Intervention Trial (SUMMIT, ISRCTN34151616) in Lombok, Indonesia wherein archived blood specimens and relevant data were available from pregnant women and their children 9-12 years after birth. Forty-four mother-child dyads comprising 132 specimens were analyzed by multiplex microbead immunoassays to quantify vitamin D-binding protein (D), adiponectin (A), retinol-binding protein 4 (R), C-reactive protein (C), and leptin (L). Principal component analysis (PCA) revealed distinct variance patterns, i.e. principal components (PC), for baseline pregnancy bp.pc1.D?A?R? and bp.pc2.C?L?; combined follow-up and post-partum dp-pp.pc1.D??A?R??L? and dp-pp.pc2.A?C?L?; and children ch.pc1.D?R?C? and ch.pc2.D?A?L?. Maternal multiple micronutrient (MMN) supplementation modified the association between baseline maternal bp.pc2.C?L? and post-supplementation maternal dp-pp.pc2.A?C?L? (p=0.022). Significant associations were found between maternal dp-pp.pc2.A?C?L? and increased child's ch.pc1.D?R?C? (p=0.036), and decreased child's BMI z-score (BMIZ) (p=0.022); and between maternal dp-pp.pc1.D??A?R??L? and increased child's BMIZ (p=0.036). Child's ch.pc1.D?R?C? was associated with decreased birth weight (p=0.036), and increased child's BMIZ (p=0.002); and ch.pc2.D?A?L? was associated with increased child's BMIZ (p=0.005), decreased maternal height (p=0.030) and girls (p=0.002). Elevated adiponectin and leptin pattern in pregnancy was associated with increased C-reactive protein and vitamin A and D binding proteins pattern in children, suggesting biomarkers acting in concert may be more important than single biomarker effects. Patterns in pregnancy proximal to birth were more associated with child status, and child patterns were most frequently associated with child status, particularly child BMI. Although MMN supplementation and certain maternal biomarker patterns have effects on metabolism and inflammation in pregnancy and in the child, nevertheless, nutrition conditions after birth may have a greater impact.

Abstract One of the regulatory mechanisms influencing the functional capacity of genes is alternative splicing (AS). Previous studies exploring the splicing landscape of human tissues have shown that AS has contributed to human biology, especially in disease progression and the immune response. Nonetheless, this phenomenon remains poorly characterised across human populations, and it is unclear how genetic and environmental variation contribute to alternative splicing. Here, we examine a set of 115 Indonesian samples from three traditional island populations spanning the genetic ancestry cline that characterizes Island Southeast Asia. We conduct a global AS analysis between islands to ascertain the degree of functionally significant AS events and their consequences. Using a hierarchical event-based statistical model, we detected over 1,000 significant differential AS events across all comparisons. Additionally, we identify over 6,000 genetic variants associated with changes in splicing (splicing quantitative trait loci; sQTLs), some of which are driven by Papuan-like genetic ancestry, and only show partial overlap with other publicly available sQTL datasets derived from other populations. Computational predictions of RNA binding activity revealed that a fraction of these sQTLs directly modulate the binding propensity of proteins involved in the splicing regulation of immune genes. Overall, these results contribute towards elucidating the role of genetic variation in shaping gene regulation in one of the most diverse regions in the world.