Abstract The Ralstonia species complex is a group of genetically diverse plant wilt pathogens. Our goal is to create a database that contains the reported global distribution and host range of Ralstonia clades (e.g. phylotypes and sequevars). In this fourth release, we have cataloged information from 197 sources that report one or more Ralstonia strains isolated from 105 geographic regions. Metadata for nearly 8,000 strains are available as a supplemental table. The aggregated data suggest that the pandemic brown rot lineage (IIB-1) is the most widely dispersed lineage, and the phylotype I and IIB-4 lineages have the broadest natural host range. Although Phylotype III is largely restricted to Africa, several studies report that these strains have been introduced into the Americas (the Caribbean and South America). Similarly, although Phylotype IV is mostly found in East and Southeast Asia, phylotype IV strains are reported to be present in Eastern Africa. Additionally, we have created an open science resource for phylogenomics of the RSSC. We associated strain metadata (host of isolation, location of isolation, and clade) with over 250 genomes in a public KBase Narrative. Our colleagues can use this narrative to identify the phylogenetic position of newly sequenced strains.

Abstract Purpose: High-grade complex karyotype sarcomas are a heterogeneous group of tumors with a uniformly poor prognosis. Within complex karyotype sarcomas, there are innumerable genetic changes but identifying those that are clinically relevant has been challenging. Experimental Design: To address this, we utilized a pooled genetic screening approach, informed by TCGA data, to identify key drivers and modifiers of sarcoma development that were validated in vivo. Results: YAP1 and wildtype KRAS were validated as drivers and transformed human mesenchymal stem cells into two distinct sarcoma subtypes, undifferentiated pleomorphic sarcoma (UPS) and myxofibrosarcoma (MFS), respectively. A subset of tumors driven by CDK4 and PIK3CA reflected leiomyosarcoma (LMS) and osteosarcoma (OS) demonstrating the plasticity of this approach and the potential to investigate sarcoma subtype heterogeneity. All generated tumors histologically reflected human sarcomas and had increased aneuploidy as compared to simple karyotype sarcomas. Comparing differential gene expression of TCGA samples to model data identified increased oxidative phosphorylation signaling in YAP1 tumors. Treatment of a panel of soft tissue sarcomas with a combination of YAP1 and oxidative phosphorylation inhibitors led to significantly decreased viability. Conclusions: Transcriptional co-analysis of TCGA patient samples to YAP1 and KRAS model tumors support that these sarcoma subtypes lie along a spectrum of disease and adds guidance for further transcriptome-based refinement of sarcoma subtyping. This approach can be used to begin to understand pathways and mechanisms driving human sarcoma development, the relationship between sarcoma subtypes and to identify and validate new therapeutic vulnerabilities for this aggressive and heterogeneous disease.

High-grade complex karyotype soft tissue sarcomas (STS) are a heterogeneous and aggressive set of cancers that share a common treatment strategy. Disease progression and failure to respond to anthracycline based chemotherapy, standard first-line treatment, is associated with poor patient outcomes. To address this, we investigated the contribution of STS cancer stem cells (STS-CSCs) to doxorubicin resistance. We identified a positive correlation between CSC abundance and doxorubicin IC

Abstract High-grade complex karyotype sarcomas are a heterogeneous group of more than seventy tumors that vary in histology, clinical course, and patient demographics. Despite these clear differences, these high-grade sarcomas are treated similarly with a uniformly high metastatic rate. Pre-clinical models that allow for rigorous comparisons of distinct human sarcoma subtypes would advance insights into the relationships between sarcomas and inform therapeutic decisions. We describe the robust transformation of human mesenchymal stem cells into multiple subtypes of high-grade sarcoma. Using a pooled genetic screening approach, we identified key drivers and potential modifiers of transformation. YAP1 and KRAS were validated as drivers of two distinct sarcoma subtypes, undifferentiated pleomorphic sarcoma (UPS) and myxofibrosarcoma (MFS), respectively. In addition, the pathology of tumors driven by CDK4 and PIK3CA reflected leiomyosarcoma (LMS) and osteosarcoma (OS) indicating that further iterations of this model could result in additional sarcoma subtypes. Histologically and phenotypically these tumors reflect human sarcomas including the pathognomonic complex karyotype. In addition, CDK4 and PIK3CA driven tumors demonstrated endogenous YAP1 amplification which is seen across a subset of human tumors. While all tumors overlapped transcriptionally with the TCGA sarcoma data, further analysis confirmed that YAP1 and KRAS tumors recapitulate the UPS and MFS subtypes. Co-analysis of TCGA and model tumors support that these sarcoma subtypes lie along a spectrum of disease and adds guidance for further transcriptome-based refinement of sarcoma subtyping. Within complex karyotype sarcomas, there are multiple genetic changes but identifying those that are clinically relevant has been challenging. Comparing differentially expressed genes in YAP1 and KRAS tumors to human UPS and MFS identified the enrichment of oxidative phosphorylation pathways in both YAP1 tumors and UPS. Treatment of a panel of sarcoma cell lines with the combination of an oxidative phosphorylation inhibitor and Hippo pathway inhibitor led to a significant impairment in growth identifying new therapeutic targets. A subset of human UPS tumors showed an even greater enrichment in these pathways indicating this model can be used to identify clinically relevant subtypes. This model can be used to begin to understand pathways and mechanisms driving human sarcoma development, the relationship between sarcoma subtypes and to identify and test new therapeutic vulnerabilities for this aggressive and heterogeneous disease. Statement of Significance We have created the first model to study the development, growth, and metastasis of multiple human sarcoma subtypes. This system can be used as a platform to investigate sarcoma biology and identify new therapeutic targets across a heterogeneous disease.