SF
Scott Floyd
Author with expertise in Targeted Protein Degradation in Biomedical Research
Achievements
Cited Author
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
10
(80% Open Access)
Cited by:
1,584
h-index:
24
/
i10-index:
39
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Generation of high curvature membranes mediated by direct endophilin bilayer interactions

Khashayar Farsad et al.Oct 15, 2001
Endophilin 1 is a presynaptically enriched protein which binds the GTPase dynamin and the polyphosphoinositide phosphatase synptojanin. Perturbation of endophilin function in cell-free systems and in a living synapse has implicated endophilin in endocytic vesicle budding (Ringstad, N., H. Gad, P. Low, G. Di Paolo, L. Brodin, O. Shupliakov, and P. De Camilli. 1999. Neuron. 24:143–154; Schmidt, A., M. Wolde, C. Thiele, W. Fest, H. Kratzin, A.V. Podtelejnikov, W. Witke, W.B. Huttner, and H.D. Soling. 1999. Nature. 401:133–141; Gad, H., N. Ringstad, P. Low, O. Kjaerulff, J. Gustafsson, M. Wenk, G. Di Paolo, Y. Nemoto, J. Crun, M.H. Ellisman, et al. 2000. Neuron. 27:301–312). Here, we show that purified endophilin can directly bind and evaginate lipid bilayers into narrow tubules similar in diameter to the neck of a clathrin-coated bud, providing new insight into the mechanisms through which endophilin may participate in membrane deformation and vesicle budding. This property of endophilin is independent of its putative lysophosphatydic acid acyl transferase activity, is mediated by its NH2-terminal region, and requires an amino acid stretch homologous to a corresponding region in amphiphysin, a protein previously shown to have similar effects on lipid bilayers (Takei, K., V.I. Slepnev, V. Haucke, and P. De Camilli. 1999. Nat. Cell Biol. 1:33–39). Endophilin cooligomerizes with dynamin rings on lipid tubules and inhibits dynamin's GTP-dependent vesiculating activity. Endophilin B, a protein with homology to endophilin 1, partially localizes to the Golgi complex and also deforms lipid bilayers into tubules, underscoring a potential role of endophilin family members in diverse tubulovesicular membrane-trafficking events in the cell.
0

Protein CoAlation on TXNRD2 regulates mitochondrial thioredoxin system to protect against ferroptosis

Chao‐Chieh Lin et al.May 18, 2024
Abstract The Cystine-xCT transporter-Glutathione (GSH)-GPX4 axis is the canonical pathway to protect against ferroptosis. While not required for ferroptosis-inducing compounds (FINs) targeting GPX4, FINs targeting the xCT transporter require mitochondria and its lipid peroxidation to trigger ferroptosis. However, the mechanism underlying the difference between these FINs is still unknown. Given that cysteine is also required for coenzyme A (CoA) biosynthesis, here we show that CoA supplementation specifically prevents ferroptosis induced by xCT inhibitors but not GPX4 inhibitors. We find that, auranofin, a thioredoxin reductase inhibitor, abolishes the protective effect of CoA. We also find that CoA availability determines the enzymatic activity of thioredoxin reductase, but not thioredoxin. Importantly, the mitochondrial thioredoxin system, but not the cytosolic thioredoxin system, determines CoA-mediated ferroptosis inhibition. Our data show that the CoA regulates the in vitro enzymatic activity of mitochondrial thioredoxin reductase (TXNRD2) by covalently modifying the thiol group of cysteine (CoAlation) on Cys-483. Replacing Cys-483 with alanine on TXNRD2 abolishes its in vitro enzymatic activity and ability to protect cells from ferroptosis. Targeting xCT to limit cysteine import and, therefore, CoA biosynthesis reduced CoAlation on TXNRD2, an effect that was rescued by CoA supplementation. Furthermore, the fibroblasts from patients with disrupted CoA metabolism demonstrate increased mitochondrial lipid peroxidation. In organotypic brain slice cultures, inhibition of CoA biosynthesis leads to an oxidized thioredoxin system, mitochondrial lipid peroxidation, and loss in cell viability, which were all rescued by ferrostatin-1. These findings identify CoA-mediated post-translation modification to regulate the thioredoxin system as an alternative ferroptosis protection pathway with potential clinical relevance for patients with disrupted CoA metabolism.
0

MMOD-05 THE IMPACT OF EGFR VARIANTS ON INTRACRANIAL PROGRESSION FREE SURVIVAL AND OVERALL SURVIVAL IN NSCLC PATIENTS WITH BRAIN METASTASES UNDERGOING STEREOTACTIC RADIOSURGERY

Danielle Burner et al.Aug 1, 2024
Abstract Outcomes for patients with brain metastases (BM) from targetable epidermal growth factor receptor (EGFR) mutated non-small cell lung cancer (NSCLC) have been improved with tyrosine kinase inhibitors (TKIs). However, outcomes following stereotactic radiosurgery (SRS) for NSCLC BM patients with other pathogenic EGFR mutations and variants remain uncertain. We sought to characterize outcomes for NSCLC BM patients with pathogenic variants (PV) or variants of uncertain significance (VUS) in EGFR following SRS. We retrospectively identified 600 NSCLC BM patients who underwent an initial course of SRS during 2015- 2020. Demographic, clinical, genomic, and treatment characteristics were recorded. Intracranial progression-free survival (ICP-FS) and overall survival (OS) were estimated via the Kaplan Meier method. Median follow up was 9.6 months. 155 (25.8%) patients had actionable mutations, including in EGFR (112). Of those with EGFR mutations, next-generation sequencing (NGS) data was available for 65 patients. In patients with targetable EGFR mutations, 39 received pre-SRS and 69 received post-SRS treatment with a TKI, typically with a 1st/2nd generation TKI. Most patients (n=12/13) with EGFR VUS received (chemo)immunotherapy. OS was significantly better for patients with any EGFR mutation/variant compared to patients without a detected variant (median 21.1 mos vs 8.1 mos, p&lt;0.0001), however, there was no difference in ICP-FS. Patients with EGFR VUS had improved OS and ICP-FS compared to EGFR PVs (median 56.3 mos vs 19 mos, p=0.022) and (median 53.1 mos vs 7.7 mos, p=0.041), respectively. While patients with EGFR mutation/variants demonstrated improvement in OS, ICP-FS was likely limited by use of early generation TKIs with SRS. Notably, there was compelling improvement in OS and ICP-FS associated with EGFR VUS, which is hypothesis generating and requires a larger cohort for further examination.
0

BRD4 Prevents R-Loop Formation and Transcription-Replication Conflicts by Ensuring Efficient Transcription Elongation

D Edwards et al.Nov 26, 2019
Effective spatio-temporal control of transcription and replication during S-phase is paramount to maintaining genomic integrity and cell survival. Dysregulation of these systems can lead to conflicts between the transcription and replication machinery causing DNA damage and cell death. BRD4, a BET bromodomain protein and known transcriptional regulator, interacts with P-TEFb to ensure efficient transcriptional elongation by stimulating phosphorylation of RNA Polymerase II (RNAPII). Here we report that disruption of BET bromodomain protein function causes RNAPII pausing on the chromatin and DNA damage affecting cells in S-phase. We find that this persistent, RNAPII-dependent pausing leads to accumulation of RNA:DNA hybrids (R-loops), which are known to lead to transcription-replication conflicts (TRCs), DNA damage, and cell death. Furthermore, we show that resolution of R-loops abrogates BET bromodomain inhibitor-induced DNA damage, and that BET bromodomain inhibition induces both R-loops and DNA damage at sites of BRD4 occupancy. Finally, we see that the BRD4 C-terminal domain, which interacts with P-TEFb, is required to prevent R-loop formation and DNA damage caused by BET bromodomain inhibition and that oncogenes which promote transcription and replication exacerbate BET bromodomain inhibitor-induced DNA damage. Together, these findings demonstrate that BET bromodomain inhibitors can damage DNA via induction of R-loops and TRCs in highly replicative cells.### Competing Interest StatementThe authors have declared no competing interest.