NF
Nancy Finkel
Author with expertise in Mass Spectrometry Techniques with Proteins
Achievements
Open Access Advocate
Cited Author
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
4
(75% Open Access)
Cited by:
497
h-index:
6
/
i10-index:
6
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Tombusvirus p19 captures RNase III-cleaved double-stranded RNAs formed by overlapping sense and antisense transcripts in E. coli

Linfeng Huang et al.Jan 4, 2019
Antisense transcription is widespread in bacteria. By base pairing with overlapping sense RNAs, antisense RNAs (asRNA) can form long double-stranded RNAs (dsRNA), which are cleaved by RNase III, a dsRNA endoribonuclease. Ectopic expression of plant tombusvirus p19 in E. coli stabilizes ~21 bp dsRNA RNase III decay intermediates, which enabled us to characterize otherwise highly unstable asRNA by deep sequencing of p19-captured dsRNA and total RNA. dsRNA formed at most bacterial genes in the bacterial chromosome and in a plasmid. The most abundant dsRNA clusters were mostly formed by divergent transcription of sense and antisense transcripts overlapping at their 5'-ends. The most abundant clusters included small RNAs, such as ryeA/ryeB, 4 toxin-antitoxin genes, and 3 tRNAs, and some longer coding genes, including rsd and cspD. The sense and antisense transcripts in abundant dsRNA clusters were more plentiful and had longer half-lives in RNase III mutant strains, suggesting that formation of dsRNAs promoted RNA decay at these loci. However, widespread changes in protein levels did not occur in RNase III mutant bacteria. Nonetheless, some proteins involved in antioxidant responses and glycolysis changed reproducibly. dsRNAs accumulated in bacterial cells lacking RNase III, increasing in stationary phase, and correlated with increased cell death in RNase III mutant bacteria in late stationary phase. The physiological importance of widespread antisense transcription in bacteria remains unclear but it may become important during environmental stress. Ectopic expression of p19 is a sensitive method for identifying antisense transcripts and RNase III cleavage sites in bacteria.
0

Serum proteomics reveal APOE-ε4-dependent and APOE-ε4-independent protein signatures in Alzheimer’s disease

Elisabet Frick et al.Aug 21, 2024
A deeper understanding of the molecular processes underlying late-onset Alzheimer's disease (LOAD) could aid in biomarker and drug target discovery. Using high-throughput serum proteomics in the prospective population-based Age, Gene/Environment Susceptibility–Reykjavik Study (AGES) cohort of 5,127 older Icelandic adults (mean age, 76.6 ± 5.6 years), we identified 303 proteins associated with incident LOAD over a median follow-up of 12.8 years. Over 40% of these proteins were associated with LOAD independently of APOE-ε4 carrier status, were implicated in neuronal processes and overlapped with LOAD protein signatures in brain and cerebrospinal fluid. We identified 17 proteins whose associations with LOAD were strongly dependent on APOE-ε4 carrier status, with mostly consistent associations in cerebrospinal fluid. Remarkably, four of these proteins (TBCA, ARL2, S100A13 and IRF6) were downregulated by APOE-ε4 yet upregulated due to LOAD, a finding replicated in external cohorts and possibly reflecting a response to disease onset. These findings highlight dysregulated pathways at the preclinical stages of LOAD, including those both independent of and dependent on APOE-ε4 status. Using high-throughput proteomics in a prospective population-based study of older adults, Frick et al. identified over 300 proteins linked to incident late-onset Alzheimer's disease, including associations dependent on or independent of APOE-ε4 status.
0

Biomarker Identification by Proteomic Analysis of Vitreous Humor and Plasma in Diabetic Retinopathy

Qian Huang et al.May 21, 2024
Abstract Importance Identify detectable plasma and/or vitreous signals to potentially predict diabetic retinopathy (DR) progression for earlier disease intervention. Objective To determine the mediators and potential disease progression biomarkers of DR in vitreous humor (VH) and plasma samples using the SomaScan proteome profiling platform. Design Differential expression analysis was conducted on VH and plasma samples using the SomaScan Assay. Setting A non-interventional study conducted to collect and analyze VH and plasma samples from patients with diabetic retinopathy. Participants Samples from DR (60 nonproliferative diabetic retinopathy/NPDR, 60 proliferative diabetic retinopathy/PDR) and 60 control patients were collected. Main outcomes and Measures Differentially expressed proteins between disease and control groups were identified. Pathway enrichment analysis was conducted to identify significantly perturbed pathways in DR. Finally, a random forest model was used to identify predictive biomarkers of disease progression. Results SomaScan v3 is a pooled aptamer hybridization assay using 5080 SOMAmers to probe over 4100 proteoforms in VH and plasma samples from 3 groups (control, NPDR, and PDR). The most profound protein content change was observed in the VH samples of PDR patients, while minimal changes were measured in plasma samples, highlighting the regionality of PDR pathogenesis. Many key molecules and molecular pathways such as VEGF-A, erythropoietin, and inflammation-associated proteins implicated in DR were significantly affected in the VH of PDR patients. In addition to the classic pathways (hypoxia, immune response, mTORC1 signaling) known to be involved in PDR, novel signaling pathways, including HEME metabolism and adipogenesis, were identified in VH samples. Application of a machine learning algorithm identified a panel of plasma PDR predictive biomarkers and revealed SCARA5 as the top one based on the largest average Gini decrease in the model. Conclusion Our study identified profound alteration of protein expression and molecular pathways in the VH of PDR patients, supporting the key role of local pathogenic changes in DR progression compared to systemic factors. Although the systemic changes related to DR were small, a few disease progression predictive candidate biomarkers (SCARA5, PTK7, FAM3Band FAM3D) were identified, prompting further investigation. Key Points Question: Are plasma/ vitreous humor (VH) proteins predictive of diabetic retinopathy (DR) progression? Findings: This study identifies substantial protein changes in the VH of proliferative diabetic retinopathy (PDR) patients, while early nonproliferative DR (NPDR) patients show minimal change. We identify multiple proteins linked to angiogenesis, inflammation, immune cells (microglia/macrophage/neutrophil), and leukostasis associated with PDR and reveal a potential plasma panel of disease progression (from NPDR to PDR) biomarkers ( SCARA5, PTK7, FAM3B, FAM3D ). Meaning: Identified disease progression predictive biomarkers permits potential development of prognostic tools to identify individuals most at risk for PDR progression and offering reduced disease burden by earlier intervention.