Farming was first introduced to Europe in the mid-seventh millennium bc, and was associated with migrants from Anatolia who settled in the southeast before spreading throughout Europe. Here, to understand the dynamics of this process, we analysed genome-wide ancient DNA data from 225 individuals who lived in southeastern Europe and surrounding regions between 12000 and 500 bc. We document a west–east cline of ancestry in indigenous hunter-gatherers and, in eastern Europe, the early stages in the formation of Bronze Age steppe ancestry. We show that the first farmers of northern and western Europe dispersed through southeastern Europe with limited hunter-gatherer admixture, but that some early groups in the southeast mixed extensively with hunter-gatherers without the sex-biased admixture that prevailed later in the north and west. We also show that southeastern Europe continued to be a nexus between east and west after the arrival of farmers, with intermittent genetic contact with steppe populations occurring up to 2,000 years earlier than the migrations from the steppe that ultimately replaced much of the population of northern Europe. Genome-wide ancient DNA data from 225 individuals who lived in southeastern Europe between 12000 and 500 bc reveals that the region acted as a genetic crossroads before and after the arrival of farming. The early spread of farmers across Europe has previously been thought to be part of a single migration event. David Reich and colleagues analyse genome-wide data from 225 individuals who lived in southeastern Europe and the surrounding regions between 12000 and 500 BC. They analyse this in combination with previous genomic datasets to characterize genetic structure and update existing models of the spread of farming into and across Europe. They find that southeastern Europe served as a contact zone between east and west, with interactions between diverged groups of hunter-gatherers starting before the arrival of farming. The authors also find evidence for male-biased admixture between hunter-gatherers and farmers in central Europe during the Middle Neolithic. Elsewhere in this issue, David Reich and colleagues report genomic insights into the Beaker culture—characterized by the use of a distinctive pottery style during the end of the Neolithic—based on genome-wide data from 400 Neolithic, Copper Age and Bronze Age Europeans, from 136 different archaeological sites, and including 226 Beaker-associated individuals.

New radiocarbon dates from the sites of Bockstein-Törle, Geissenklösterle, Hohle Fels, Hohlenstein-Stadel, Sirgenstein, and Vogelherd in the Swabian Jura of southwestern Germany indicate that the Aurignacian of the region spans the period from ca. 40-30ka BP. If the situation at Vogelherd, in which skeletal remains from modern humans underlie an entire Aurignacian sequence, is viewed as representative for the region, the dates from the Swabian Jura support the hypothesis that populations of modern humans entered the region by way of the "Danube Corridor." The lithic technology from the lower Aurignacian of Geissenklösterle III is fully developed, and classic Aurignacian forms are well represented. During the course of the Aurignacian, numerous assemblages rich in art works, jewelry, and musical instruments are documented. By no later than 29ka BP the Gravettian was well established in the region. These dates are consistent with the "Kulturpumpe" hypothesis that important cultural innovations of the Aurignacian and Gravettian in Swabia predate similar developments in other regions of Europe. The radiocarbon dates from Geissenklösterle corroborate observations from other non-archaeological data sets indicating large global fluctuations in the atmospheric concentrations of radiocarbon between 30 and 50ka calendar years ago. These fluctuations lead to complications in building reliable chronologies during this period and cause the "Middle Paleolithic Dating Anomaly" and the "Coexistence Effect," which tend to exaggerate the temporal overlap between Neanderthals and modern humans.

Abstract Farming was first introduced to southeastern Europe in the mid-7 th millennium BCE – brought by migrants from Anatolia who settled in the region before spreading throughout Europe. To clarify the dynamics of the interaction between the first farmers and indigenous hunter-gatherers where they first met, we analyze genome-wide ancient DNA data from 223 individuals who lived in southeastern Europe and surrounding regions between 12,000 and 500 BCE. We document previously uncharacterized genetic structure, showing a West-East cline of ancestry in hunter-gatherers, and show that some Aegean farmers had ancestry from a different lineage than the northwestern Anatolian lineage that formed the overwhelming ancestry of other European farmers. We show that the first farmers of northern and western Europe passed through southeastern Europe with limited admixture with local hunter-gatherers, but that some groups mixed extensively, with relatively sex-balanced admixture compared to the male-biased hunter-gatherer admixture that prevailed later in the North and West. Southeastern Europe continued to be a nexus between East and West after farming arrived, with intermittent genetic contact from the Steppe up to 2,000 years before the migration that replaced much of northern Europe’s population.