General cognitive function is a prominent human trait associated with many important life outcomes 1,2 , including longevity 3 . The substantial heritability of general cognitive function is known to be polygenic, but it has had little explication in terms of the contributing genetic variants 4,5,6 . Here, we combined cognitive and genetic data from the CHARGE and COGENT consortia, and UK Biobank (total N=280,360; age range = 16 to 102). We found 9,714 genome-wide significant SNPs ( P <5 x 10 −8 ) in 99 independent loci. Most showed clear evidence of functional importance. Among many novel genes associated with general cognitive function were SGCZ , ATXN1 , MAPT , AUTS2 , and P2RY6 . Within the novel genetic loci were variants associated with neurodegenerative disorders, neurodevelopmental disorders, physical and psychiatric illnesses, brain structure, and BMI. Gene-based analyses found 536 genes significantly associated with general cognitive function; many were highly expressed in the brain, and associated with neurogenesis and dendrite gene sets. Genetic association results predicted up to 4% of general cognitive function variance in independent samples. There was significant genetic overlap between general cognitive function and information processing speed, as well as many health variables including longevity.

Abstract INTRODUCTION Predicting risk for Alzheimer’s disease when most people are likely still biomarker negative would aid earlier identification. We hypothesized that combining multiple memory tests and scores in middle-aged adults would provide useful, and non-invasive, prediction of 6-year progression to MCI. METHODS We examined 849 men who were cognitively normal at baseline (mean age=55.69±2.45). RESULTS California Verbal Learning Test learning trials was the best individual predictor of amnestic MCI (OR=4.75). A latent factor incorporating 7 measures across 3 memory tests provided much stronger prediction (OR=9.88). This compared favorably with biomarker-based prediction in a study of much older adults. DISCUSSION Neuropsychological tests are sensitive and early indicators of Alzheimer’s disease risk at an age when few individuals are likely to have yet become biomarker positive. Single best measures may appear time- and cost-effective, but 30 additional minutes of testing, and use of multiple scores within tests, provides substantially improved prediction

ABSTRACT Genome-wide association studies (GWASs) of the Alcohol Use Disorder Identification Test (AUDIT), a ten-item screener for alcohol use disorder (AUD), have elucidated novel loci for alcohol consumption and misuse. However, these studies also revealed that GWASs can be influenced by numerous biases (e.g., measurement error, selection bias), which have led to inconsistent genetic correlations between alcohol involvement and AUD, as well as paradoxically negative genetic correlations between alcohol involvement and psychiatric disorders/medical conditions. To explore these unexpected differences in genetic correlations, we conducted the first item-level and largest GWAS of AUDIT items (N=160,824), and applied a multivariate framework to mitigate previous biases. In doing so, we identified novel patterns of similarity (and dissimilarity) among the AUDIT items, and found evidence of a correlated two-factor structure at the genetic level (Consumption and Problems, rg=.80). Moreover, by applying empirically-derived weights to each of the AUDIT items, we constructed an aggregate measure of alcohol consumption that is strongly associated with alcohol dependence (rg=.67) and several other psychiatric disorders, and no longer positively associated with health and positive socioeconomic outcomes. Lastly, by performing polygenic analyses in three independent cohorts that differed in their ascertainment and prevalence of AUD, we identified novel genetic associations between alcohol consumption, alcohol misuse, and human health. Our work further emphasizes the value of AUDIT for both clinical and genetic studies of AUD, and the importance of using multivariate methods to study genetic associations that are more closely related to AUD.

ABSTRACT Genetic contributions to human cortical structure manifest pervasive pleiotropy. This pleiotropy may be harnessed to identify unique genetically-informed parcellations of the cortex that are neurobiologically distinct from anatomical, functional, cytoarchitectural, or other cortical parcellation schemes. We investigated genetic pleiotropy by applying genomic structural equation modeling (SEM) to model the genetic architecture of cortical surface area (SA) and cortical thickness (CT) of 34 brain regions recently reported in the ENIGMA cortical GWAS. Genomic SEM uses the empirical genetic covariance estimated from GWAS summary statistics with LD score regression (LDSC) to discover factors underlying genetic covariance. Genomic SEM can fit a multivariate GWAS from summary statistics, which can subsequently be used for LD score regression (LDSC). We found the best-fitting model of cortical SA was explained by 6 latent factors and CT was explained by 4 latent factors. The multivariate GWAS of these latent factors identified 74 genome-wide significant (GWS) loci (p<5×10 −8 ), including many previously implicated in neuroimaging phenotypes, behavioral traits, and psychiatric conditions. LDSC of latent factor GWAS results found that SA-derived factors had a positive genetic correlation with bipolar disorder (BPD), and major depressive disorder (MDD), and a negative genetic correlation with attention deficit hyperactivity disorder (ADHD), MDD, and insomnia, while CT factors displayed a negative genetic correlation with alcohol dependence. Jointly modeling the genetic architecture of complex traits and investigating multivariate genetic links across phenotypes offers a new vantage point for mapping genetically informed cortical networks. HIGHLIGHTS Genomic SEM can examine genetic correlation across cortical regions. We inferred regional genetic networks of cortical thickness and surface area. Network-associated variants have been implicated in multiple traits. These networks are genetically correlated with several psychiatric disorders including MDD, bipolar, ADHD, and alcohol dependence.

While timing and rhythm-related phenotypes are heritable, the human genome variations underlying these traits are not yet well-understood. We conducted a genome-wide association study to identify common genetic variants associated with a self-reported musical rhythm phenotype in 606,825 individuals. Rhythm exhibited a highly polygenic architecture with sixty-eight loci reaching genome-wide significance (p<5x10-8) and SNP-based heritability of 13%-16%. Polygenic scores for rhythm predicted the presence of musician-related keywords in the BioVU electronic health record biobank. Genetic associations with rhythm were enriched for genes expressed in brain tissues. Genetic correlation analyses revealed shared genetic architecture with several traits relevant to cognition, emotion, health, and circadian rhythms, paving the way to a better understanding of the neurobiological pathways of musicality.

BACKGROUND: Alzheimer's disease (AD) is under considerable genetic influence. However, known susceptibility loci only explain a modest proportion of variance in disease outcomes. This small proportion could occur if the etiology of AD is heterogeneous. We previously found that an AD polygenic risk score (PRS) was significantly associated with mild cognitive impairment (MCI), an early stage of AD. Poor cardiovascular health is also associated with increased risk for AD and has been found to interact with AD pathology. Conditions such as coronary artery disease (CAD) are also heritable, and may contribute to heterogeneity if there are interactions of genetic risk for these conditions as there is phenotypically. However, case-control designs based on prevalent cases of a disease with relatively high case-fatality rate such as CAD may be biased toward individuals who have long post-event survival times and may therefore also identify loci with protective effects. METHODS: We compared interactions between an AD-PRS and two CAD-PRSs, one based on a GWAS of incident cases and one on prevalent cases, on MCI status in 1,209 individuals. RESULTS: As expected, the incidence-based CAD-PRS interacts with the AD-PRS to further increase MCI risk. Conversely, higher prevalence-based CAD-PRSs reduced the effect of AD genetic risk on MCI status. CONCLUSIONS: These results demonstrate: i) the utility of including multiple PRSs and their interaction effects; ii) how genetic risk for one disease may modify the impact of genetic risk for another; and iii) the importance of considering ascertainment procedures of GWAS being used for genetic risk prediction.

Objective Test the hypothesis that individual differences in episodic memory and verbal fluency in cognitively normal middle-aged adults will predict progression to amnestic MCI after 6 years.Method The analysis sample included 842 male twins who were cognitively normal at baseline (M=56 years), completed measures of episodic memory and verbal fluency at baseline and again 6 years later (M=62 years).Results Poor episodic memory predicted progression to both amnestic MCI (OR=4.42, 95% CI [2.44, 10.60]) and non-amnestic MCI (OR=1.92, 95% CI [1.32, 3.44]). Poor semantic verbal fluency also independently predicted progression to amnestic MCI (OR=1.86, 95% CI [1.12, 3.52]). In the full sample, a semantic-specific fluency latent variable at wave 1 (which controls for letter fluency) predicted change in episodic memory at wave 2 ( β =.13), but not vice-versa ( β =.04). Associations between episodic memory and verbal fluency factors were primarily explained by genetic, rather than environmental, correlations.Conclusions Among individuals who were cognitively normal at wave 1, episodic memory moderately-to-strongly predicted progression to MCI at average age 62, emphasizing the fact that there is still meaningful variability even among cognitively normal individuals. Episodic memory, which is typically a primary focus for AD risk, declined earlier and more quickly than fluency. However, semantic fluency at average age 56 predicted 6-year change in memory as well as progression to amnestic MCI even after accounting for baseline memory performance. These findings emphasize the utility of memory and fluency measures in early identification of AD risk.

Background Stage 1 of the NIA-AA’s proposed Alzheimer’s disease (AD) continuum is defined as β-amyloid (Aβ) positive but cognitively normal. Identifying at-risk individuals before Aβ reaches pathological levels could have great benefits for early intervention. Although Aβ levels become abnormal long before severe cognitive impairments appear, increasing evidence suggests subtle cognitive changes may begin early, potentially before Aβ surpasses the threshold for abnormality. We examined whether baseline cognitive performance would predict progression from normal to abnormal levels of Aβ.Methods We examined the association of baseline cognitive composites (Preclinical Alzheimer Cognitive Composite [PACC]; ADNI memory factor score [ADNI_MEM]) with progression to Aβ-positivity in 292 non-demented, Aβ-negative Alzheimer’s Disease Neuroimaging Initiative (ADNI) participants. Additional analyses included continuous CSF biomarker levels to examine the effects of subthreshold pathology.Results Forty participants progressed to Aβ-positivity during follow-up. Poorer baseline performance on both cognitive measures was significantly associated with increased odds of progression. More abnormal levels of baseline CSF p-tau and subthreshold Aβ were associated with increased odds of progression to Aβ-positivity. Nevertheless, baseline ADNI\_MEM performance predicted progression even after controlling for baseline biomarker levels and APOE genotype (PACC was trend level). Survival analyses were largely consistent: controlling for baseline biomarker levels, baseline PACC still significantly predicted progression time to Aβ-positivity (ADNI\_MEM was trend level).Conclusions The possibility of intervening before Aβ reaches pathological levels is of obvious benefit. Low cost, non-invasive cognitive measures can be informative for determining who is likely to progress to Aβ-positivity, even after accounting for baseline subthreshold biomarker levels.

Pathological changes in Alzheimer's disease (AD) begin decades before dementia onset. Because locus coeruleus tau pathology is the earliest occurring AD pathology, targeting indicators of locus coeruleus (dys)function may improve midlife screening for earlier identification of AD risk. Pupillary responses during cognitive tasks are driven by the locus coeruleus and index cognitive effort. Several findings suggest task-associated pupillary response as an early marker of AD risk. Requiring greater effort suggests being closer to one's compensatory capacity, and adults with mild cognitive impairment (MCI) have greater pupil dilation during digit span tasks than cognitively normal individuals, despite equivalent task performance. Higher AD polygenic risk scores (AD-PRSs) are associated with increased odds of MCI and tau positivity. We hypothesized that AD-PRSs would be associated with pupillary responses in cognitively normal middle-aged adults. We demonstrated that pupillary responses during digit span tasks were heritable (h2=.30-.36) in 1119 men ages 56-66. We then examined associations between AD-PRSs and pupillary responses in a cognitively normal subset who all had comparable span capacities (n=539). Higher AD-PRSs were associated with greater pupil dilation/effort in a high (9-digit recall) cognitive load condition; Cohen's d=.36 for the upper versus lower quartile of the AD-PRS distribution. Results held up after controlling for APOE genotype. The results support pupillary response -- and by inference, locus coeruleus dysfunction -- as a genetically-mediated biomarker of early MCI/AD risk. In some studies, cognition predicted disease progression earlier than biomarkers. Pupillary responses might improve screening and early identification of genetically at-risk individuals even before cognitive performance declines.