NY
Na Yu
Author with expertise in Genomic Insights into Social Insects and Symbiosis
Achievements
Cited Author
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
9
(33% Open Access)
Cited by:
605
h-index:
32
/
i10-index:
66
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

The genomes of two key bumblebee species with primitive eusocial organization

Ben Sadd et al.Apr 13, 2015
The shift from solitary to social behavior is one of the major evolutionary transitions. Primitively eusocial bumblebees are uniquely placed to illuminate the evolution of highly eusocial insect societies. Bumblebees are also invaluable natural and agricultural pollinators, and there is widespread concern over recent population declines in some species. High-quality genomic data will inform key aspects of bumblebee biology, including susceptibility to implicated population viability threats.We report the high quality draft genome sequences of Bombus terrestris and Bombus impatiens, two ecologically dominant bumblebees and widely utilized study species. Comparing these new genomes to those of the highly eusocial honeybee Apis mellifera and other Hymenoptera, we identify deeply conserved similarities, as well as novelties key to the biology of these organisms. Some honeybee genome features thought to underpin advanced eusociality are also present in bumblebees, indicating an earlier evolution in the bee lineage. Xenobiotic detoxification and immune genes are similarly depauperate in bumblebees and honeybees, and multiple categories of genes linked to social organization, including development and behavior, show high conservation. Key differences identified include a bias in bumblebee chemoreception towards gustation from olfaction, and striking differences in microRNAs, potentially responsible for gene regulation underlying social and other traits.These two bumblebee genomes provide a foundation for post-genomic research on these key pollinators and insect societies. Overall, gene repertoires suggest that the route to advanced eusociality in bees was mediated by many small changes in many genes and processes, and not by notable expansion or depauperation.
0
Citation367
0
Save
0

Multi-omics reveals the role of MCM2 and hnRNP K phosphorylation in mouse renal aging through genomic instability

Rong Yan et al.Jun 4, 2024
The process of aging is characterized by structural degeneration and functional decline, as well as diminished adaptability and resistance. The aging kidney exhibits a variety of structural and functional impairments. In aging mice, thinning and graying of fur were observed, along with a significant increase in kidney indices compared to younger groups. Biochemical indicators revealed elevated levels of creatinine, urea nitrogen and serum uric acid, suggesting impaired kidney function. Histological analysis unveiled glomerular enlargement and sclerosis, severe hyaline degeneration, capillary occlusion, lymphocyte infiltration, tubular and glomerular fibrosis, and increased collagen deposition. Observations under electron microscopy showed thickened basement membranes, altered foot processes, and increased mesangium and mesangial matrix. Molecular marker analysis indicated upregulation of aging-related β-galactosidase, p16-INK4A, and the DNA damage marker γH2AX in the kidneys of aged mice. In metabolomics, a total of 62 significantly different metabolites were identified, and 10 pathways were enriched. We propose that citrulline, dopamine, and indoxyl sulfate have the potential to serve as markers of kidney damage related to aging in the future. Phosphoproteomics analysis identified 6,656 phosphosites across 1,555 proteins, annotated to 62 pathways, and indicated increased phosphorylation at the Ser27 site of Minichromosome maintenance complex component 2 (Mcm2) and decreased at the Ser284 site of heterogeneous nuclear ribonucleoprotein K (hnRNP K), with these modifications being confirmed by western blotting. The phosphorylation changes in these molecules may contribute to aging by affecting genomic instability. Eleven common pathways were detected in both omics, including arginine biosynthesis, purine metabolism and biosynthesis of unsaturated fatty acids, etc., which are closely associated with aging and renal insufficiency.
0

A Comparative and Prospective Study of Corneal Consumption and Corneal Biomechanics After SMILE and FS-LASIK Performed on the Contralateral Eyes With High Myopic Astigmatism

Xiangtao Hou et al.Nov 22, 2024
Purpose: The purpose of this study was to compare the actual corneal consumption and subsequent corneal biomechanical changes after small incision lenticule extraction (SMILE) and femtosecond laser-assisted in situ keratomileusis (FS-LASIK) in eyes with high myopic astigmatism. Methods: In this prospective, randomized study on high myopic astigmatic eyes, 74 patients with similar refractive error received SMILE in one eye and FS-LASIK in the contralateral eye were enrolled. The central stromal reduction was calculated by preoperative and postoperative central stromal thickness (CST) measurements by the RTVue optical coherence tomography (OCT). Changes in corneal volume (CV) were evaluated by Pentacam HR. The corneal biomechanical parameters were measured with Corvis ST II. Results: At the 6-month postoperative visit, the mean actual central stromal reduction achieved with SMILE was significantly less than that achieved with FS-LASIK (108.23 ± 16.52 µm vs. 122.66 ± 27.33 µm, P < 0.001). The residual central corneal thickness (CCT), CV 3 mm, CV 5 mm, and stiffness parameter at first applanation (SP-A1) after SMILE were all greater than those of FS-LASIK (all P < 0.05). Moreover, the residual CCT, CV 3 mm, and CV 5 mm were positively correlated with Ambrósio relational thickness through the horizontal meridian (ARTh) and SP-A1, while negatively correlated with the integrated radius (IR) and deformation amplitude (DA) ratio 2.0 mm in both the SMILE and FS-LASIK groups (all P < 0.05). Conclusions: In patients with high myopia astigmatism, SMILE required fewer corneal stromal tissues and thus better corneal biomechanics than FS-LASIK when correcting a similar spherical equivalent refraction. Moreover, SP-A1 may be a more sensitive indicator for evaluating corneal biomechanical changes after refractive surgeries. Translational Relevance: Fewer corneal stromal consumption with SMILE surgery may contribute to better corneal biomechanics in high myopic astigmatic eyes in comparison to FS-LASIK, which could provide reliable evidence for the appropriate choice of refractive surgery for patients with high myopic astigmatism.
0

Genome sequencing and neurotoxin diversity of a wandering spider Pardosa pseudoannulata (pond wolf spider)

Na Yu et al.Aug 29, 2019
Spiders constitute an extensive and diverse branch of the phylum Arthropoda. Whereas the genomes of four web-weaver spider species and a single cave-living spider have been determined, similar studies have not been reported previously for a wandering spider. The pond wolf spider, Pardosa pseudoannulata, is a wandering hunter that immobilizes prey using venom rather than a web. It is also an important predator against a range of agriculturally important insect pests. The increasing interest in its wandering lifestyle and in the potential of spider venom as a tool for pest control have prompted a detailed study on this wandering spider species. We have generated a high-quality genome sequence of P. pseudoannulata and analysed genes associated with the production of silk and venom toxins. Sequencing reveals that P. pseudoannulata has a large genome of 4.26 Gb. The presence of only 16 spidroin genes and four types of silk glands is consistent with the moderate use of silk and the lack of a prey-catching web. A large number of genes encode neurotoxins and there is evidence that the majority are highly selective for invertebrates. Comparison between spider species reveals a correlation between spider neurotoxin selectivity for target organisms and spider prosoma size, suggesting a possible coevolution of these two features. The genome data provides valuable insights into the biology of P. pseudoannulata and its potential role as a natural enemy in pest control.
0

A Nomogram to Improve the Predictability of High Myopic Astigmatism in Small Incision Lenticule Extraction Surgery

Na Yu et al.Jan 1, 2025
Purpose To evaluate a new regression-derived nomogram for high myopic astigmatism in small incision lenticule extraction (SMILE) surgery. Methods In this prospective study, data from 180 eyes with myopic astigmatism ranging from −2.50 to −4.50 diopters (D) at 3 months after SMILE surgery were analyzed to construct the astigmatic nomogram. Linear regression between target induced astigmatism and flattening effect formula was derived as a nomogram to adjust astigmatic treatment. The nomogram was applied to 112 eyes with astigmatism ranging from −2.75 to −4.50 D. Subsequently, 143 eyes (manifest refraction group) with astigmatism greater than 2.50 D from 180 eyes were compared with 112 eyes (astigmatic nomogram group). Uncorrected distance visual acuity (UDVA), corrected distance visual acuity (CDVA), and refractive outcomes at 3 months postoperatively were recorded. Results At 3 months after surgery, there was no difference in postoperative degree of astigmatism or UDVA between the two groups. In the astigmatic nomogram group, 109 (97%) of the eyes were within ±0.50 D compared with 127 (89%) in the manifest refraction group ( P = .010). Target induced astigmatism and surgically induced astigmatism were strongly correlated in both groups. However, the average undercorrection in the manifest refraction group was 8.4% ( R 2 = 0.67), whereas the astigmatic nomogram group displayed 2.7% overcorrection ( R 2 = 0.86). Moreover, interestingly, all eyes in the astigmatic nomogram group had an angle of error within −5° to 5° compared with 137 (95.8%) of the eyes in the manifest refraction group ( P = .028). Conclusions The astigmatic nomogram, based on regression between target induced astigmatism and flattening effect, could enhance the accuracy and predictability of high myopic astigmatism correction in SMILE surgery. [ J Refract Surg . 2025;41(1):e65–e72.]
0

Effects of the anesthetic MS-222 on silver pomfret (Pampus argenteus) juveniles under aquaculture treatment stresses

Na Yu et al.Aug 9, 2018
The silver pomfret (Pampus argenteus) is a major economically important marine fish in China. However, P. argenteus is sensitive to many stress factors and susceptible to injury. This problem could be resolved using anesthesia. We determined the lowest effective dose (LED) of tricaine methanesulfonate (MS-222) and assessed the longest safe deep anesthesia time and effect after aquaculture treatment stresses. P. argenteus juveniles were exposed to six concentrations of MS-222 (10, 25, 50, 75, 100, and 125 mg L-1); LED was established at 75 mg L-1. The juveniles were exposed to different deep anesthesia times (4, 7, 10, 12, and 15 min) at 75 mg L-1; the longest safe deep anesthesia time under LED was 10 min. Finally, the juveniles were randomly divided into four groups: control group (CG), draining group (DG, drain), anesthetic group (AG, drain + MS-222 + aquaculture treatment); and non-anesthetic group (NAG, drain + aquaculture treatment). The AG group showed significant differences in superoxide dismutase, catalase, and malondialdehyde activities, except for glutathione. HSP70, HSP90, GR1, and GR2 mRNA levels in the NAG group increased sharply in response to stressors. GR1 and GR2 mRNA levels in the AG group also increased significantly, whereas HSP70 and HSP90 mRNA levels showed no significant differences. Thus, MS-222 can reduce oxidative damage, stress reaction, and resistance to aquaculture treatment stresses in P. argenteus.