Abstract The rates and patterns of somatic mutation in normal tissues are largely unknown outside of humans 1–7 . Comparative analyses can shed light on the diversity of mutagenesis across species, and on long-standing hypotheses about the evolution of somatic mutation rates and their role in cancer and ageing. Here we performed whole-genome sequencing of 208 intestinal crypts from 56 individuals to study the landscape of somatic mutation across 16 mammalian species. We found that somatic mutagenesis was dominated by seemingly endogenous mutational processes in all species, including 5-methylcytosine deamination and oxidative damage. With some differences, mutational signatures in other species resembled those described in humans 8 , although the relative contribution of each signature varied across species. Notably, the somatic mutation rate per year varied greatly across species and exhibited a strong inverse relationship with species lifespan, with no other life-history trait studied showing a comparable association. Despite widely different life histories among the species we examined—including variation of around 30-fold in lifespan and around 40,000-fold in body mass—the somatic mutation burden at the end of lifespan varied only by a factor of around 3. These data unveil common mutational processes across mammals, and suggest that somatic mutation rates are evolutionarily constrained and may be a contributing factor in ageing.

Abstract The rates and patterns of somatic mutation in normal tissues are largely unknown outside of humans. Comparative analyses can shed light on the diversity of mutagenesis across species and on long-standing hypotheses regarding the evolution of somatic mutation rates and their role in cancer and ageing. Here, we used whole-genome sequencing of 208 intestinal crypts from 56 individuals to study the landscape of somatic mutation across 16 mammalian species. We found somatic mutagenesis to be dominated by seemingly endogenous mutational processes in all species, including 5-methylcytosine deamination and oxidative damage. With some differences, mutational signatures in other species resembled those described in humans, although the relative contribution of each signature varied across species. Remarkably, the somatic mutation rate per year varied greatly across species and exhibited a strong inverse relationship with species lifespan, with no other life-history trait studied displaying a comparable association. Despite widely different life histories among the species surveyed, including ∼30-fold variation in lifespan and ∼40,000-fold variation in body mass, the somatic mutation burden at the end of lifespan varied only by a factor of ∼3. These data unveil common mutational processes across mammals and suggest that somatic mutation rates are evolutionarily constrained and may be a contributing factor in ageing.

Sulawesi crested macaques (Macaca nigra) (SCMs) are critically endangered and frequently suffer from chronic intestinal disease in captivity. Often, despite routine diagnostic investigations and confirmation of intestinal inflammation, an aetiology cannot be identified, leading to a non-specific categorization as chronic enterocolitis rather than an aetiological diagnosis. This study evaluates the histological features of gastrointestinal tissues from 23 SCMs, comparing animals with a clinical history suggestive of chronic enterocolitis (n = 14) with those without gastrointestinal clinical signs (n = 9). Tissues were graded according to the Nancy index (NI), a scoring system used in human medicine to evaluate disease activity in ulcerative colitis, a common form of human inflammatory bowel disease (IBD). Additionally, inflammatory cells in the colonic lamina propria were visually identified by type, counted and subsequently compared between diseased and control animals. Moderate to severe lymphoplasmacytic inflammation and structural changes were most common in the colons of affected SCMs, whereas histopathological changes were absent or mild in all examined small intestine (n = 17) and stomach (n = 11) tissues. The colonic NI had a significant positive correlation with clinical disease severity and 57% (n = 8) of animals with clinical signs had a NI grade of ≥2, consistent with moderate to severe, active IBD. Half of SCMs with recurrent rectal prolapse (n = 6) had a NI grade of 0, suggesting that intestinal inflammation is not always part of this condition's pathogenesis. The numbers of colonic lymphocytes, plasma cells, neutrophils, macrophages and total leucocytes were significantly higher in diseased animals. This study validated the use of the NI in SCMs, enabling a more standardized histopathological evaluation of the colon in this species.

Usutu virus (USUV) is an emerging zoonotic flavivirus in Europe, and the first zoonotic mosquito-borne virus to be confirmed in animal hosts in the United Kingdom (UK). Phylogenetic analysis of USUV in the three years following its initial detection in 2020 indicated that the virus is overwintering in the UK. In 2023, USUV was identified outside Greater London for the first time. Therefore, USUV should now be considered endemic within southeast England. Surveillance of avian hosts and mosquito vectors has been insufficient to elucidate the mechanism by which USUV has persisted through temperate winters. It is likely that mosquitoes play a significant role in facilitating the establishment of USUV in temperate areas, as is the case for related mosquito-borne viruses. Here we undertake enhanced targeted vector surveillance at the index site to investigate the role of mosquitoes in facilitating USUV establishment in the UK. Between 2021 and 2024 inclusive, we detected USUV in host-seeking adult female Culex pipiens s.l. (n = 8/554 pools), a key vector of the virus in Europe. During 2023, enhanced surveillance detected transovarial transmission of USUV in wild Cx. pipiens s.l. (n = 1/202 pools), by screening adults following captive rearing of mosquito larvae collected from the field. This is, to our knowledge, the first description of vertical transmission of USUV in an arthropod vector. Consequently, transovarial transmission should be considered a viable mechanism for the persistence of USUV in temperate areas. Our results highlight the importance of undertaking detailed vector surveillance, across life stages, to inform the epidemiology of vector-borne viruses.