ON
Osamu Nishimura
Author with expertise in RNA Sequencing Data Analysis
Achievements
Cited Author
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
17
(71% Open Access)
Cited by:
4,898
h-index:
57
/
i10-index:
201
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Metastasis suppressor gene KiSS-1 encodes peptide ligand of a G-protein-coupled receptor

Tetsuya Ohtaki et al.May 1, 2001
+18
S
Y
T
0
Citation1,390
0
Save
0

A small-molecule, nonpeptide CCR5 antagonist with highly potent and selective anti-HIV-1 activity

Masanori Baba et al.May 11, 1999
+9
N
O
M
The β-chemokine receptor CCR5 is considered to be an attractive target for inhibition of macrophage-tropic (CCR5-using or R5) HIV-1 replication because individuals having a nonfunctional receptor (a homozygous 32-bp deletion in the CCR5 coding region) are apparently normal but resistant to infection with R5 HIV-1. In this study, we found that TAK-779, a nonpeptide compound with a small molecular weight ( M r 531.13), antagonized the binding of RANTES (regulated on activation, normal T cell expressed and secreted) to CCR5-expressing Chinese hamster ovary cells and blocked CCR5-mediated Ca 2+ signaling at nanomolar concentrations. The inhibition of β-chemokine receptors by TAK-779 appeared to be specific to CCR5 because the compound antagonized CCR2b to a lesser extent but did not affect CCR1, CCR3, or CCR4. Consequently, TAK-779 displayed highly potent and selective inhibition of R5 HIV-1 replication without showing any cytotoxicity to the host cells. The compound inhibited the replication of R5 HIV-1 clinical isolates as well as a laboratory strain at a concentration of 1.6–3.7 nM in peripheral blood mononuclear cells, though it was totally inactive against T-cell line-tropic (CXCR4-using or X4) HIV-1.
0
Citation751
0
Save
0

aLeaves facilitates on-demand exploration of metazoan gene family trees on MAFFT sequence alignment server with enhanced interactivity

Shigehiro Kuraku et al.May 15, 2013
K
O
C
S
We report a new web server, aLeaves (http://aleaves.cdb.riken.jp/), for homologue collection from diverse animal genomes. In molecular comparative studies involving multiple species, orthology identification is the basis on which most subsequent biological analyses rely. It can be achieved most accurately by explicit phylogenetic inference. More and more species are subjected to large-scale sequencing, but the resultant resources are scattered in independent project-based, and multi-species, but separate, web sites. This complicates data access and is becoming a serious barrier to the comprehensiveness of molecular phylogenetic analysis. aLeaves, launched to overcome this difficulty, collects sequences similar to an input query sequence from various data sources. The collected sequences can be passed on to the MAFFT sequence alignment server (http://mafft.cbrc.jp/alignment/server/), which has been significantly improved in interactivity. This update enables to switch between (i) sequence selection using the Archaeopteryx tree viewer, (ii) multiple sequence alignment and (iii) tree inference. This can be performed as a loop until one reaches a sensible data set, which minimizes redundancy for better visibility and handling in phylogenetic inference while covering relevant taxa. The work flow achieved by the seamless link between aLeaves and MAFFT provides a convenient online platform to address various questions in zoology and evolutionary biology.
0
Citation675
0
Save
0

A prolactin-releasing peptide in the brain

Shuji Hinuma et al.May 21, 1998
+12
R
Y
S
0

New neuropeptides containing carboxy-terminal RFamide and their receptor in mammals

Shuji Hinuma et al.Sep 12, 2000
+19
S
Y
S
0
Citation553
0
Save
0

Molecular properties of apelin: tissue distribution and receptor binding

Yuji Kawamata et al.Apr 1, 2001
+8
S
Y
Y
We analyzed the tissue distribution of apelin mRNA in rats by a quantitative reverse transcription-polymerase chain reaction and that of immunoreactive apelin (ir-apelin) by an enzyme immunoassay (EIA) using a monoclonal antibody. The expression levels of apelin mRNA and ir-apelin seemed to be consistent among tissues: they were highly expressed in the lung and mammary gland. By the combination of gel filtration and EIA, we found that the molecular forms of apelin differ among respective tissues: apelin molecules with sizes close to apelin-36 (long forms) were major components in the lung, testis, and uterus, but both long and short (whose sizes were close to [
0

Molecular and Functional Characteristics of APJ

Masaki Hosoya et al.Jul 1, 2000
+9
H
T
M
We have recently identified apelin as the endogenous ligand for human APJ. In rats, the highest expression of APJ mRNA was detected in the lung, suggesting that APJ and its ligand play an important role in the pulmonary system. When apelin-36 and its pyroglutamylated C-terminal peptide, [
1

Inference of a genome-wide protein-coding gene set of the inshore hagfish Eptatretus burgeri

Kazuaki Yamaguchi et al.Jul 26, 2020
+4
K
Y
K
Abstract The group of hagfishes (Myxiniformes) arose from agnathan (jawless vertebrate) lineages and is one of the only two extant cyclostome taxa, together with lampreys (Petromyzontiformes). Even though whole genome sequencing has been achieved for diverse vertebrate taxa, genome-wide sequence information has been highly limited for cyclostomes. Here we sequenced the genome of the inshore hagfish Eptatretus burgeri using DNA extracted from the testis, with a short-read sequencing platform, aiming at reconstructing a high-coverage coding gene catalogue. The obtained genome assembly, scaffolded with mate-pair reads and paired RNA-seq reads, exhibited an N50 scaffold length of 293 Kbp, which allowed the genome-wide prediction of coding genes. This computation resulted in the gene models whose completeness was estimated at the complete coverage of more than 83 % and the partial coverage of more than 93 % by referring to evolutionarily conserved single-copy orthologs. The high contiguity of the assembly and completeness of resulting gene models promises a high utility in various comparative analyses including phylogenomics and phylome exploration.
1
Citation10
0
Save
0

A regulatory-sequence classifier with a neural network for genomic information processing

Koh Onimaru et al.Jun 26, 2018
S
O
K
Genotype-phenotype mapping is one of the fundamental challenges in biology. The difficulties stem in part from the large amount of sequence information and the puzzling genomic code, particularly of non-protein-coding regions such as gene regulatory sequences. However, recently deep learning–based methods were shown to have the ability to decipher the gene regulatory code of genomes. Still, prediction accuracy needs improvement. Here, we report the design of convolution layers that efficiently process genomic sequence information and developed a software, DeepGMAP, to train and compare different deep learning-based models ( https://github.com/koonimaru/DeepGMAP ). First, we demonstrate that our convolution layers, termed forward- and reverse-sequence scan (FRSS) layers, enhance the power to predict gene regulatory sequences. Second, we assessed previous studies and identified problems associated with data structures that caused overfitting. Finally, we introduce several visualization methods that provide insights into the syntax of gene regulatory sequences.
0
Citation5
0
Save
0

Truncated radial glia as a common precursor in the late corticogenesis of gyrencephalic mammals

Merve Bilgic et al.May 6, 2022
+8
T
Q
M
ABSTRACT The diversity of neural stem cells is a hallmark of the cerebral cortex development in gyrencephalic mammals, such as Primates and Carnivora. Among them, ferrets are a good model for mechanistic studies. However, information on their neural progenitor cells (NPC), termed radial glia (RG), is limited. Here, we surveyed the temporal series of single-cell transcriptomes of progenitors regarding ferret corticogenesis and, found a conserved diversity and temporal trajectory between human and ferret NPC, despite the large timescale difference. We found truncated RG (tRG) in ferret cortical development, a progenitor subtype previously described in humans. The combination of in silico and in vivo analyses identified that tRG differentiate into both ependymal and astrogenic cells. Via transcriptomic comparison, we predict that this is also the case in humans. Our findings suggest that tRG plays a role in the formation of adult ventricles, thereby providing the architectural bases for brain expansion.
0
Citation4
0
Save
Load More