SA
Shahid Aziz
Author with expertise in Innate Immunity to Viral Infection
Achievements
Open Access Advocate
Cited Author
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
6
(83% Open Access)
Cited by:
16
h-index:
13
/
i10-index:
20
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
1

Transcriptome data from human nasal epithelial cells infected by H3N2 influenza virus indicate early unbalanced ROS/RNA levels, temporarily increased aerobic fermentation linked to enhanced α-tubulin and rapid energy-dependent IRF9-marked immunization

José Costa et al.Oct 20, 2021
Abstract Background Transcriptome studies of a selected gene set ( ReprogVirus ) had identified unbalanced ROS/RNS levels, which connected to increased aerobic fermentation that linked to alpha-tubulin-based cell restructuration and cell cycle control, as a ma jor c omplex t rait for e arly d e novo programming ( CoV-MAC-TED ) upon SARS-CoV-2 infection. Recently, CoV-MAC-TED was confirmed as promising marker by using primary target human nasal epithelial cells (NECs) infected by two SARS-CoV-2 variants with different effects on disease severity. To further explore this marker/cell system as a standardized tool for identifying anti-viral targets in general, testing of further virus types is required. Results: Transcriptome level profiles of H3N2 influenza-infected NECs indicated ROS/RNS level changes and increased transcript accumulation of genes related to glycolysis, lactic fermentation and α-tubulin at 8 hours post infection. These early changes linked to energy-dependent, IRF9-marked rapid immunization. However, ReprogVirus -marker genes indicated the absence of initial cell cycle progress, which contrasted our findings during infections with two SARS-CoV-2 variants, where cell cycle progress was linked to delayed IRF9 response. Our results point to the possibility of CoV-MAC-TED-assisted, rapid individual host cell response identification upon virus infections. Conclusion: The complex trait CoV-MAC-TED can identify similar and differential early responses of SARS-CoV-2 and influenza H3N2 viruses. This indicates its appropriateness to search for anti-viral targets in view of therapeutic design strategies. For standardization, human NECs can be used. This marker/cell system is promising to identify differential early cell responses upon viral infections also depending on cell origins.
1
Citation8
0
Save
7

ROS/RNS balancing, aerobic fermentation regulation and cell cycle control – a complex early trait (‘CoV-MAC-TED’) for combating SARS-CoV-2-induced cell reprogramming

José Costa et al.Jun 8, 2021
Abstract In a perspective entitled ‘From plant survival under severe stress to anti-viral human defense’ we raised and justified the hypothesis that transcript level profiles of justified target genes established from in vitro somatic embryogenesis (SE) induction in plants as a reference compared to virus-induced profiles can identify differential virus signatures that link to harmful reprogramming. A standard profile of selected genes named ‘ReprogVirus’ was proposed for in vitro -scanning of early virus-induced reprogramming in critical primary infected cells/tissues as target trait. For data collection, the ‘ReprogVirus platform’ was initiated. This initiative aims to identify in a common effort across scientific boundaries critical virus footprints from diverse virus origins and variants as a basis for anti-viral strategy design. This approach is open for validation and extension. In the present study, we initiated validation by experimental transcriptome data available in public domain combined with advancing plant wet lab research. We compared plant-adapted transcriptomes according to ‘RegroVirus’ complemented by alternative oxidase (AOX) genes during de novo programming under SE-inducing conditions with in vitro corona virus-induced transcriptome profiles. This approach enabled identifying a ma jor c omplex t rait for e arly d e novo programming during SARS-CoV-2 infection, called ‘CoV-MAC-TED’. It consists of unbalanced ROS/RNS levels, which are connected to increased aerobic fermentation that links to alpha-tubulin-based cell restructuration and progression of cell cycle. We conclude that anti-viral/anti-SARS-CoV-2 strategies need to rigorously target ‘CoV-MAC-TED’ in primary infected nose and mouth cells through prophylactic and very early therapeutic strategies. We also discuss potential strategies in the view of the beneficial role of AOX for resilient behavior in plants. Furthermore, following the general observation that ROS/RNS equilibration/redox homeostasis is of utmost importance at the very beginning of viral infection, we highlight that ‘de-stressing’ disease and social handling should be seen as essential part of anti-viral/anti-SARS-CoV-2 strategies.
7
Citation6
0
Save
1

Major complex trait for early de novo programming ‘CoV-MAC-TED’ detected in human nasal epithelial cells infected by two SARS-CoV-2 variants is promising for designing therapeutic strategies

José Costa et al.Oct 20, 2021
Abstract Background Early metabolic reorganization was only recently recognized as essentially integrated part of immunology. In this context, unbalanced ROS/RNS levels that connected to increased aerobic fermentation, which linked to alpha-tubulin-based cell restructuration and control of cell cycle progression, was identified as ma jor c omplex t rait for e arly d e novo programming (‘CoV-MAC-TED’) during SARS-CoV-2 infection. This trait was highlighted as critical target for developing early anti-viral/anti-SARS-CoV-2 strategies. To obtain this result, analyses had been performed on transcriptome data from diverse experimental cell systems. A call was released for wide data collection of the defined set of genes for transcriptome analyses, named ‘ReprogVirus’, which should be based on strictly standardized protocols and data entry from diverse virus types and variants into the ‘ReprogVirus Platform’. This platform is currently under development. However, so far an in vitro cell system from primary target cells for virus attacks that could ideally serve for standardizing data collection of early SARS-CoV-2 infection responses was not defined. Results Here, we demonstrate transcriptome level profiles of the most critical ‘ReprogVirus’ gene sets for identifying ‘CoV-MAC-TED’ in cultured human nasal epithelial cells. Our results (a) validate ‘Cov-MAC-TED’ as crucial trait for early SARS-CoV-2 reprogramming for both tested virus variants and (b) demonstrate its relevance in cultured human nasal epithelial cells. Conclusion In vitro -cultured human nasal epithelial cells proved to be appropriate for standardized transcriptome data collection in the ‘ReprogVirus Platform’. Thus, this cell system is highly promising to advance integrative data analyses by help of Artificial Intelligence methodologies for designing anti-SARS-CoV-2 strategies.
1
Citation2
0
Save
0

Genome-level Therapeutic Targets Identification and Chimeric Vaccine Designing against the Blastomyces dermatitidis

Sawvara Mursaleen et al.Aug 1, 2024
Blastomyces dermatitidis is a thermally dimorphic fungus that can cause serious and sometimes fatal infections, including blastomycosis. After spore inhalation, a pulmonary infection develops, which can be asymptomatic and have lethal effects, such as acute respiratory distress syndrome. Its most common extra-pulmonary sites are the central nervous system, bones, skin, and genito-urinary systems. Currently, no vaccine has been approved by the FDA to prevent this infection. In the study, a peptide-based vaccine was developed against blastomycosis by using subtractive proteomics and reverse vaccinology approaches. It focuses on mining the whole genome of B. dermatitidis, identifying potential therapeutic targets, and pinpointing potential epitopes for both B- and T-cells that are immunogenic, non-allergenic, non-toxic, and highly antigenic. Multi-epitope constructs were generated by incorporating appropriate linker sequences. A linker (EAAAK) was also added to incorporate an adjuvant sequence to increase immunological potential. The addition of adjuvants and linkers ultimately resulted in the formation of a vaccine construct in which the number of amino acids was 243 and the molecular weight was 26.18 kDa. The designed antigenic and non-allergenic vaccine constructs showed suitable physicochemical properties. The vaccine's structures were predicted, and further analysis verified their interactions with the human TLR-4 receptor through protein-protein docking. Additionally, MD simulation showed a potent interaction between prioritized vaccine-receptor complexes. Immune simulation predicted that the final vaccine injections resulted in significant immune responses for the T- and B-cell immune responses. Moreover, in silico cloning ensured a high expression possibility of the lead vaccine in the E. coli (K12) vector. This study offers an initiative for the development of effective vaccines against B. dermatitidis; however, it is necessary to validate the designed vaccine's immunogenicity experimentally.
0

Prevalence of HBV Infection and Associated Risk Factors in the General Population of District Peshawar, Pakistan

Shahid Aziz et al.Nov 29, 2024
Objective: This study aimed to assess the prevalence of hepatitis B virus (HBV) infection and its associated risk factors in the general population of Peshawar, Khyber Pakhtunkhwa (KPK), Pakistan. Methodology: This cross-sectional study was conducted at Khyber Teaching Hospital and Lady Reading Hospital, Peshawar, from December 2023 to July 2024. Data were collected through structured questionnaires administered to 200 patients who tested positive for HBV. The study sample included 143 males (71.5%) and 57 females (28.5%). Results: Among the 200 patients, HBV infection was more prevalent in males (71.5%) compared to females (28.5%), with the highest infection rate observed in the 21–40 age group. The majority of HBV-positive cases were found among patients of middle and lower socioeconomic status. Common symptoms included abdominal pain, fever, pale stool, and dark urine. Key risk factors identified were smoking (35%), unsafe blood transfusion (28%), and razor sharing (42%). Conclusion: HBV infection rates were significantly higher in males than in females, potentially due to risk factors like smoking, razor sharing in barber shops, and unsafe blood transfusions. These findings underscore the importance of targeted public health interventions to reduce HBV transmission in Peshawar.