ABSTRACT We analyzed a global collection of Mycobacterium tuberculosis strains using 212 single nucleotide polymorphism (SNP) markers. SNP nucleotide diversity was high (average across all SNPs, 0.19), and 96% of the SNP locus pairs were in complete linkage disequilibrium. Cluster analyses identified six deeply branching, phylogenetically distinct SNP cluster groups (SCGs) and five subgroups. The SCGs were strongly associated with the geographical origin of the M. tuberculosis samples and the birthplace of the human hosts. The most ancestral cluster (SCG-1) predominated in patients from the Indian subcontinent, while SCG-1 and another ancestral cluster (SCG-2) predominated in patients from East Asia, suggesting that M. tuberculosis first arose in the Indian subcontinent and spread worldwide through East Asia. Restricted SCG diversity and the prevalence of less ancestral SCGs in indigenous populations in Uganda and Mexico suggested a more recent introduction of M. tuberculosis into these regions. The East African Indian and Beijing spoligotypes were concordant with SCG-1 and SCG-2, respectively; X and Central Asian spoligotypes were also associated with one SCG or subgroup combination. Other clades had less consistent associations with SCGs. Mycobacterial interspersed repetitive unit (MIRU) analysis provided less robust phylogenetic information, and only 6 of the 12 MIRU microsatellite loci were highly differentiated between SCGs as measured by G ST . Finally, an algorithm was devised to identify two minimal sets of either 45 or 6 SNPs that could be used in future investigations to enable global collaborations for studies on evolution, strain differentiation, and biological differences of M. tuberculosis .

The molecular basis for isoniazid resistance in Mycobacterium tuberculosis is complex. Putative isoniazid resistance mutations have been identified in katG, ahpC, inhA, kasA, and ndh. However, small sample sizes and related potential biases in sample selection have precluded the development of statistically valid and significant population genetic analyses of clinical isoniazid resistance. We present the first large-scale analysis of 240 alleles previously associated with isoniazid resistance in a diverse set of 608 isoniazid-susceptible and 403 isoniazid-resistant clinical M. tuberculosis isolates. We detected 12 mutant alleles in isoniazid-susceptible isolates, suggesting that these alleles are not involved in isoniazid resistance. However, mutations in katG, ahpC, and inhA were strongly associated with isoniazid resistance, while kasA mutations were associated with isoniazid susceptibility. Remarkably, the distribution of isoniazid resistance-associated mutations was different in isoniazid-monoresistant isolates from that in multidrug-resistant isolates, with significantly fewer isoniazid resistance mutations in the isoniazid-monoresistant group. Mutations in katG315 were significantly more common in the multidrug-resistant isolates. Conversely, mutations in the inhA promoter were significantly more common in isoniazid-monoresistant isolates. We tested for interactions among mutations and resistance to different drugs. Mutations in katG, ahpC, and inhA were associated with rifampin resistance, but only katG315 mutations were associated with ethambutol resistance. There was also a significant inverse association between katG315 mutations and mutations in ahpC or inhA and between mutations in kasA and mutations in ahpC. Our results suggest that isoniazid resistance and the evolution of multidrug-resistant strains are complex dynamic processes that may be influenced by interactions between genes and drug-resistant phenotypes.

To determine the clinical consequences of pulmonary tuberculosis (TB) among patients with diabetes mellitus (DM).We conducted a prospective study of patients with TB in Southern Mexico. From 1995 to 2010, patients with acid-fast bacilli or Mycobacterium tuberculosis in sputum samples underwent epidemiological, clinical and microbiological evaluation. Annual follow-ups were performed to ascertain treatment outcome, recurrence, relapse and reinfection.The prevalence of DM among 1262 patients with pulmonary TB was 29.63% (n=374). Patients with DM and pulmonary TB had more severe clinical manifestations (cavities of any size on the chest x-ray, adjusted OR (aOR) 1.80, 95% CI 1.35 to 2.41), delayed sputum conversion (aOR 1.51, 95% CI 1.09 to 2.10), a higher probability of treatment failure (aOR 2.93, 95% CI 1.18 to 7.23), recurrence (adjusted HR (aHR) 1.76, 95% CI 1.11 to 2.79) and relapse (aHR 1.83, 95% CI 1.04 to 3.23). Most of the second episodes among patients with DM were caused by bacteria with the same genotype but, in 5/26 instances (19.23%), reinfection with a different strain occurred.Given the growing epidemic of DM worldwide, it is necessary to add DM prevention and control strategies to TB control programmes and vice versa and to evaluate their effectiveness. The concurrence of both diseases potentially carries a risk of global spreading, with serious implications for TB control and the achievement of the United Nations Millennium Development Goals.

Latin America continues to be severely underrepresented in genomics research, and fine-scale genetic histories and complex trait architectures remain hidden owing to insufficient data1. To fill this gap, the Mexican Biobank project genotyped 6,057 individuals from 898 rural and urban localities across all 32 states in Mexico at a resolution of 1.8 million genome-wide markers with linked complex trait and disease information creating a valuable nationwide genotype-phenotype database. Here, using ancestry deconvolution and inference of identity-by-descent segments, we inferred ancestral population sizes across Mesoamerican regions over time, unravelling Indigenous, colonial and postcolonial demographic dynamics2-6. We observed variation in runs of homozygosity among genomic regions with different ancestries reflecting distinct demographic histories and, in turn, different distributions of rare deleterious variants. We conducted genome-wide association studies (GWAS) for 22 complex traits and found that several traits are better predicted using the Mexican Biobank GWAS compared to the UK Biobank GWAS7,8. We identified genetic and environmental factors associating with trait variation, such as the length of the genome in runs of homozygosity as a predictor for body mass index, triglycerides, glucose and height. This study provides insights into the genetic histories of individuals in Mexico and dissects their complex trait architectures, both crucial for making precision and preventive medicine initiatives accessible worldwide.

Abstract Latin America continues to be severely underrepresented in genomics research, and fine-scale genetic histories as well as complex trait architectures remain hidden due to the lack of Big Data. To fill this gap, the Mexican Biobank project genotyped 1.8 million markers in 6,057 individuals from 32 states and 898 sampling localities across Mexico with linked complex trait and disease information creating a valuable nationwide genotype-phenotype database. Through a suite of state-of-the-art methods for ancestry deconvolution and inference of identity-by-descent (IBD) segments, we inferred detailed ancestral histories for the last 200 generations in different Mesoamerican regions, unraveling native and colonial/post-colonial demographic dynamics. We observed large variations in runs of homozygosity (ROH) among genomic regions with different ancestral origins reflecting their demographic histories, which also affect the distribution of rare deleterious variants across Mexico. We analyzed a range of biomedical complex traits and identified significant genetic and environmental factors explaining their variation, such as ROH found to be significant predictors for trait variation in BMI and triglycerides.

ABSTRACT Demographic models of Latin American populations often fail to fully capture their complex evolutionary history, which has been shaped by both recent admixture and deeper-in-time demographic events. To address this gap, we used high-coverage whole genome data from Indigenous American ancestries in present-day Mexico and existing genomes from across Latin America to infer multiple demographic models that capture the impact of different timescales on genetic diversity. Our approach, which combines analyses of allele frequencies and ancestry tract length distributions, represents a significant improvement over current models in predicting patterns of genetic variation in admixed Latin American populations. We jointly modeled the contribution of European, African, East Asian, and Indigenous American ancestries into present-day Latin American populations to capture the historical demographic events that have shaped genetic variation. Our inferred demographic histories are consistent across different genomic regions and annotations, suggesting that our inferences are robust to the potential effects of linked selection. In conjunction with published distributions of fitness effects for new nonsynonymous mutations in humans, we show in large-scale simulations that our models recover important features of both neutral and deleterious variation. By providing a more realistic framework for understanding the evolutionary history of Latin American populations, our models can help address the historical under-representation of admixed groups in genomics research, and can be a valuable resource for future studies of populations with complex admixture and demographic histories.

Objetivo. En respuesta a la creciente amenaza de riesgos pandémicos y la reciente experiencia de la pandemia de Covid-19, la UNAM a través del PUIREE convocó a un análisis multidisciplinario para identificar y priorizar acciones esenciales para la respuesta ante pandemias en México. Material y métodos. Se utilizó el método estructurado de comunicación y análisis Delphi y se presentó a los expertos en salud y vida un cuestionario; en tres reuniones se realizaron discusiones sobre las acciones que debería contener un plan de preparación y respuesta pandémica para México. Resultados. Se identificaron áreas clave de intervención: la necesidad de una coordinación efectiva entre todos los niveles de Gobierno, instituciones de salud y sectores diversos de la población; la importancia de un sistema de comunicación transparente y eficaz, así como el fortalecimiento de la infraestructura y los recursos humanos capacitados para la atención de la salud en las instituciones públicas. También se destacó la necesidad de invertir en investigación y desarrollo para garantizar la autosuficiencia en la producción de vacunas y medicamentos, así como la implementación de medidas tempranas de distanciamiento físico y confinamiento. Conclusiones. La preparación pandémica efectiva requiere acciones inmediatas para lograr una planificación integral y multidisciplinaria, así como una colaboración y comunicación entre academias y sectores afines con el fin de minimizar el impacto y amenazas de futuras pandemias. Lo anterior fortalecerá la capacidad de respuesta de México y servirá de modelo para otros países de ingresos medios y bajos.

Objetivo. Estimar la proporción de sujetos vacunados y los factores asociados en personas adultas y adultas mayores en México. Material y métodos. Análisis de datos obtenidos de la Encuesta Nacional de Salud y Nutrición Continua 2021-2023 (Ensanut Continua 2021-2023) y analizar las variaciones comparando con la Ensanut 2012. Resultados. Dado que solamente el 6.8% de personas adultas y adultas mayores en Ensanut Continua 2021-2023 y 17.7% en Ensanut 2012 acreditaron su estado de vacunación, el análisis se basa en autorreporte. Al comparar Ensanut Continua 2021-2023 con Ensanut 2012, la proporción de sujetos vacunados de acuerdo con grupo de edad y biológico fue la siguiente: personas de 20-59 años, tétanos: 66.87 vs. 78.08%; mujeres en edad fértil, tétanos: 71.1 vs. 82.0%; sarampión/rubéola: 36.8 vs. 48.5%; adultos mayores: tétanos: 59.5 vs. 65.86%; influenza 58.7 vs. 51.9%; neumococo 34.8 vs. 45.9%. La cobertura para vacuna contra Covid-19 en adultos jóvenes y mayores fue de 86.6 y 89.2%, respectivamente. Las características más prevalentes entre los adultos de 20-59 años con esquemas incompletos fueron ser hombre, no tener derechohabiencia y tener trabajo remunerado; en los adultos ≥ 60 años fue no tener derechohabiencia. Discusión. Una proporción considerable de personas adultas y adultas mayores no están protegidos contra enfermedades prevenibles por vacunación en 2021-2023.

Objetivo. Comparar la cobertura de vacunación y sus factores asociados en niñas y niños (NN) menores de cinco años en México, según datos de la Encuesta Nacional de Salud y Nutrición (Ensanut) Continua 2021-2023 y Ensanut 2012. Material y métodos. Se estimó la prevalencia del estado de vacunación de NN menores de cinco años a partir de datos registrados en la Cartilla Nacional de Salud, Cartilla Nacional de Vacunación o documento probatorio, obtenidos de la Ensanut Continua 2021-2023 y Ensanut 2012. Se contaron como dosis válidas para medir cobertura, las que cumplían con las recomendaciones de intervalos de tiempo entre dosis, edad mínima y máxima de aplicación dada por el Centro Nacional para la Salud de la Infancia y Adolescencia. Resultados. En 2021-2023, las coberturas de vacunación en NN menores de cinco años con BCG, hepatitis B y polio/DPT, antineumocócica, antirotavirus y triple viral fueron de 86.5, 63.7, 68.9, 86.6, 81.3 y 71.3%, respectivamente. Al primer y segundo año, 45.6 y 32.4% de NN habían recibido el esquema completo correspondiente. De 2012 a 2021-2023 disminuyeron las coberturas de vacunación con BCG, hepatitis B y polio/DPT, y aumentaron las de neumococo y rotavirus. Conclusión. En 2021-2023 no se alcanzó la meta de cobertura de vacunación (95%) para ninguna vacuna investigada.