Abstract Reticulated evolution -i.e. secondary introgression / admixture between sister taxa-is increasingly recognized as playing a key role in structuring infra-specific genetic variation and revealing cryptic genetic connectivity patterns. When admixture zones coincide with ecological transitions, the connectivity patterns often follow environmental variations better than distance and introgression clines may easily be confounded with local adaptation signatures. The Kerguelen mussels is an ideal system to investigate the potential role of admixture in enhancing micro-geographic structure, as they inhabit a small isolated island in the Southern Ocean characterized by a highly heterogeneous environment. Furthermore, genomic reticulation between Northern species ( M. edulis, M. galloprovincialis and M. trossulus ) and Southern species ( M. platensis : South America and the Kerguelen Islands; and M. planulatus : Australasia) has been suspected. Here, we extended a previous analysis by using targeted-sequencing data (51,878 SNPs) across the three Northern species and the Kerguelen population. Spatial structure in the Kerguelen was then analyzed with a panel of 33 SNPs, including SNPs that were more differentiated than the genomic average between Northern species (i.e., ancestry-informative SNPs). We first showed that the Kerguelen lineage splitted very shortly after M. edulis and M. galloprovincialis initiated speciation, and it subsequently experienced admixture with the three Northern taxa. We then demonstrated that the Kerguelen mussels were significantly differentiated over small spatial distance, and that this local genetic structure was associated with environmental variations and mostly revealed by ancestry-informative markers. Simulations of admixture in the island highlight that genetic-environment associations can be better explained by introgression clines between heterogeneously differentiated genomes than by adaptation.

Abstract Accurate species delimitation is essential to properly assess biodiversity, but also for management and conservation purposes. Yet, it is not always trivial to accurately define species boundaries in closely related species due to incomplete lineage sorting. Additional difficulties may be caused by hybridization, now evidenced as a frequent phenomenon. The brittle star cryptic species complex Ophioderma longicauda encompasses six mitochondrial lineages, including broadcast spawners and internal brooders, yet the actual species boundaries are unknown. Here, we combined three methods to delimit species in the Ophioderma longicauda complex and to infer its divergence history: i) unsupervised species discovery based on multilocus genotypes; ii) divergence time estimation using the multi-species coalescent; iii) divergence scenario testing (including gene flow) using Approximate Bayesian Computation (ABC) methods. 30 sequence markers (transcriptome-based, mitochondrial or non-coding) for 89 O. longicauda and outgroup individuals were used. First, multivariate analyses revealed six genetic clusters, which globally corresponded to the mitochondrial lineages, yet with many exceptions, suggesting ancient hybridization events and challenging traditional mitochondrial barcoding approaches. Second, multi-species coalescent-based analyses confirmed the occurrence of six species and provided divergence time estimates, but the sole use of this method failed to accurately delimit species, highlighting the power of multilocus genotype clustering to delimit recently diverged species. Finally, Approximate Bayesian Computation showed that the most likely scenario involves hybridization between brooders and broadcasters. Our study shows that despite strong incomplete lineage sorting and past hybridization, accurate species delimitation in Ophioderma was possible using a combination of complementary methods. We propose that these methods, especially multilocus genotype clustering, may be useful to resolve other complex speciation histories. Highlights Multivariate analysis was used for species delimitation Six Ophioderma species were delimited using nuclear and mitochondrial data Ophioderma speciation history is complex and included hybridization Mitochondrial and nuclear histories differed, challenging barcoding approaches We propose that using multilocus genotypes can resolve complex speciation histories

Abstract Hybrid conferences are in-person events that are also accessible online. This type of meeting format was rare pre-COVID-19 but started to become more common recently given the asynchronous global progression of the pandemic and the uneven access and distribution of vaccines that led to a large proportion of participants being unable to attend international conferences in person. Here we report the organization of a middle-sized (581 participants: 159 onsite, 422 online) international hybrid conference that took place in France in September 2021. We highlight particular organizational challenges inherent to this relatively new type of meeting format. Furthermore, we surveyed both in-person and online participants to better understand their conference experience and to propose improvements based on the feedback received. Finally, we compare the advantages and disadvantages of three types of conferences (onsite-only, online-only and hybrid) and suggest that hybrid events should be favored in the future because they offer the most flexibility to participants. We conclude by proposing suggestions and ways forward to maximize accessibility and inclusivity of hybrid conferences.

Abstract Understanding the drivers and dynamics of diversification is a central topic in evolutionary biology. Here, we investigated the dynamics of diversification in the cichlid fish Astatotilapia burtoni that diverged along a lake-stream environmental gradient. Whole-genome and morphometric analyses revealed that divergent selection was essential at the early stages of diversification, but that periods in allopatry were likely involved towards the completion of speciation. While morphological differentiation was continuous, genomic differentiation was not, as shown by two clearly separated categories of genomic differentiation. Reproductive isolation increased along a continuum of genomic divergence, with a “grey zone” of speciation at ∼0.1% net nucleotide divergence. The quantification of the extent of (non-)parallelism in nine lake-stream population pairs from four cichlid species by means of multivariate analyses revealed one parallel axis of genomic and morphological differentiation among seven lake-stream systems. Finally, we found that parallelism was higher when ancestral lake populations were more similar.

Abstract Patella caerulea (Linnaeus, 1758) is a molluscan limpet species of the class Gastropoda. Endemic to the Mediterranean Sea, it is considered to be a keystone species in tidal and subtidal habitats due to its primary role in structuring and regulating the ecological balance of these habitats. It is currently being used as a bioindicator to assess the environmental quality of coastal marine waters and as a model species to understand adaptation to ocean acidification. Here we provide a high-quality reference genome assembly and annotation for Patella caerulea . We used a single specimen collected in the field to generate ∼30 Gb of PacBio HiFi data. The final assembly is 749.8 Mb large and contains 62 contigs, including the mitochondrial genome (14,938 bp). With an N50 of 48.8 Mb and 98% of the assembly contained in the 18 largest contigs, this assembly is near chromosome-scale. BUSCO scores were high (Mollusca: 87.8% complete; Metazoa: 97.2% complete) and similar to metrics observed for other chromosome-level Patella genomes, highlighting a possible bias in the Mollusca database for Patellids. We generated transcriptomic Illumina data from a second individual collected at the same locality, and used it together with protein evidence to annotate the genome. 23,938 protein coding gene models were found. By comparing this annotation with other published Patella annotations, we found that the distribution and median values of exon and gene lengths was comparable to other Patella species despite different annotation approaches. The present high-quality Patella caerulea reference genome is an important resource for future ecological and evolutionary studies. Significance Reference genomes are essential resources for biodiversity conservation and management. Patella caerulea (Linnaeus, 1758) is a gastropod species occurring in the Mediterranean Sea that is currently used as a model to understand the impact of pollution and ocean acidification on marine biodiversity. Here we present a high-quality reference genome of P. caerulea , that almost reaches chromosome-level contiguity. We further provide a high-quality genome annotation supported by transcriptomic evidence. This reference genome will be of interest for researchers working on the ecology and evolution of marine biodiversity. All data is available on the public database NCBI for future use by researchers.

Interest in the role of DNA methylation (DNAm) has grown in ecological and evolutionary research of natural populations. While researchers are typically interested in comparing population-level variation, individual sequencing is the current standard. Natural populations have low effect sizes and thus need large sample sizes to detect differences. The cost of sequencing the necessary samples can be prohibitive in DNAm work. Pooling DNA before library preparation is a powerful tool to reduce costs but no recommendations exist for DNAm pooling in ecology-epigenetics research. We test if pooled and individual libraries provide similar global and region-specific DNA methylation signals in a natural system of response to pollution. We generated whole-epigenome data for two freshwater invasive molluscs (Corbicula flumina and Dreissena polymorpha) collected from a polluted and unpolluted locality, Lake Maggiore, Italy. Our results support that pooling effectively captures the same genome-wide and global treatment-level signals as individual libraries but we note that pooled libraries yielded orders of magnitude more input data and differentially-methylated regions (DMRs) detected compared with individual libraries. We estimated greatly lower power for regions from individual libraries compared with pooled libraries. The post-hoc process of computationally pooling data from individual libraries produced results comparable to pooled libraries in volumes but had discrepancies between DMRs. We discuss the possible causes for the discrepancies and put our results in the context of the benefits and drawbacks of sample pooling for epigenomics of natural populations.

Abstract DNA methylation (DNAm) is a mechanism for rapid acclimation to environmental conditions. In natural systems, small effect sizes relative to noise necessitates large sampling efforts to detect differences. Large numbers of individually sequenced libraries are costly. Pooling DNA prior to library preparation may be an efficient way to reduce costs and increase sample size, yet there are to date no recommendations in ecological epigenetics research. We test whether pooled and individual libraries yield comparable DNAm signals in a natural system exposed to different pollution levels by generating whole‐epigenome data from two invasive molluscs ( Corbicula fluminea , Dreissena polymorpha ) collected from polluted and unpolluted localities (Italy). DNA of the same individuals were used for pooled and individual epigenomic libraries and sequenced with equivalent resources per individual. We found that pooling effectively captures similar genome‐wide and global methylation signals as individual libraries, highlighting that pooled libraries are representative of the global population signal. However, pooled libraries yielded orders of magnitude more data than individual libraries, which was a consequence of higher coverage. We would therefore recommend aiming for a high initial coverage of individual libraries (15×) in future studies. Consequently, we detected many more differentially methylated regions (DMRs) with the pooled libraries and a significantly lower statistical power for regions from individual libraries. Computationally pooled data from the individual libraries produced fewer DMRs and the overlap with wet‐lab pooled DMRs was relatively low. We discuss possible causes for discrepancies, list benefits and drawbacks of pooling, and provide recommendations for future epigenomic studies.

The deep ocean is the largest biome on Earth and yet it is among the least studied environments of our planet. Life at great depths requires several specific adaptations, however their molecular mechanisms remain understudied. We examined patterns of positive selection in 416 genes from four ophiuroid families (216 species) displaying independent events of deep-sea colonization. We found consistent signatures of molecular convergence in 5 genes, including the CCTα gene (Chaperonin Containing TCP-1 subunit α), which is essential for protein folding. CCTα protein stability profiles across the ophiuroid tree of life (725 species) revealed that depth-adapted proteins display higher stability within and next to the substrate-binding region, an expectation for high-pressure adapted proteins. As CCT has previously been categorized as a ‘cold-shock’ protein, we propose that adaptation mechanisms to cold and deep-sea environments may be linked and highlight that efficient protein folding is a key metabolic deep-sea adaptation.