MM
M-Hossein Moeinzadeh
Author with expertise in Genetics and Epidemiology of Plant Pathogens
Achievements
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
2
(50% Open Access)
Cited by:
0
h-index:
8
/
i10-index:
7
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

The haplotype-resolved genome sequence of hexaploid Ipomoea batatas reveals its evolutionary history

Jeong-Mo Yang et al.Jul 18, 2016
+16
H
Y
J
Although the sweet potato, Ipomoea batatas, is the seventh most important crop in the world and the fourth most significant in China, its genome has not yet been sequenced. The reason, at least in part, is that the genome has proven very difficult to assemble, being hexaploid and highly polymorphic; it has a presumptive composition of two B1 and four B2 component genomes (B1B1B2B2B2B2). By using a novel haplotyping method based on de novo genome assembly, however, we have produced a half haplotype-resolved genome from ~267Gb of paired-end sequence reads amounting to roughly 60-fold coverage. By phylogenetic tree analysis of homologous chromosomes, it was possible to estimate the time of two whole genome duplication events as occurring about 525,000 and 341,000 years ago. Our analysis also identified many clusters of genes for specialized compounds biosynthesis in this genome. This half haplotype-resolved hexaploid genome represents the first successful attempt to investigate the complexity of chromosome sequence composition directly in a polyploid genome, using direct sequencing of the polyploid organism itself rather than of any of its simplified proxy relatives. Adaptation and application of our approach should provide higher resolution in future genomic structure investigations, especially for similarly complex genomes.
5

Horizontal transferred T-DNA and haplotype-based phylogenetic analysis uncovers the origin of sweetpotato

Mengxiao Yan et al.Oct 1, 2022
+17
Z
X
M
Abstract The hexaploid sweetpotato is one of the most important root crops worldwide. However, its genetic origins are controversial. In this study, we identified two progenitors of sweetpotato by horizontal gene transferred Ib T-DNA and haplotype-based phylogenetic analysis. The diploid progenitor is the diploid form of I. aequatoriensis , contributed the B 1 subgenome, Ib T-DNA2 and lineage 2 type of chloroplast genome to sweetpotato. The tetraploid progenitor of sweetpotato is I. batatas 4x, donating the B 2 subgenome, Ib T-DNA1 and lineage 1 type of chloroplast genome. Sweetpotato derived from the reciprocal cross between the diploid and tetraploid progenitors and a subsequent whole genome duplication. We also detected biased gene exchanges between subgenomes. The B 1 to B 2 subgenome conversions were almost 3-fold higher than the B 2 to B 1 subgenome conversions. This study sheds lights on the evolution of sweetpotato and paves a way for the improvement of sweetpotato.