Whether vaccination during pregnancy could reduce the burden of respiratory syncytial virus (RSV)-associated lower respiratory tract illness in newborns and infants is uncertain.

Background. More than 300 million travelers visit regions with poor hygiene annually. A significant percentage of them become colonized by resistant intestinal bacteria such as extended-spectrum beta-lactamase–producing Enterobacteriaceae (ESBL-PE) and may transmit the strains to others and to medical care settings when they return home. Despite the threats to global healthcare caused by an upsurge in antimicrobial resistance, no effort has been centered on prevention of colonization while traveling.

The first case of coronavirus disease (COVID-19) in Finland was confirmed on 29 January 2020. No secondary cases were detected. We describe the clinical picture and laboratory findings 3-23 days since the first symptoms. The SARS-CoV-2/Finland/1/2020 virus strain was isolated, the genome showing a single nucleotide substitution to the reference strain from Wuhan. Neutralising antibody response appeared within 9 days along with specific IgM and IgG response, targeting particularly nucleocapsid and spike proteins.

Abstract As SARS-CoV-2 has been circulating for over a year, dozens of vaccine candidates are under development or in clinical use. The BNT162b2 mRNA COVID-19 vaccine induces spike protein-specific neutralizing antibodies associated with protective immunity. The emergence of the B.1.1.7 and B.1.351 variants has raised concerns of reduced vaccine efficacy and increased re-infection rates. Here we show, that after the second dose, the sera of BNT162b2-vaccinated health care workers (n = 180) effectively neutralize the SARS-CoV-2 variant with the D614G substitution and the B.1.1.7 variant, whereas the neutralization of the B.1.351 variant is five-fold reduced. Despite the reduction, 92% of the seronegative vaccinees have a neutralization titre of >20 for the B.1.351 variant indicating some protection. The vaccinees’ neutralization titres exceeded those of recovered non-hospitalized COVID-19 patients. Our work provides evidence that the second dose of the BNT162b2 vaccine induces cross-neutralization of at least some of the circulating SARS-CoV-2 variants.

HighlightsImmunomonitoring from acute to recovery phase COVID-19An IFNγ-eosinophil axis precedes lung hyperinflammationBasophils modulate SARS-CoV-2 IgG responsesA shared trajectory of immunological recovery in COVID-19SummarySevere disease of SARS-CoV-2 is characterized by vigorous inflammatory responses in the lung, often with a sudden onset after 5–7 days of stable disease. Efforts to modulate this hyperinflammation and the associated acute respiratory distress syndrome rely on the unraveling of the immune cell interactions and cytokines that drive such responses. Given that every patient is captured at different stages of infection, longitudinal monitoring of the immune response is critical and systems-level analyses are required to capture cellular interactions. Here, we report on a systems-level blood immunomonitoring study of 37 adult patients diagnosed with COVID-19 and followed with up to 14 blood samples from acute to recovery phases of the disease. We describe an IFNγ-eosinophil axis activated before lung hyperinflammation and changes in cell-cell co-regulation during different stages of the disease. We also map an immune trajectory during recovery that is shared among patients with severe COVID-19.Graphical abstract

Abstract There is an urgent need for new antivirals with powerful therapeutic potential and tolerable side effects. In the present study, we found that recombinant human interferon-alpha (IFNa) triggers intrinsic and extrinsic cellular antiviral responses, as well as reduces replication of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) in vitro. Although IFNa alone was insufficient to completely abolish SARS-CoV-2 replication, combinations of IFNa with remdesivir or other antiviral agents (EIDD-2801, camostat, cycloheximide, or convalescent serum) showed strong synergy and effectively inhibited SARS-CoV-2 infection in human lung epithelial Calu-3 cells. Furthermore, we showed that the IFNa-remdesivir combination suppressed virus replication in human lung organoids, and that its single prophylactic dose attenuated SARS-CoV-2 infection in lungs of Syrian hamsters. Transcriptome and metabolomic analyses showed that the combination of IFNa-remdesivir suppressed virus-mediated changes in infected cells, although it affected the homeostasis of uninfected cells. We also demonstrated synergistic antiviral activity of IFNa2a-based combinations against other virus infections in vitro. Altogether, our results indicate that IFNa2a-based combination therapies can achieve higher efficacy while requiring lower dosage compared to monotherapies, making them attractive targets for further pre-clinical and clinical development.

Abstract Objectives With the global spread of antimicrobial resistance, treating urinary tract infections (UTIs) is becoming more challenging. Clinical data on UTI outcomes are scarce in cases with antimicrobial treatment mismatching the uropathogens’ in vitro susceptibility profiles. We explored the association of (mis)matching antimicrobial treatment and clinical outcomes among patients with either ESBL-producing Enterobacterales (ESBL-PE) or non-ESBL-PE identified in urine samples. Patients and methods In 2015–2019, we recruited 18–65-year-old patients with laboratory-confirmed, community-acquired ESBL-PE (n = 130) or non-ESBL-PE (n = 187) UTI. Our study involved collecting data on in vitro susceptibility profiles, antimicrobial therapy (microbiological match/mismatch) and clinical outcomes, and a follow-up of relapses/reinfections. Results Non-beta-lactam co-resistance was found more frequent among ESBL-PE than non-ESBL-PE isolates. The initial antimicrobial matched the in vitro susceptibility for 91.6% (164/179) of those with non-ESBL-PE and 46.9% (38/81) with ESBL-PE UTI (P < 0.001). The clinical cure rates in the non-ESBL-PE and ESBL-PE UTI groups were 82.6% (142/172) and 62.2% (74/119) (P < 0.001) for all, 87.3% (131/150) and 83.3% (30/36) for those treated with matching antimicrobials, and 33.3% (5/15) and 41.9% (18/43) for those given mismatching antimicrobials, respectively. Mismatching antimicrobial therapy was not associated with relapse/reinfection over the 3-month follow-up (P = 0.943). Conclusions In our data, (mis)matching microbiological susceptibility is only partially associated with the clinical outcome of UTI: microbiological matching appears to predict clinical cure better than mismatching predicts clinical failure.

Abstract Increased colonisation by antimicrobial resistant organisms is closely associated with international travel. This study investigated the diversity of mobile genetic elements involved with antimicrobial resistance (AMR) gene carriage in extended-spectrum beta-lactamase (ESBL) -producing Escherichia coli that colonised travellers to Laos. Long-read sequencing was used to reconstruct complete plasmid sequences from 49 isolates obtained from the daily stool samples of 23 travellers over a three-week period. This method revealed a collection of 105 distinct plasmids, 38.1% of which carried AMR genes. The plasmids in this population were diverse, mostly unreported and included 38 replicon types, with F-type plasmids (n=22) the most prevalent amongst those carrying AMR genes. Fine-scale analysis of all plasmids identified numerous AMR gene contexts and emphasised the importance of IS elements, specifically members of the IS 6 /IS 26 family, in the creation of complex multi-drug resistance regions. We found a concerning convergence of ESBL and colistin resistance determinants, with three plasmids from two different F-type lineages carrying bla CTX-M and mcr genes. The extensive diversity seen here highlights the worrying probability that stable new vehicles for AMR will evolve in E. coli populations that can disseminate internationally through travel networks. Impact Statement The global spread of AMR is closely associated with international travel. AMR is a severe global concern and has compromised treatment options for many bacterial pathogens, among them pathogens carrying ESBL and colistin resistance genes. Colonising MDR organisms have the potential to cause serious consequences. Infections caused by MDR bacteria are associated with longer hospitalisation, poorer patient outcomes, greater mortality, and higher costs compared to infections with susceptible bacteria. This study elucidates the numerous different types of plasmids carrying AMR genes in colonising ESBL-producing E. coli isolates found in faecal samples from in travellers to Vientiane, Laos. Here we add to known databases of AMR plasmids by adding these MDR plasmids found in Southeast Asia, an area of high AMR prevalence. We characterised novel AMR plasmids including complex ESBL ( bla CTX-M ) and colistin ( mcr ) resistance co-carriage plasmids, emphasising the potential exposure of travellers to Laos to a wide variety of mobile genetic elements that may facilitate global AMR spread. This in-depth study has revealed further detail of the numerous factors that may influence AMR transfer, therefore potential routes of AMR spread internationally, and is a step towards finding methods to combat AMR spread. Data Summary Long-read sequencing data is available through National Center for Biotechnology Information under the BioProject PRJNA853172. Complete plasmid sequences have been uploaded to GenBank with accession numbers in supplementary S1. The authors confirm all supporting data, code and protocols have been provided within the article or through supplementary data files.

OBJECTIVE: To evaluate descriptive efficacy data, exploratory immunogenicity data, and safety follow-up through study completion from the global, phase 3 MATISSE (Maternal Immunization Study for Safety and Efficacy) maternal vaccination trial of bivalent respiratory syncytial virus (RSV) prefusion F protein vaccine (RSVpreF). METHODS: MATISSE was a phase 3, randomized, double-blinded, placebo-controlled trial. Healthy pregnant participants aged 49 years or younger at 24–36 weeks of gestation were randomized (1:1) to receive a single RSVpreF 120 micrograms or placebo dose. Primary efficacy endpoints included newborn and infant severe RSV-associated medically attended lower respiratory tract illness within 180 days after birth. The RSV-A and RSV-B serum neutralizing antibody titers were determined in a subset of pregnant participants and their newborns. RESULTS: In this final analysis, 7,420 pregnant participants were randomized, and 7,307 children were born (RSVpreF n=3,660, placebo n=3,647). Vaccine efficacy , defined as protection against newborn and infant severe RSV-associated medically attended lower respiratory tract illness, was 82.4% (95% CI, 57.5–93.9) and 70.0% (95% CI, 50.6–82.5) within 90 and 180 days of birth, respectively. The RSVpreF induced robust immune responses in pregnant participants and resulted in highly efficient transfer of maternal antibodies to their newborns across subgroups (by gestational age at delivery and at vaccination, number of days from vaccination to delivery, country, maternal age). Final RSVpreF safety results in pregnant and newborn and infant participants were consistent with the primary analysis with no new safety concerns identified. CONCLUSION: This final analysis of MATISSE trial data confirms the primary analysis conclusions: Maternal vaccination with RSVpreF has a favorable safety profile in both pregnant and newborn and infant participants and demonstrates efficacy against RSV-associated lower respiratory tract illness in infants through age 6 months. The RSVpreF induces robust immune responses in pregnant individuals, with corresponding high RSV-neutralizing titers in their newborns. CLINICAL TRIAL REGISTRATION: ClinicalTrials.gov, NCT04424316.

Background Antimicrobial resistance (AMR) is highly prevalent in low- and middle-income countries (LMIC). International travel contributes substantially to the global spread of intestinal multidrug-resistant gram-negative (MDR-GN) bacteria. Of the 100 million annual visitors to LMIC, 30–70% become colonized by MDR-GN bacteria. The phenomenon has been well documented, but since sampling has only been conducted after travelers’ return home, data on the actual colonization process are scarce. We aimed to characterize colonization dynamics by exploring stool samples abroad on a daily basis while visiting LMIC.Methods A group of 20 European volunteers visiting Lao People’s Democratic Republic for three weeks provided daily stool samples and filled in daily questionnaires. Acquisition of extended-spectrum beta-lactamase-producing gram-negative bacteria (ESBL-GN) was examined by selective stool cultures followed by whole-genome sequencing (WGS) of isolates.Results While colonization rates were 70% at the end of the study, daily sampling revealed that all participants had acquired ESBL-GN at some time point during their overseas stay, the colonization status varying day by day. WGS analysis ascribed the transient pattern of colonization to sequential acquisition of new strains, resulting in a loss of detectable colonization by the initial MDR-GN strains. All but one participant acquired multiple strains (n=2–7). Of the total of 83 unique strains identified (53 E. coli , 10 Klebsiella , 20 other ESBL-GN species), some were shared by as many as four subjects.Conclusions This is the first study to characterize in real time the dynamics of acquiring MDR-GN during travel. Our data show multiple transient colonization events indicative of constant microbial competition.* AMR : Antimicrobial resistance DEC : diarrheagenic Escherichia coli ESBL : extended-spectrum beta-lactamase ESBL-Ec : extended-spectrum beta-lactamase (ESBL)-producing E. coli ESBL-GN : extended-spectrum beta-lactamase-producing gram-negative bacteria ESBL-PE : extended-spectrum beta-lactamase-producing Enterobacteriaceae IQR : inter quartile range Laos : Lao People’s Democratic Republic People’s Democratic Republic LMIC : low- and middle-income countries mcr : mobile colistin resistance genes MDR : multidrug-resistant MDR-GN : multidrug-resistant gram-negative bacteria TD : travelers’ diarrhea WGS : whole-genome sequencing