ABSTRACT Humans are considered the main host for Mycobacterium leprae , the aetiologic agent of leprosy, but spill-over to other mammals such as nine-banded armadillos and red squirrels occurs. Although naturally acquired leprosy has also been described in captive nonhuman primates, the exact origins of infection remain unclear. Here, we report on leprosy-like lesions in two wild populations of western chimpanzees ( Pan troglodytes verus ) in the Cantanhez National Park, Guinea-Bissau, and the Taï National Park, Côte d’Ivoire, West Africa. Longitudinal monitoring of both populations revealed the progression of disease symptoms compatible with advanced leprosy. Screening of faecal and necropsy samples confirmed the presence of M. leprae as the causative agent at each site and phylogenomic comparisons with other strains from humans and other animals show that the chimpanzee strains belong to different and rare genotypes (4N/O and 2F). The independent evolutionary origin of M. leprae in two geographically distant populations of wild chimpanzees, with no prolonged direct contact with humans, suggests multiple introductions of M. leprae from an unknown animal or environmental source.

Abstract The intestinal mucosa is at the front line of host-microbiome interactions, but little is known about these interactions within natural populations. Here, we non-invasively investigated associations between the gut microbiome and mucosal immune measures while controlling for host, social, and ecological factors in 199 samples of 158 wild spotted hyenas ( Crocuta crocuta ) in the Serengeti National Park, Tanzania. We profiled the microbiome composition, including bacteria, fungi and parasites, using a multi-amplicon approach, and measured faecal immunoglobulin A and mucin. Probabilistic models indicated that both immune measures predict microbiome similarity among individuals in an age-dependent manner. The strength of the association effect varied, being strongest within bacteria, intermediate within parasites, and weakest within fungi communities. Machine learning regression accurately predicted both measures and identified the taxa driving these associations: symbiotic bacteria reported in humans and laboratory mice, unclassified bacteria, a hookworm, host DNA likely reflecting inflammation, and diet. Our findings indicate a complex interplay between the host, its environment and symbionts. These findings increase our knowledge of the gut microbiome in natural populations, which harbour highly dynamic and diverse eukaryotes under the influence of unpredictable environmental factors and where selection is not artificially biased.

Nematodes belonging to the genus Oesophagostomum frequently infect wild chimpanzees (Pan troglodytes) across widely separated field sites. Nodular lesions (granulomas) containing Oesophagostomum are commonly seen in the abdomen of infected chimpanzees post-mortem. At Taï National Park, Côte d'Ivoire, previous studies have identified larvae of a variety of Oesophagostomum spp. in wild chimpanzee stool, based on sequencing of larval DNA, and nodular lesions associated with Oesophagostomum, identified morphologically to the genus level but not sequenced. Here we present three recent cases of parasitic granulomas found post-mortem in chimpanzees at Taï. We complement descriptions of gross pathology, histopathology and parasitology with PCR and sequencing of DNA isolated from the parasitic nodules and from adult worms found inside the nodules. In all three cases, we identify Oesophagostomum stephanostomum as the causative agent. The sequences from this study were identical to the only other published sequences from nodules in nonhuman primates-those from the wild chimpanzees of Gombe, Tanzania.