Abstract Understanding the drivers of speciation is fundamental in evolutionary biology, and recent studies highlight hybridization as a potential facilitator of adaptive radiations. Using whole-genome sequencing data from 22 species of guenons (tribe Cercopithecini), one of the world’s largest primate radiations, we show that rampant gene flow characterizes their evolutionary history, and identify ancient hybridization across deeply divergent lineages differing in ecology, morphology and karyotypes. Lineages experiencing gene flow tend to be more species-rich than non-admixed lineages. Mitochondrial transfers between distant lineages were likely facilitated by co-introgression of co-adapted nuclear variants. Although the genomic landscapes of introgression were largely lineage specific, we found that genes with immune functions were overrepresented in introgressing regions, in line with adaptive introgression, whereas genes involved in pigmentation and morphology may contribute to reproductive isolation. This study provides important insights into the prevalence, role and outcomes of ancestral hybridization in a large mammalian radiation.

In nonhuman primates pathogens are known to exert a profound and pervasive cost on various aspects of their sociality and reproduction. In olive baboons (Papio anubis) at Lake Manyara National Park, genital skin ulcers caused by Treponema pallidum subsp. pertenue lead to mating avoidance in females and altered mating patterns at a pre-copulatory and copulatory level. Beyond this level, sexual behavior comprises also post-copulatory interactions among the sexual partners. To investigate whether the presence of genital skin ulcers has an impact at the post-copulatory level, we analyzed 517 copulation events of 32 cycling females and 29 males. The occurrence of post-copulatory behaviors (i.e., copulation calls, darting [female rapid withdraw from the male] and post-copulatory grooming) was not altered by the presence of genital skin ulcerations. Similarly to other baboon populations, females of our group were more likely to utter copulation calls after ejaculatory copulation. The likelihood of darting was higher after ejaculatory copulations and with the presence of copulation calls. Post-copulatory grooming was rarely observed but when it occurred, males groomed females for longer periods when females uttered copulation calls during, or preceding mating. Our results indicate that despite the presence of conspicuous genital skin ulcers, the post-copulatory behavior was not affected by the genital health status of the dyad. This suggests that infection cues play a major role before and during mating but do not affect post-copulatory behavior.

Treponema pallidum subsp. pertenue (TPE) is the causative agent of yaws. The disease was subject to global eradication efforts in the mid 20th century but reemerged in West Africa, Southern Asia, and the Pacific region. Despite its importance for eradication, detailed data on possible nonhuman disease reservoirs are missing. A number of African nonhuman primates (NHPs) have been reported to show skin ulcerations suggestive of treponemal infection in humans. Furthermore antibodies against Treponema pallidum (TP) have been repeatedly detected in wild NHP populations. While genetic studies confirmed that NHPs are infected with TP strains, subspecies identification was only possible once for a strain isolated in 1966, pinpointing the involvement of TPE. We therefore collected a number of recently isolated simian TP strains and determined eight whole genome sequences using hybridization capture or long-range PCR combined with next-generation sequencing. These new genomes were compared with those of known human TP isolates. Our results show that naturally occurring simian TP strains circulating in three African NHP species all cluster with human TPE strains and show the same genomic structure as human TPE strains. These data indicate that humans are not the exclusive host for the yaws bacterium and that a One Health approach is required to achieve sustainable eradication of human yaws.

Abstract In the past decade, there has been a drastic decline in the number of Eastern Black rhinoceros (black rhinoceros) ( Diceros bicornis michaeli ), primarily because of poaching across their natural habitats, leaving few individuals in small, isolated populations that are vulnerable to demographic extinction, disease epidemics, genetic drift and inbreeding. However, genetic consequences of the demographic decline on the remaining populations have not been investigated. Using the mitochondrial control region, this study investigated how current levels of genetic diversity relate to historical patterns, quantified genetic differentiation between extant populations and assessed the impacts of previous translocations on genetic diversity across populations. A total of 74 individual eastern black rhinoceroses were sampled from five extant populations in Tanzania and one neighbouring cross-border population in the Maasai Mara in Kenya. Six maternal haplotypes were identified, with an overall haplotype diversity of h=0.7 but low overall nucleotide diversity within populations (π = 0.017) compared to historical populations from Tanzania (π = 0.021). There was extensive variation in haplotype distribution between populations, with more variation exists within (65.5 %) than among the populations (35.5%), which may indicate lack of migration between populations. Specifically, some geographically close populations with different histories of introductions didn’t share any haplotypes, suggesting that gene flow is currently restricted. The haplotypes were distributed among three east African haplogroups (CV, CE and EA) that have been described in previous studies, suggesting that multiple lineages have been preserved despite loss of haplotypes. One of the haplotypes was highly divergent and matched sequences previously classified as a subspecies that has not been recognised in recent years ( D. b. ladoensis ). We recommend that current levels of diversity be maintained by allowing natural movements of rhinoceroses between the populations, with the possibility of introducing additional variations by translocation of individuals between sites.

Abstract Due to ever increasing anthropogenic impacts, many species survive only in small and isolated populations. Active conservation management to reduce extinction risk includes: increasing habitat connectivity; translocations from captive populations; or intense surveillance of highly protected closed populations. The fitness of individuals born under these scenarios may vary due to differences in selection pressures. However, the genetic impacts of such strategies are rarely assessed. Using whole genome sequences from cohorts of the critically endangered eastern black rhinoceros as a model, we compare the consequences of past conservation efforts. We find that offspring of individuals that had either dispersed from native populations (F ROH>100Kb = 0.13) or translocated from captive populations (F ROH>100Kb = 0.08) showed lower inbreeding compared to closed populations (F ROH>100Kb = 0.17). However, the frequency of highly deleterious mutations was higher for offspring resulting from translocation compared to the other groups and this load was sheltered by higher heterozygosity. This could increase risks of inbreeding depression if captive founders subsequently inbreed after translocation. In contrast, native dispersers reduced the negative effects of inbreeding without compromising the benefits of past purging of deleterious mutations. Our study highlights the importance of natural dispersal and reiterates the importance of maintaining habitat corridors between populations.

Abstract Survival at high altitude requires adapting to extreme conditions such as environmental hypoxia. To understand high-altitude adaptations in a primate, we assembled the genome of the gelada ( Theropithecus gelada ), an endemic Ethiopian monkey, and complemented it with population resequencing, hematological, and morphometric data. Unexpectedly, we identified a novel karyotype that may contribute to reproductive isolation between gelada populations. We also identified genomic elements including protein-coding sequences and gene families that exhibit accelerated changes in geladas and may contribute to high-altitude adaptation. Our findings lend insight into mechanisms of speciation and adaptation while providing promising avenues for functional hypoxia research.