Abstract Non-coding RNA (ncRNA) regulatory networks are emerging as critical regulators of gene expression. These intricate networks of ncRNA:ncRNA interactions modulate multiple cellular pathways and impact the development and progression of multiple diseases. Herpesviruses, including Kaposi’s sarcoma-associated herpesvirus, are adept at utilising ncRNAs, encoding their own as well as dysregulating host ncRNAs to modulate virus gene expression and the host response to infection. Research has mainly focused on unidirectional ncRNA-mediated regulation of target protein-coding transcripts; however, we have identified a novel host ncRNA regulatory network essential for KSHV lytic replication in B cells. KSHV-mediated upregulation of the host cell circRNA, circHIPK3, is a key component of this network, functioning as a competing endogenous RNA of miR-30c, leading to increased levels of the miR-30c target, DLL4. Dysregulation of this network highlights a novel mechanism of cell cycle control during KSHV lytic replication in B cells. Importantly, disruption at any point within this novel ncRNA regulatory network has a detrimental effect on KSHV lytic replication, highlighting the essential nature of this network and potential for therapeutic intervention.

The underlying causes of breast cancer are diverse, however, there is a striking association between type 2 diabetes and poor patient outcomes. Platelet activation is a common feature of both type 2 diabetes and breast cancer and has been implicated in tumourigenesis through a multitude of pathways. Here transcriptomic analysis of type 2 diabetes patient-derived platelet microvesicles revealed an altered miRNA signature compared with normoglycaemic control patients. Interestingly, interrogation of these data identifies a shift towards an oncogenic signature in type 2 diabetes-derived platelet microvesicles, with increased levels of miRNAs implicated in breast cancer progression and poor prognosis. Functional studies demonstrate that platelet microvesicles isolated from type 2 diabetes patient blood are internalised by triple-negative breast cancer cells in vitro , and that co-incubation with type 2 diabetes patient-derived platelet microvesicles led to significantly increased expression of epithelial to mesenchymal transition markers and triple-negative breast cancer cell invasion compared with platelet microvesicles from healthy volunteers. Together, these data suggest that circulating PMVs in type 2 diabetes patients may contribute to the progression of triple-negative breast cancer.

Prostate cancer (PCa) is genomically driven by dysregulation of transcriptional networks involving the transcriptional factors (TFs) FOXA1, ERG, AR, and HOXB13. However, the role of these specific TFs in the regulation of alternative pre-mRNA splicing (AS), which is a proven therapeutic vulnerability for cancers driven by the TF MYC, is not described. Using transcriptomic datasets from PCa patients, we tested for an association between expression of FOXA1, ERG, AR, HOXB13, and MYC, and genes involved in AS - termed splicing-related proteins (SRPs), which have pleiotropic roles in RNA metabolism. We identified FOXA1 as the strongest predictor of dysregulated SRP gene expression, which was associated with PCa disease relapse after treatment. Subsequently, we selected a subset of FOXA1-binding and actively-transcribed SRP genes that phenocopy the FOXA1 dependency of PCa cells, and confirmed in vitro via knockdown and over-expression that FOXA1 regulates SRP gene expression. Finally, we demonstrated the persistence of a FOXA1-SRP gene association in treatment-relapsed castration-resistant PCa (CRPCa) patients. Our data demonstrate, for the first time, that FOXA1 controls dysregulated SRP gene expression, which is associated with poor PCa patient outcomes. Analogous to MYC-driven cancers, our findings implicate the therapeutic targeting of SRPs and AS in FOXA1-overexpressing PCa.

Abstract Human papillomaviruses (HPVs) cause most cervical cancers and an increasing number of anogenital and oral carcinomas, with most cases caused by HPV16 or HPV18. HPV hijacks host signalling pathways to promote carcinogenesis. Understanding these interactions could permit identification of much-needed therapeutics for HPV-driven malignancies. The Hippo signalling pathway is important in HPV+ cancers, with the downstream effector YAP playing a pro-oncogenic role. In contrast, the significance of its paralogue TAZ remains largely uncharacterised in these cancers. We demonstrate that TAZ is dysregulated in a HPV-type dependent manner by a distinct mechanism to that of YAP and controls proliferation via alternative cellular targets. Analysis of cervical cancer cell lines and patient biopsies revealed that TAZ expression was only significantly increased in HPV18+ and HPV18-like cells and TAZ knockdown reduced proliferation, migration and invasion only in HPV18+ cells. RNA-sequencing of HPV18+ cervical cells revealed that YAP and TAZ have distinct targets, suggesting they promote carcinogenesis by different mechanisms. Thus, in HPV18+ cancers, YAP and TAZ play non-redundant roles. This analysis identified TOGARAM2 as a previously uncharacterised TAZ target and demonstrates its role as a key effector of TAZ-mediated proliferation, migration and invasion in HPV18+ cancers.

Abstract Motivation Recent RNA-centric experimental methods have significantly expanded our knowledge of proteins with known RNA-binding functions. However, the complete regulatory network and pathways for many of these RBPs in different cellular contexts remain unknown. Although critical to understanding the role of RBPs in health and disease, experimentally mapping the RBP RNA interactomes in every single context is an impossible task due the cost and manpower required. Additionally, identifying relevant RNAs bound by RBPs is challenging due to their diverse binding modes and function. Results To address these challenges, we developed RNA-binding protein interaction mapper RBPInper an integrative framework that discovers global RBP interactome using statistical data fusion. Experiments on SFPQ datasets, revealed cogent global SFPQ interactome. Several biological processes associated with this interactome were previously linked with SFPQ function. Furthermore, we conducted tests using independent dataset to assess the transferability of the SFPQ interactome to another context. The results demonstrated robust utility in generating interactomes that transfers to unseen cellular context. Overall, RBPInper is a fast and user-friendly method that enables a systems-level understanding of RBP functions by integrating multiple molecular datasets. The tool is designed with a focus on simplicity, minimal dependencies, and straightforward input requirements. This intentional design aims to empower everyday biologists, making it easy for them to incorporate the tool into their research. Availability The source code, documentation, and installation instructions as well as results for use case are freely available at https://github.com/AneneLab/ RBPInper. A user can easily compile similar datasets for a target RBP. Supplementary information Supplementary data are available at Bioinformatics Advances online.

HNRNPA2B1 is associated with prostate cancer (PC) disease aggressiveness and underlies pro-tumourigenic cellular stress responses. By analysing >500 PC transcriptomes, we reveal that HNRNPA2B1 over-expression is associated with poor patient prognosis and stress response pathways. These include the protein processing in the endoplasmic reticulum (ER) pathway, which incorporates the unfolded protein response (UPR). By RNA-sequencing of HNRNPA2B1-depleted cells PC cells, we identified HNRNPA2B1-mediated down-regulation of UPR genes including the master ER-stress sensor IRE1, which induces ER proteostasis. Consistent with IRE1 down-regulation in HNRNPA2B1-depleted cells, we observed reduced splicing of the IRE1-target and key UPR effector XBP1s. Furthermore, HNRNPA2B1 depletion up-regulates expression of the IRE1-dependent decay (RIDD) target gene BLOC1S1, which is degraded by activated IRE1. We identify a HNRNPA2B1-IRE1-XBP1-controlled four gene prognostic biomarker signature which classifies a subgroup of primary PC patients at high risk of disease relapse. Pharmacological targeting of IRE1 attenuated HNRNAPA2-driven PC cell growth. Taken together, our data indicate a putative novel mechanism of UPR activation in PC by HNRNPA2B1, which may promote an IRE1-dependent yet potentially-targetable recurrent disease phenotype.

Abstract Pseudouridylation is a prevalent RNA modification shown to occur in tRNAs, rRNAs, snoRNAs and most recently mRNAs and lncRNAs. Emerging evidence suggests that this dynamic RNA modification is implicated in altering gene expression by regulating RNA stability, modulating translation elongation and modifying amino acid substitution rates. However, the role of pseudouridylation in infection is poorly understood. Here we demonstrate that Kaposi’s sarcoma-associated herpesvirus (KSHV) manipulates the pseudouridylation pathway to enhance replication. We show the pseudouridine synthases (PUS), PUS1 and PUS7 are essential for efficient KSHV lytic replication, supported by the redistribution of both PUS1 and PUS7 to viral replication and transcription complexes. We present a comprehensive analysis of KSHV RNA pseudouridylation, revealing hundreds of modified RNAs at single-nucleotide resolution. Notably, we further demonstrate that pseudouridylation of the KSHV-encoded polyadenylated nuclear RNA (PAN) plays a significant role in the stability of PAN RNA and in the association of the KSHV ORF57 protein. Our findings reveal a novel and essential role of pseudouridine modification in the KSHV replication cycle.

Abstract The nucleus is a highly organised yet dynamic environment containing distinct membraneless nuclear bodies. This spatial separation enables a subset of components to be concentrated within biomolecular condensates, allowing efficient and discrete processes to occur which regulate cellular function. One such nuclear body, paraspeckles, are comprised of multiple paraspeckle proteins (PSPs) built around the architectural RNA, NEAT1_2 . Paraspeckle function is yet to be fully elucidated but has been implicated in a variety of developmental and disease scenarios. We demonstrate that Kaposi’s sarcoma-associated herpesvirus (KSHV) drives formation of structurally distinct paraspeckles with a dramatically increased size and altered protein composition that are required for productive lytic replication. We highlight these virus-modified paraspeckles form adjacent to virus replication centres, potentially functioning as RNA processing hubs for viral transcripts during infection. Notably, we reveal that PSP sequestration into virus-modified paraspeckles result in increased genome instability during both KSHV and Epstein Barr virus (EBV) infection, implicating their formation in virus-mediated tumourigenesis.